天文十五年，九月五日。就當上杉政虎以佐渡守護職的身份號召佐渡三郡諸將前來羽茂郡參陣後。消息一經傳開，佐渡三郡各地的國人領主、地頭武士們紛至沓來，前來參陣。
還不到一天一夜的時間，潟上城城主潟上秀敏、河原田城城主河原田貞兼（本間貞兼，河原田本間家家督）、北方館館主主北方滿繁、梅津城城主梅津真茂（涉谷真茂，梅津涉谷家家督）、谷塚城城主谷塚高納、二方潟館館主土屋照邦、新館館主新和泉守、羽城城主羽黑真經（涉谷真經，羽黑涉谷家家督）、加茂城城主加茂真清（涉谷真清，加茂涉谷家家督）、歌代城城主歌代真正（涉谷真正，歌代涉谷家家督）等大大小小的佐渡三郡領主們先後率本部軍勢前來羽茂郡荒磯山一帶參陣。
瞬間，越後上杉軍的兵力便膨脹至一萬一千之眾，之後上杉政虎便對外號稱三萬大軍，以壯生氣。同時，河原田貞兼、羽真經、加茂真清、歌代真正、梅津真茂等佐渡諸將還向新任的佐渡守護上杉政虎控訴本間泰高、久知正泰（本間正泰，佐渡本間四天王之一，久知本間家家督）、下尾佐渡守、高階師家、本間資久等人早有反心、驕縱不法、擅自築城等等，並且聯名上書懇請新任佐渡守護上杉政虎速速發兵征討。
上杉政虎隨即頒布了一項政策——「順者以德服，逆者以兵臨！」，只要主動降服者皆可赦免先前的罪過，但是負隅頑抗之人則盡皆殺戮。
既然有人投奔越後上杉家，那麼也就有人願意站在本間總領家和佐渡一向一揆眾一方，準備與越後上杉家繼續為敵。
久知城城主久知正泰與潟上秀敏、梅津真茂等人交惡已久，在見潟上秀敏、梅津真茂等人主動倒向了越後上杉家一方，並且向新任佐渡守護上杉政虎控訴自己後，他自然是極其不願與他們為伍的。久知正泰在一氣之下便主動與本間總領家和佐渡一向一揆眾聯絡，打算作為他們的友軍前去加勢，並不打算就此降服越後上杉家。
但是，久知家的援軍與本間總領家和佐渡一向一揆眾加起來，一共也就四千五百余軍勢，在越後上杉家的一萬一千大軍面前，就顯得有些杯水車薪，似乎救不了什麼燃眉之急。
九月十日，越後上杉軍抵達了國分寺西南方的高立川西岸，並且全軍上下擺成五層陣勢。
先陣為長尾景信所率的一千棲吉眾，次陣為長尾為重所率的一千藏王堂眾，三陣為長尾藤景所率的一千下田眾，四陣為八條景定所率的兩千刈羽眾，五陣為上杉政虎所統帥的本隊六千軍勢，層層鞏固。
下尾佐渡守、高階師家、本間資久等人在得到了本間泰高、久知正泰的援助下，自認為有了與越後上杉軍一戰的資本，甚至覺得上杉政虎親臨佐渡也不過如此，若是能將越後上杉軍的總大將上杉政虎討取以後，那麼佐渡三郡就是他們這些一向一揆坊官們的天下了。之後，下尾佐渡守、高階師家、本間資久等人以四千五百余軍勢從國分寺內蜂擁而出，吶喊著向嚴陣以待的越後上杉軍發起了進攻。
先陣的長尾景信在等佐渡一向一揆眾半渡高立川之後奮力迎戰，但不久便假裝敗退，讓佐渡一向一揆眾從自己陣中的缺口沖了過去。隨後，次陣的長尾為重也同樣奮戰一段時間後假裝不支，讓佐渡一向一揆眾繼續破陣而入。緊接著，三陣的長尾藤景更是依樣畫葫蘆。最後，四陣的八條景定亦不例外。
然而，下尾佐渡守、高階師家、本間資久等人所不知道的是，越後上杉軍的一陣到五陣早在行軍至高立川之前便已約定好了，如此一來便將突入高立川西岸的一向一揆眾四千五百余軍勢全部分割包圍了起來，大聲喊打廝殺。
這時，下尾佐渡守、高階師家、本間資久等人在接連率軍突破越後上杉軍四陣之後，才發現自己突進的竟然過于順利了，甚至都能看得到騎著放生月毛、身穿二重織紋綾直垂、外披絲綴紫裾大鎧、頭戴鍬形犄角頭盔、腰佩白銀雕飾太刀的敵方總大將上杉政虎了。
等到下尾佐渡守、高階師家、本間資久等人環顧四周後便發現漫山遍野已經全是越後上杉軍的旗幟和軍勢後，感到驚懼不已，但是卻欲逃無路，方才知曉己方已是中計。下尾佐渡守、高階師家、本間資久等人在忿恨之余，仍然目不斜視，舍生忘死，仿佛當此戰是此世的最後一戰，朝著上杉政虎的旗印所在地攻去。
在戰斗中，越後上杉軍各部無不奮勇當先，死戰不退，反觀佐渡一向一揆眾的軍勢則是進退失據，自相踐踏，亂成一團。
上杉政虎見狀，認為發起全面反擊的時候已經到了，隨即下令揮舞亂龍旗，長尾景信、長尾藤景、長尾為重、八條景定等將在見到越後上杉軍本隊的亂龍旗不斷揮舞後，立即率麾下軍勢趁機掩殺過去，佐渡一向一揆眾隨即大敗。
此時的越後上杉軍上下更是人人搶先上陣，並且大喊著︰「抓住敵軍大將下尾佐渡守、本間六郎太夫等重重有賞啊！」
兩軍戰至日暮時分，佐渡一向一揆眾徹底崩潰，被討取達兩千余人，其中在高立川之中溺死的更是不可勝數。先前主動投降佐渡一向一揆眾的白井義延、井田尋直、南條隆景、山口光行、小泊元道、柳生則連等人見勢不妙後皆選擇了向越後上杉軍投降，並希望復歸羽茂本間家。然而上杉政虎卻並不打算留著他們，直接以不忠不義為由勒令他們于國府川邊切月復自盡，之後更是將他們的領地全部沒收。其族人則是免除一死，全部分別發配至大須銀山、鶴子銀山、三川砂金山、相川金山等地充當礦工。
佐渡一向一揆眾積尸數里，所搜刮佐渡三郡各地的糧草輜重、金銀、軍械等更是盡被丟棄在國分寺之中。下尾佐渡守、高階師家、本間資久等人身旁僅剩下五十余騎。四面八方依然被越後上杉軍重重包圍著。眼看著己方已經大敗，根本無法挽回戰局，更不知還有何逃生之路。
忽然，下尾佐渡守決定率殘部直搗密集如雲的敵陣，竟然成功的殺出了越後上杉軍所設下的重重包圍。然而，下尾佐渡守、高階師家、本間資久等人麾下幸存下來的二十余騎，無不渾身傷痕累累，慘不忍睹。但是，他們至中澤田川又被八條景定麾下的左控鶴軍騎馬武士所追及，一向一揆眾再次大敗。高階師家、本間資久等人皆被八條景定所部先後討取。
最後，下尾佐渡守更是孤身一人突圍而走，他就只能繼續向北不停的逃竄，打算逃往雜太郡北方的金北山藏匿，就此放棄了先前苦心設防的國分寺一帶。
越後上杉軍更是一路追擊佐渡一向一揆眾潰兵直至雜太城下，此戰更是極大打擊了本間總領家、久知本間家和佐渡一向一揆眾的銳氣。
據守在雜太城的本間泰高听聞高立川一戰後佐渡一向一揆眾全軍覆沒以及越後上杉軍大軍兵臨城下消息後，驚懼不已，自知無法抵御上萬越後上杉軍襲來的他就只能急忙詢問已經退隱數年的其父本間有泰（佐渡本間四天王之一）該如何應對。
而已經隱居多年的本間有泰此時此刻也想不出什麼更好的辦法來挽救大廈將傾的本間總領家，便只能選擇帶著本間總領家一族上下剃發並開城向越後上杉軍投降。
本間有泰畢竟曾經與羽茂高季（本間高季，本間高信之父，佐渡本間四天王之一）一同收留過上杉政虎之父長尾為景，並且資助過一部分軍勢、錢糧、船只，讓長尾為景東山再起。鑒于這樣的情形，上杉政虎便不能對本間總領家處罰過重，只能免除本間總領家家中主戰派本間泰高等人一死。但是，本間總領家位于雜太郡的四千六百石領地則是被越後上杉家盡數沒收，其一門郎黨也全部流放至越中新川郡，由莊田定賢、椎名景直（長尾景直，椎名康胤養子）等人負責看管。