半天的戰斗結束之後，武田軍可以說是沒有任何收獲，上杉軍則是士氣高昂。
隨後，新發田長敦便派出莊田定賢、栗林賴忠、小笠原長隆等將率兩千余軍勢迂回至武田軍的側翼，準備對正在建立營寨的武田軍發起突襲。
然而，令這支主動出擊的上杉軍上下皆沒有料到的是，武田軍對此早就有所準備，飯富虎昌、馬場信房等人令全軍上下的弓足輕全部集中起來，向前來突襲的上杉軍進行集火攻擊，同時還以甘利昌忠、駒井政直兩部從左右兩翼主動出擊，對上杉軍形成夾擊之勢。
最後，措不及防的上杉軍遭到了武田軍的迎頭痛擊，最後擔任先陣的莊田定賢所部五百余人盡數被武田軍殲滅，栗林賴忠、小笠原長隆等將只能收攏敗軍退回了稻荷山。
坐鎮在稻荷山山頂本陣的新發田長敦在得知己方突襲失敗，並折損了自莊田定賢以下五百余人後，準備改變策略，意圖為己方陣亡的將士復仇。
隨後，新發田長敦就以村上義清為先導役，派出栗林賴忠、小笠原長隆等將在入夜之後發起對醫王寺城的攻擊。
在夜幕降臨之後，一千余上杉軍在村上義清的引導下來到了醫王寺城外。而駐守在醫王寺城的蘆田信守因白天武田軍大勝上杉軍後產生了輕敵之心，對城池的防御並沒有做太多詳細的安排，再加上武田軍翻山越嶺來到稻荷山一帶早就精疲力盡了，一用過晚飯後，大都倚靠在城牆邊入睡，幾乎無人警戒放哨。
上杉軍的物見將醫王寺城中的情況匯報給村上義清听後，村上義清當即做出一個大膽的決定——攀爬入城，突襲武田軍！
由于醫王寺城並非重鎮要地，故而武田家、上杉家在佔有此城之後皆沒有對其進行加固翻修，故而醫王寺城的城牆構造非常矮小、寒酸，村上家家臣竹鼻虎政非常輕松的就帶著五名武士先後攀爬翻入城中，並且偷偷模模的打開了大手門，迎村上家次席家老石堂龍紀率軍進入。
然而，竹鼻虎政在打開大手門之時還是驚動了熟睡之中的武田軍，就在他即將陷入重圍之際，石堂龍紀次男石堂一徹當即手持一桿十文字槍殺散了包圍竹鼻虎政的武田軍，將其救下。
「原來是石堂次郎，在下感激不盡！」竹鼻虎政原本以為自己好不容易獲得的一番乘之功將會易手，卻獲得了石堂一徹的救援，從而得以生還。
「無妨，竹鼻大人還是盡快向主公復命吧，請他盡快率軍前來，家父與在下僅有三十余軍勢。」石堂一徹說完就提著長槍繼續與涌來的武田軍交戰了。
「祝石堂次郎你武運長久！」竹鼻虎政也毫不猶豫，隨即跑出了醫王寺城。
《基因大時代》
之後，石堂一徹一馬當先，率石堂勢十五名足輕入快刀一般從橫馳騁，沖入武田軍陣中。盡管武田軍人多勢眾，但是石堂一徹卻絲毫不懼，其麾下足輕更是前赴後繼，來回沖撞，就像是一團旋風一般，將前來圍攻的上百武田軍足輕沖得是七零八落。
隨後，石堂一徹還接連討取了前來挑戰自己的蘆田康貞（蘆田信守之弟）、蘆田守俊（蘆田信守之弟）、蘆田守慶（蘆田信守之弟）、蘆田光慶（蘆田信守之叔）等諸多蘆田一族武將。
武田軍對上杉軍的突襲本就毫無防備，再加上諸多有名武士被石堂一徹這個有著六尺五寸（約197厘米）的身高的巨汗討取後，無不感到驚恐萬分，甚至覺得此人是天神下凡。大量武田軍足輕在稍作抵抗後就紛紛潰散逃出醫王寺城，有些武田軍甚至還在敵我不分的情況下自相殘殺。
等到村上義清、栗林賴忠、小笠原長隆等將攻入醫王寺城，並與苦戰之中的石堂龍紀合流後，石堂一徹就已經一路殺散沿途阻擋自己的武田軍，並帶著五名足輕攻入了本丸之中。
而此刻坐鎮本丸的蘆田信守早就被上杉軍的夜襲嚇得是肝膽俱裂，雖然他意圖棄城而逃，可是二之丸各處要地已經被上杉軍所控制，麾下的軍勢也被上杉軍擊潰而四散而逃。
正當蘆田信守抽出腰間的短刀，準備切月復自盡時，石堂一徹手持不斷滴著鮮血的十文字槍，緩緩走入了大廣間。
「想必閣下就是武田家重臣蘆田下野守吧。」石堂一徹先是用十文字槍指著蘆田信守，而後說道。
「你‧‧‧‧‧‧你是何人？！」蘆田信守癱坐在地板上，不斷地向後退，而石堂一徹也沒有停下腳步的意思。
「這你就不用多管了，只要能將閣下的首級獻給我主村上周防守殿，在下就能出人頭地了！」石堂一徹說完就快步走向前去，一槍刺入蘆田信守的咽喉，隨後就用腰間的短刀將其首級割下，離開了大廣間。
村上義清、栗林賴忠、小笠原長隆等將此刻也控制了醫王寺城的本丸，在從俘虜的口中確認石堂一徹所討取的首級是蘆田信守之後，他們就立即從城內撤出，帶著蘆田一族武將的首級返回了稻荷山。
等到飯富虎昌、馬場信房、甘利昌忠等人得知蘆田信守所部被上杉軍殲滅、醫王寺城失守的消息後已經是第二天清晨了。
這下武田軍諸將就陷入了困境，如今他們這支軍勢僅剩下八千余人，而且還不清楚上杉軍的本隊是否會立即北上與留守在稻荷山上的上杉軍合流。
作為總大將的飯富虎昌此刻陷入了進退兩難的窘境之中，因為他眼下既不能無視稻荷山上駐守的上杉軍北上，又沒有一舉戰勝數萬上杉軍主力的能力和信心，只好率僅剩的軍勢退守不遠處的龍岡城進行休整。
正所謂樹欲靜而風不止。
飯富虎昌是打算暫時休戰一段時間，可固守在稻荷山上的新發田長敦卻不想給他這個機會。
新發田長敦在得知武田軍退入龍岡城後，立即親率鐵炮隊、弓隊，登上了龍岡城外的一處山丘之上，朝著龍岡城中 發鉛彈、火失，火力不絕如雨，城中更是感到千雷落頂一般。
由于這支武田軍在出陣之時並未攜帶鐵炮，故而在面對上杉軍鐵炮隊和弓隊的火力壓制後根本沒有任何還手之力，只能躲在城中的角落之中，躲避上杉軍所發的彈丸和火失。
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