當左伯灣海戰結束以後，大友家高層無不是面如死灰。
因為大友家高層都已經發現左伯灣海戰，不僅沒有按照大友宗麟原先所預想的那樣，將趕來支援島津家的上杉將軍家旗下水軍眾擊敗，甚至還將襲擾北日向沿海地帶的計劃攪黃了。
其實，經此一役，大友家上下都已明白，自家的實力與即將一統扶桑六十六州的上杉將軍家根本不在同一個重量級，無論如何也是戰勝不了上杉將軍家的。若是不願降伏，就要拿出殺身成仁的覺悟了。
就連原先支持大友宗麟的葡萄牙人，在得知左伯灣海戰己方慘敗的消息後，並不打算繼續對大友家伸出援手。因為葡萄牙人本就沒有足夠的兵力、物力在扶桑一國來進行長期的戰事，而且葡萄牙人在九州各地的根基本就不深，他們可禁不起這樣大的消耗。
更何況，左伯灣海戰一戰下來，六艘加來船就被上杉軍擊沉了三艘，連海戰經驗較為豐富的杜瓦爾特‧科爾奧都殞命左伯灣。因此，時任耶穌會教省候補高官的加斯帕爾‧柯艾略打算終止對大友家的援助。
畢竟葡萄牙人在九州的主要目的是建立殖民地、傳教、貿易，其經營的重心還是在東南亞的滿剌加、弗洛瑞斯島、拉克沙群島、摩鹿加群島等地，對扶桑九州的影響力非常有限。再加上與大明的多次交鋒中都以落敗而告終，導致葡萄牙遭到了大明的經濟制裁以及大明沿海地區的軍事打擊。
見杜瓦爾特‧科爾奧都已經陣亡後，多明戈斯‧蒙泰羅自知無力戰勝上杉將軍家旗下水軍眾，就與加斯帕爾‧柯艾略的意見相同，不願孤軍深入繼續與上杉將軍家交戰下去，他可不想像杜瓦爾特‧科爾奧那樣陣亡在異國他鄉。
于是，還沒等上杉將軍家旗下的水軍眾從別府灣南北對豐後水軍眾殘存戰船以及葡萄牙戰船進行夾擊，加斯帕爾‧柯艾略就主動派遣傳教士中較為熟悉扶桑的範禮安作為使者，意圖與上杉將軍家進行和談。同時，加斯帕爾‧柯艾略還嚴令葡萄牙戰船退至別府灣西側的高崎山城沿海進行停泊，不準擅自對上杉將軍家旗下水軍眾的戰船進行交戰。
眼見如今的局勢對大友家愈發不利起來，作為大友家重臣的立花道雪也是黔驢技窮，完全沒有應對之策。
大友宗麟只能被迫召回原先被改易的田原親賢，想听听看他有何良策。
但大友宗麟沒有想到的是，田原親賢與立花道雪一樣，面對大友家如此危難之際，他也沒有什麼良策，只能勸說大友宗麟為了保全大友一族的安泰，應盡快向上杉將軍家降服。
不僅如此，大友義統也開始傾向于向上杉將軍家降服的方案。
因為，眼下的大友家連根本重地的豐後都無法保全，僅剩下沿海的府內館、臼杵城、高崎山城等幾座城池兵砦還在掌控之中，更別說對問注所家、阿蘇家等家中重臣、旗下國人領主進行支援了。
隨著與大友宗麟交好的葡萄牙人都無法戰勝上杉將軍家旗下的水軍眾，以及準備放棄支援大友家後，他也只能認清現實，不打算繼續與上杉將軍家交鋒下去。
于是，大友宗麟就讓立花道雪、田原親賢二人作為使者，前去出使上杉軍本陣，請求降伏以及赦免大友家「抗拒天兵」之罪。
即便大友宗麟有降服之意，可身在前線的上杉軍諸將卻並不知情，他們可沒有獲得八條景定的停止攻擊的命令。
島津家船大將比志島義基率兩艘關船、三艘小早，並順路帶著彌助等五名黑人抵達別府灣海面後，就發現小早川隆景、九鬼嘉隆、安宅清康、忽那通著、高原次利、宮本傳太夫等人就已經趁著漲潮之際，向殘存的豐後水軍眾發起了 攻。
若林鎮興、若林九郎、若林彈正忠、若林上總介、若林大炊助等豐後水軍眾諸將所乘戰船很快就陷入了重重包圍之中。
此時的上杉軍不斷用焙烙玉、火失、鐵炮、大鐵炮、佛郎機炮等火器對豐後水軍眾戰船進行集火攻擊，使得豐後水軍眾一時間被打得毫無還手之力，損失慘重。
作為豐後水軍眾旗頭的若林鎮興不願在別府灣葬送豐後水軍眾，就意圖率殘部進行突圍，但均被上杉軍利用優勢火力所擊退，若林一族中的若林彈正忠、若林上總介、若林大炊助等人更是先後被上杉軍擊斃。
若林鎮興見突圍不成，便打算向上杉軍投降。卻被小早川隆景、九鬼嘉隆等人當即拒絕。
萬般無奈之下，若林鎮興只能抱著全員玉碎向主家大友家盡忠的心態，率剩余的兩艘關船、五艘小早向上杉軍發起最後的反擊。
可九鬼嘉隆卻不打算給豐後水軍眾任何抵近的機會，直接下令將兩艘鐵甲船調轉方向，用船舷一側面向豐後水軍眾戰船，利用佛郎機炮的射程優勢，不斷炮擊豐後水軍眾戰船。
由于此時正值大風，豐後水軍眾其中一艘關船被鐵甲船上的佛郎機炮打穿了甲板，並命中火藥存放點，導致瞬間燃起大火，並蔓延整艘船體，甚至連邊上的小早也被波及點燃。
不少豐後水軍眾的船夫被迫跳入海中，以避免被燒死。
不久，若林鎮興的坐艦也遭到了鐵甲船的炮火覆蓋而迅速進水，關船上的船夫大都選擇跳海逃生，只有若林鎮興一人還端坐在關船的船艙之中，與艦同沉。
最後，豐後水軍眾陣亡達六百余人，大友家最為重要的水軍眾也在此戰中被徹底殲滅，別府灣海面盡赤。
因小早川隆景、九鬼嘉隆等人深知葡萄牙戰船並未參戰，也不清楚葡萄牙戰船的數量以及沿海地區大友家所配置的兵力、火器，就不敢繼續趁勝攻入沿海地帶，便見好就收，退往別府灣外圍進行封鎖，並向景定上報此戰所獲得的戰果。
而這時的景定為了施加上杉將軍家在南九州三國的影響力，在听聞原松尾城城主土持親成率土持一族因奮力抵抗大友家南下侵攻北日向而先後陣亡一事，便特意從土持家庶流中找到了土持親成的族佷土持親綱，讓其繼承土持家家督以及擔任松尾城城主。