就在淺井長政將自己的妻女送出小谷城本丸的同時，武田信景、神余親綱、朽木元綱等人也從若狹傳來了一個好消息——石山城城主武藤友益因外援斷絕以及不敵上杉軍 烈的攻勢，被迫開城向上杉軍投降。
作為若狹方面實際上總大將的神余親綱在奪取石山城後，就將武藤友益、武藤友賢等若狹武藤一族兩百余人押往京都，交由八條景定來懲處。
至此，若狹三郡再無反上杉將軍家的勢力存在。
不僅如此，飛驒方面也是捷報頻傳。
姐小路賴綱在失去來自織田家糧草輜重、弓失彈丸等戰略物資支援後，無力發起對高原諏訪城的大規模攻勢，其軍勢的士氣也非常低落。
元龜元年七月初至八月中旬之間，柿崎景家、山義遠、山將監、小島職鎮、龜田宗俊等上杉軍諸將在聯合鹽屋秋貞、江馬輝盛、內島氏理等親上杉將軍家的飛驒諸將後，先後于麻生野城、政元城、梨打城、尾崎城、府中城、笠根城等地與姐小路軍交鋒十余次，姐小路軍因師老兵疲、兵力寡少的原因每戰皆敗。
姐小路賴綱這時才意識到上杉將軍家是大舉發兵攻入飛驒，很快就意識到自己不是實力強勁的上杉軍對手，便意圖將兵力收縮至常年經營的南飛驒櫻洞城一帶，借助地勢來繼續抵抗上杉軍的侵攻。
然而，柿崎景家並不打算給姐小路賴綱繼續苟延殘喘的機會，就在姐小路賴綱前腳放棄松倉城，率殘兵敗將以及家卷行至位山後不久，上杉軍就在江馬輝盛、鹽屋秋貞、內島氏理等人的引導下尾隨而至。
姐小路軍上下在獲知上杉軍火速襲來的消息後皆是面無血色，驚懼不已。
為了能讓自己順利逃往櫻洞城，姐小路賴綱只好下令鍋山安室、安高、大谷藏人、岡本豐前守等家臣率三百余軍勢作為殿軍，堅守在位山。
但姐小路軍在經過連續大敗，以及丟失了飛驒府中一帶，導致其戰意早就跌落谷底。使得上杉軍不費吹灰之力就一舉將留守在位山的姐小路軍擊潰，討取了意圖阻遏上杉軍進軍的鍋山安室、安高、大谷藏人、岡本豐前守等姐小路家家臣。甚至還將隨姐小路賴綱一同逃往櫻洞城的小島時光、三木顯綱等人為首的姐小路一族家卷俘虜。
連遭敗績的姐小路軍實力大損，加上內島家倒向上杉將軍家後，切斷了姐小路家與越前一向一揆眾的聯系，使得姐小路賴綱無法逃入越前，不得不繼續向南逃亡，他已經做好了逃入美濃的準備。
元龜元年，八月二十日。
就在姐小路賴綱帶著十余名馬眾逃至鄰近飛驒、美濃兩國境目地帶的尹波那谷時，遭到了當地領民發起的落武者狩。
因為這些領民見姐小路賴綱所部的人數並不多，在佔據山谷險要之處向姐小路賴綱一行人扔下大量滾木、石塊。
由于姐小路軍早就成了驚弓之鳥，他們並沒有發現這是當地領民發起的襲擊，還以為是上杉軍提前在此設下了埋伏，倉皇之間紛紛逃離此處，僅剩下荒川甚平、土川新左衛門二人還在護衛姐小路賴綱。
隨著馬眾大量逃離，領民們很快就重點‘關照’衣甲亮麗的姐小路賴綱。不一會兒，姐小路賴綱就被一塊大石砸中了頭部，當場斃命——時任飛驒國司、從五位下侍從的姐小路賴綱最終死于一個無名的領民之手。
荒川甚平、土川新左衛門二人見自己的主君遇害後也不敢奪回其尸體，直接逃往櫻洞城。
早姐小路賴綱一步逃至櫻洞城的三木國綱（姐小路賴綱妹夫）在從逃回的荒川甚平、土川新左衛門二人口中得知姐小路賴綱遇害的噩耗後，當即失聲痛哭。他意識到姐小路家如今已是盡失人心，不然的話姐小路賴綱也不會在自家領內遭遇落武者狩。
隨後，三木國綱就放棄了抵抗，在上杉軍兵臨城下之前就遣使至上杉軍陣中，請求投降。
而作為總大將的柿崎景家見三木國綱還有一些利用價值，也就接受了他的投降。畢竟上杉軍在之後的美濃攻略中還需要熟知北美濃地理之人引路。
于是，三木國綱暫時獲得櫻洞城周邊四千石領地的安堵。至于被俘的小島時光、三木顯綱等人則是被押往越中富山城進行關押，待征夷大將軍上杉謙信來做出相關的懲處。
另一方面，因近江的犬上郡、愛知郡、阪田郡三郡的國人領主倒向上杉將軍家一方，導致織田家所領有的南近江諸郡瞬間被孤立，再加上淺井家即將敗亡的消息傳至尹木城（犬山城西北不遠處）的織田軍本陣後，織田軍各部頓時大亂。
因為這支織田軍中不少兵力是來自南近江的野洲郡、蒲生郡、神崎郡、栗太郡等地，前來參陣的平井定武、高野瀨秀隆、高宮宗光、池田景雄、山中俊好、山岡景隆等人非常擔心上杉將軍家會在攻滅淺井家後進而攻入南近江諸郡，屆時他們的領地守備空虛，必然會被上杉軍輕而易舉的奪取。
再加上這些南近江諸郡的領主本就是六角家重臣出身，出仕織田家並沒有多長時間，其忠誠度自然不會太高。他們見如今的形勢對織田家愈發不利後，自然不願繼續為織田家賣命。為了能確保本領安堵以及家名存續，平井定武、高野瀨秀隆、高宮宗光、池田景雄、山中俊好、山岡景隆等人就爭先恐後的率部逃離了戰場，沿途還不忘對城下町、村落進行濫妨狼藉，甚至還揚言織田信長所統轄的大軍已經戰敗，弄得西美濃諸郡各地人心惶惶不可終日。
最後，尹木城、愛崎原周邊僅剩下不到一萬人的織田軍。
將本陣布置在犬山城的八條政定在八條憲繁、八條能重、真田幸隆等家中重臣的建議下，立即派兵對織田軍發起沖擊。
由于麾下諸將大肆潰逃，織田信長甚至還沒有將僅剩的兵力重新聚集起來，上杉軍就發起了突襲。
雖說如今織田信長手中還有近萬人的軍勢，但這些人都是在倉促之下征召而來，並沒有太多的作戰經驗，兩軍一交鋒，士氣低落的織田軍各部就亂作一團，不戰自潰，相互踐踏，還沒多久就被擔任上杉軍先手役的宇左美定勝部擊潰。
東長堯、原長賴、左藤堅忠、遠山直廉、遠藤慶隆、生駒親正、加藤兵部等十余名美濃有力武將先後被上杉軍所討取。