披頭散發、左臂掛彩的六角義治在馬眾的護衛下逃入菊永城後，驚慌失措、方寸大亂，接連派遣使者前往尹賀上忍三家請求出兵支援，但他此時還並不知曉尹賀上忍三家已經倒向了上杉將軍家一方。
永祿十二年，十一月二十五日。
僅僅不到五天的功夫，直江景綱就以摧枯拉朽之勢橫掃尹賀一國絕大部分地區，而後就率一萬三千余軍勢兵臨菊永城下，並將菊永城層層圍住，不讓一人潛出。他對攻落菊永城是志在必得。
在面對上杉軍那烏泱泱的圍城大軍，只有不到兩百人守城的六角義治已是心灰意冷。
菊永城畢竟是一座彈丸小城，根本經不起長期的圍困，更別說眼下守軍士氣低落、糧草所剩無幾的情況下。
當天傍晚，直江景綱就下令津田算正、左武義昌、的場昌長等雜賀眾、根來眾使用一百挺大鐵炮向菊永城大手門方向射擊。
結果，還沒等上杉軍使用沖城錘攻城，六角義治的心理防線徹底崩潰，急忙派遣使者前往上杉軍陣中向直江景綱說明自己願意開城投降。
而後，六角義治在得到直江景綱許可後，就帶著六角若狹守、大原高賢（六角義定之子）、和田嘉助、木戶秀氏、管秀政、黑川玄蕃左等一門親族、家臣以及城兵、家卷等五百余人，向上杉軍開城投降了。
直江景綱也樂于見到六角義治主動投降，如此一來自己就能更快平定尹賀一國。
在接管菊永城之後，直江景綱就派遣其弟直江重綱將六角義治、六角賢永、管秀政、黑川玄蕃左等一行人押送至山城，待上杉謙信、八條景定二人來處置。
至此，在近江、尹賀兩國活躍了近三百五十年的武家名門左左木六角家宣告滅亡。
另一方面，當六角義治慘敗于千賀原之戰，並獻出菊永城向上杉軍投降的消息傳到美濃岐阜城後，織田信長就有些如坐針氈了。
織田信長完全沒有料到上杉軍竟然會如此之快就橫掃尹賀一國，更沒有想到尹賀一國的上忍三家、中忍家等大大小小的國人領主沒有對上杉將軍家的侵攻進行拼死抵抗。
不過，明智光秀很快就提醒了一下織田信長，如今織田家還給‘前朝’的尹賀守護仁木義視提供著庇護。只要在恰當的時機派遣以南近江甲賀眾為主的少數兵力，將仁木義視送入尹賀一國，那麼就能達到牽制一部分上杉軍的目的。
「十兵衛，勢州的一揆眾眼下已行軍至何處了？」織田信長在冷靜下來後就覺得上杉將軍家就算是兼並了尹賀一國，那也是食之無味棄之可惜，尹賀一國境內魚龍混雜，局勢多變，上杉軍眼下才攻略完尹賀不久，立足未穩，不太可能從尹賀一國出兵北上攻入自己治下的南近江諸郡。
而織田信長最關心的還是向自己借道前往三河的尹勢一向一揆軍的動向。
「織田上總介殿，這是昨天的軍報，五萬余一向一揆軍已經抵達桶狹間，隨時都能攻入三州。」明智光秀隨即將一份書狀從桌上繁雜的書狀堆中找出，並遞給了織田信長。
「恩，遠山七家我已經派遣使者前去，他們會在一向一揆軍大舉攻入三州之際，出兵襲擾信州、三州兩州的境目地帶，並為姐小路家提供糧草輜重的支持。」織田信長在快速看完這份書狀後就將其揉成一團，扔到一邊去了。
「上杉家在駿州、遠州、上州、常州、信州等地的領主大都隨上杉謙信、上杉氏虎二人出陣近畿，眼下是攻打三州、志州兩州的最佳時機。一旦織田上總介殿或勢州一向一揆軍擊敗為上杉家鎮守三州的里見安房守、里見陸奧守父子二人，那麼上杉家守備空虛的東海道諸州自然是無法對織田家造成任何威脅。若是織田上總介殿派出一支偏師攻向阪東八州，從而威脅上杉家的月復心之地，迫使上杉軍本隊疲于奔命。之後，織田上總介殿就能輕而易舉地擊敗上杉軍，奪取洛陽、成為天下人。」明智光秀倒是想來一出釜底抽薪，因為在他看來織田家正面與上杉將軍家交鋒根本就不可能獲勝，只能另闢蹊徑來達到目的。
「恩，此計甚妙，我先前已經下令治下領國諸郡開始征召軍勢，原本是有意待上杉軍與淺井‧一向一揆聯軍打得兩敗俱傷之際，一舉出兵攻入雍州。看來，還不能急于求成。」織田信長笑著說道。
「正所謂‘名不正則言不順，言不順則事不成。事不成則禮樂不興，禮樂不興則刑罰不中’，織田上總介殿應先擁立嗣知公為主，並調略原先出仕上杉家的原足利將軍家奉公眾，只要織田上總介殿能獲得原足利將軍家奉公眾的支持，那麼就必然動搖上杉家在近畿諸州的統治，讓上杉謙信、八條景定等人月復背受敵，最終只能狼狽退回阪東八州。」明智光秀並沒有忘記要復興足利將軍家，他趁著這個機會向織田信長再度提出了此事。
「我正有此意，若想擊敗上杉家，就只能趁上杉家在近畿諸州立足未穩之際。一旦上杉家在近畿諸州站穩腳跟，我等遲早是上杉家的階下囚。」織田信長與其他大名不同，他根本就不願意臣從任何一方勢力，其野心大的難以想象。
與此同時，燒討了比叡山延歷寺的淺井‧一向一揆聯軍並沒有趁著上杉軍主力皆在攝津、紀尹兩國之時進而攻入山城境內，反而在阪本、堅田等地躊躇不前。
因為，參與燒討比睿山延歷寺的淺井長政、橫田孫九郎、栗津右近、松尾左近等主謀之人盡數被朝廷扣上了朝敵的帽子，其中對延歷寺燒討最為活躍的一向宗江北十寺盡數被朝廷以應胤法親王的名義指認為‘佛敵’。
之所以應胤法親王無法親自來指認一向宗的江北十寺為佛敵，是因為他在遭受如此驚嚇，並逃入京都之後就一病不起。
正親町天皇只好一邊安排御醫去為應胤法親王診治，一邊讓自己的親弟弟覺恕來繼任天台宗座主。
當然，在淺井‧一向一揆聯軍燒完比睿山延歷寺後，正親町天皇立即發出了扶桑史上最為強烈的抗議。在《御湯殿上日記》（類似于天朝皇帝的起居注，由皇室御所中的女官來記錄)中就聲稱︰「居然發生此等之事，天下之人得聞而笑止，特以筆墨聲討之」。同時，他還特意降下綸旨，要求上杉將軍家盡快將迫近山城的淺井‧一向一揆聯軍擊退，並完成「護衛佛法」、「再興山門」的重任。
不僅如此，朝廷中大大小小的公卿更是群起攻之。
權大納言山科言繼就在自己日記（《言繼卿記》）里稱淺井‧一向一揆聯軍火燒比睿山延歷寺是「佛法破滅」、「王道凌遲」的表現，還對淺井‧一向一揆聯軍殺害僧人、平民的行為大加鞭答，將淺井‧一向一揆聯軍殺戮的人數翻了幾番不止，足有「七八千之多」。