朝鮮義軍、僧兵蠢蠢欲動，日軍方面當然也不是在閑著睡大覺。此時在清州城內的日軍守將為蜂須賀家政，其所部正鎮守于清州至忠州之間的大小城鎮，兵力可謂相當分散，其在清州城內居然僅有三百余人。
危險嗎？看起來很危險，不過這其實也要看大局，畢竟日軍自登陸以來，朝鮮軍往往一觸即潰，日軍根本未遇敵手。正是在這樣的大局之下，蜂須賀家政由此對朝鮮戰力不屑一顧，雖然身邊僅留數百士兵，他也認為足以壓制清州，並威懾周邊。
這月初一，趙憲所部一千一百人，靈圭僧兵七百人，官軍五百，合計兩千三百余人進抵清州。由于此前趙憲已經定下計謀，因此便先令本部出五百人誘敵出城，剩余六百義軍與七百僧兵于兩側埋伏等待號令，官軍負責追擊敗軍。應該說，這是一個極其常見的誘敵圍殲計。
蜂須賀家政見清州城外的挑釁者全是尋常百姓，一個個身無片甲，手持粗制刀槍，甚至許多人不過是拿著鋤頭、草叉、柴斧等農具，同時他們還隊列散亂，只知道在火繩槍射程之外叫罵。
蜂須賀家政冷笑連連，對手下人道︰「區區數百賤民，手持農具，連足輕也稱不上，哪來的膽量敢在城外叫罵，必須全部碎尸萬段，以儆效尤！」他不是說說而已，立刻下令以一百兵卒追殺此股義軍。
義軍見一百余名日軍攻來，便與之廝殺。顯然，義軍雖有五百之眾，但衣甲兵械畢竟不如日軍精良，加上又是無陣型亂斗，激戰不過一刻便有近三百名義軍傷亡，戰局可謂一邊倒。
趙憲見狀忙發信號，前部後退引日軍追擊，隨後兩側伏兵突起，瞬間便將日軍合圍。這一下兵力優勢太大，日軍無法突圍，全部被義軍及僧兵斬殺。不過義軍繳獲火繩槍卻不會使用，只得先當做冷兵器隨身攜帶。
蜂須賀家政于城樓望見敵有伏兵，不禁吃驚，細數下來驚覺敵軍竟有數千之眾，由于此刻城內守兵僅剩兩百，蜂須賀家政心中無底，難免有所慌亂。
趙憲及靈圭趁勢號令僧兵、義軍全力攻城，義軍士氣高漲，呼喊響徹清州，于城下與日軍鏖戰。此刻忽然烏雲密布，天降傾盆大雨，日軍火繩槍雖然制作精度不錯，但技術水平卻不算高，可比不得明軍前些年換裝的萬歷二式那樣擁有一定防雨水能力，因此陡然之間全部失效。不過禍兮福所倚，朝鮮方面也因大雨澆灌而無力攻城，趙憲無奈之下也只能下令撤圍。
蜂須賀家政見天降大雨，急忙跪地感謝神明護佑，但同時心知，次日一旦天晴，義軍必再攻城，到時恐怕清州不保。蜂須賀家政當機立斷，率領剩余部卒連夜撤離清州。
到了次日清晨，義軍果然再圍清州，卻見清州早已城門大開，清州百姓四處活動。趙憲及靈圭疑惑不解，找來一名婦女詢問，方知日軍昨夜便已離去。趙憲心疑，不知是否是計，因此也不敢輕舉妄動，但官軍聞听這一大捷，卻一馬當先直入清州，宣布清州光復。
清州光復後，趙憲向官軍討要表功奏疏查看，誰料官軍不給。趙憲率眾強奪而看，果然奏疏中將光復清州之首功歸于官軍，並稱頌僧兵協助，卻惟獨對義兵卻只字不提。趙憲勃然大怒，義軍因此和官軍接連爆發沖突。
靈圭只好充當和事老勸慰雙方，趙憲忿忿不平得回答道︰「數千義民不懼生死與敵寇拼殺，他們只字不提，官軍寸功未立不過先入空城，他們卻敢上報首功！
他們這樣做，分明是對不準官軍參與戰斗的挾私報復，此等無恥行徑絕不能坐視不理。靈圭大師，你既是無欲無求之人，便請勿要多言，刀劍無眼，再上前來必遭無妄之災！」
話說到這個地步，靈圭也只能徒呼奈何。從此起，公州義軍、僧兵、官軍之盟實質上已經瓦解。
到了本月中旬，趙憲接到命令，朝廷要求義軍、僧兵、官軍合力南下收復錦山。趙憲堅決反對同官軍合力，決意自領義軍收復錦山。
靈圭得知，連忙勸道︰「公切不可意氣用事，貧僧想清州一戰之後，義軍僅剩七百，錦山倭將為小早川隆景，听聞乃倭國名將，極具謀略。此人部下兵多將勇，實力強大，且如今正佔據險要，單憑公目前兵不滿千，必是有去無回。還是遵從朝廷之令，三部合力，從長計議為好。」
然而趙憲對官軍之厭惡已到極點，自然不依，執意單獨行動，他傲然道︰「君辱臣死，既接到軍令，我當立刻奔赴錦山再作計較，即便飛蛾撲火也定收復錦山。但請恕在下絕不與宵小之徒共事。大師若也依然願意殺敵報國，便請與我同去。」
趙憲說罷，便正式與靈圭告別而去，瀟灑而決然。
另一邊，小早川隆景听說公州趙憲領義軍數百來攻錦山，如今正夜宿城外，便對立花宗茂說道︰「朝鮮義軍雖勇，但相比我軍仍就是相差懸殊，斷不敢以此等軍力于城外駐扎，我本料其或是一部疑兵。不過，這領兵者若果真是趙憲，那卻應另當別論。
我曾听聞，趙憲為朝鮮名儒，但生性孤僻，固執偏激，任何人都難與之長期共事，如此推斷，則此軍應是孤軍。
況且，趙憲雖深通儒學，但對軍略卻不得要領，不算難纏之敵。宗茂，你讓高橋統增領一千五百人趁夜秘密出城，繞到趙部背後，一是探查周邊有無伏兵，若確為孤軍便伏于敵後，待明日你我親領武士出陣，前後相擊，討取敵將首級。」立花宗茂領命並立刻安排。
次日凌晨，趙憲陣中義軍大部仍在夢中，錦山城門大開，小早川隆景、立花宗茂引兵殺向趙憲，義軍哨兵慌亂。
趙憲聞听喊殺聲起，急令全軍迎戰，但日軍主力已近在咫尺，伏兵已然殺至，義軍大亂，趙憲率眾拼命反抗，並激勵部下道︰「性命唯有一次，必當轟轟烈烈，為國為民，殺盡倭寇！」
然而，軍心士氣固然是冷兵器時代的制勝法寶之一，但如今卻已經是冷熱兵器交替時節，而日軍不僅人多勢眾，且裝備精良，配合得當，殺傷力之巨大亦非古時可比。
趙憲之子身批啟賦戰袍，本想吸引敵軍，便于趙憲逃月兌，但日軍鐵炮火力密集，趙憲之子頃刻中彈身亡。此次激戰之後，趙憲及七百義兵無一生還，而小早川隆景大勝之後，日軍則有序退回錦山。
次日，趙憲弟子率小股義軍趕至，發現遍地尸骸，便聚攏合葬。三日後，靈圭領僧兵進攻錦山，靈圭聞听趙憲死訊，悲憤莫名，立誓要為趙憲報仇。
靈圭領僧兵巧借山勢與日軍周旋，連戰三天三夜。僧兵驍勇，且因身份關系而信念堅定，再加上日軍多有信佛之人，對與僧兵作戰頗有顧慮，導致戰況變得有些拉鋸。
小早川隆景嚴令死守，不斷調整布防，鐵炮手居高臨下晝夜射擊，直到發現某次僧兵孤注一擲的全軍壓上，他才下令打了一次短促突擊。這次突擊正是在關鍵時刻打出了關鍵效果，導致僧兵全滅，靈圭戰死。
如此一來，自高敬命、趙憲、靈圭等人相繼戰死錦山之後，全羅、忠清、慶尚三道各地義軍盡皆憤慨，隔三差五便零散行動或集結進兵，前赴後繼向錦山發動進攻。
小早川隆景本想以錦山作為攻佔全羅道之據點，卻意外發現自己居然成了眾矢之的，反而導致被困于錦山城中，連日——哦不對，是連月以來疲于防守，這般情況實在令這位日軍智將也深感頭疼。
而慶尚道的毛利輝元第七軍則在剿滅義軍中進展不佳，甚至搞得軍師黑田官兵衛親自從漢陽趕至慶尚道予以援助。
黑田官兵衛了解了當地戰況之後，請毛利輝元大遣諸將分布各城、收攏民心。至于黑田官兵衛自己，他則親領三千精銳，先後于各城設誘敵之計，故意示弱，誘導零散義軍入圍斬殺，再安撫百姓，直至地方穩固。
同時，他一並令吉川廣家領軍一萬，緊盯郭再佑所部，步步推進，壓縮其游擊區域，聯合第九軍逼迫郭再佑等各部義軍退至晉州。
在這一階段中，日軍陸上的表現大抵如此，接下來該說一說海上方面了。
卻說自李舜臣在與日軍的海戰中連戰連捷，豐臣秀吉得知後勃然大怒，嚴令水軍大將九鬼嘉隆反擊李舜臣。
九鬼嘉隆其實現在一個頭兩個大，原因是他既肩負海運線路保障，但又無法調集日軍水軍的主要戰力。此時日本水軍真正的主力一直留在大阪附近，用以防備尚未與日本「達成協議」的北洋海貿同盟關東艦隊突襲大阪城，畢竟大阪才是豐臣秀吉的老巢，大阪若是有失，他九鬼嘉隆滅族只怕都是輕的。
九鬼嘉隆無奈，只好請脅阪安治率水軍運輸艦隊主力七十三艘戰船出戰，另外又請加藤嘉明、藤堂高虎率隊從旁策應。
脅阪安治傳見部將脅板左兵衛、渡邊七衛門、直鍋佐馬允三人議事。會上，脅阪安治道︰「李舜臣那廝令我水軍威名掃地，此次太閣殿下已經下達嚴令，務必殲滅朝鮮水軍！此戰，我七十三艘戰船分為三隊齊頭並進，你們各領一隊，先在巨濟島集結，等待戰機。」
脅板左兵衛對戰況頗為憂慮︰「太閣殿下嚴令自然可畏，但我水軍主力此時不能輕離大阪，朝鮮所造之龜船卻又不可小覷。自目前為止，尚無有效的應對策略。
我等此前私下都曾商議，若要破他那龜船，非得從北洋海貿同盟購得的那批巨艦不可，甚至還需要為那些巨艦加裝和明人巨艦一樣的大量大筒(火炮)，但如今這些都沒有，此番再戰之時必對我方造成麻煩。」
渡邊左兵衛亦同有此慮︰「是的，九鬼殿下，眼下我軍戰船都是原有的老船，十分缺少大筒，戰法只得以接弦為主，而相較朝鮮水軍其他將領，這李舜臣指揮得當，若兩軍船隊規模相當，恐怕勝負難料。」
直鍋佐馬允見二人如此頹廢，極為不滿，對二人道︰「二位怎麼變得如此懦弱？莫非我們毫無優勢不成？我還偏就不信了，這朝鮮龜船射不穿、打不爛？朝鮮水軍的大筒可不是明人的大筒，就憑他們那些大筒便能決定勝負？我認為關鍵仍然在于我軍的布陣謀劃，需從一開始便完全掌握局勢！」
這里提到朝鮮火炮的問題，其實前文曾經說過。大明對朝鮮固然一直視為相對比較老實的藩邦，但其實也一直保持著戒心，兩百年來一直對朝鮮實行頗為嚴格的火器、火藥出口限制，至于其中威力最大的火炮，那當然是最為嚴格限制的部分。
這一來，也就導致朝鮮的火炮水平一貫較低，雖然相比于此前一直專著鐵炮(火繩槍)而幾乎沒有怎麼發展大筒(火炮)的日軍要強一點，但也就是「有勝于無」的差別。
按照此時日本水軍將領們的想法，這個問題要解決其實也不難，只要大阪城那邊的新艦隊開過來就行，畢竟那些從京華購買或者改進的巨艦本來都是有火炮的，現在面對龜船這一之前未曾料到的大敵，只要把走私得到的火炮裝到巨艦上，自然就能克敵制勝。
然而這個問題其實沒那麼簡單，因為從京華走私得到的火炮其實早已有了去處，大體上有兩個主要方向︰一是劃撥給了陸軍方面，這個不必多解釋，總之陸軍拿走了大概六成；
二是用來構築大阪城防。大阪城現在說一句固若金湯恐怕不是開玩笑，至少其在日本而言，城防能力一定已經超過了前幾年被拿下的小田原城，因為從大明走私得到的火炮有三成都直接用在了大阪城的城防體系之上。
至于剩下的那一成，自然裝在船上——也就是還在大阪城，在那支用來拱衛大阪灣的「新艦隊」船上。這事兒怎麼說呢，雖然這導致了「新艦隊」的火炮其實也明顯太少，但至少它們有新式火炮，集中使用的話，打掉李舜臣手里那有限的龜船肯定問題不大。
可惜無論怎麼說，這些火炮九鬼嘉隆現在肯定拿不到，他甚至根本沒敢向豐臣秀吉提出自己有這樣的需要。
而此時，脅阪安治見直鍋佐馬允說到這個地步，也霍然起身，狠狠地道︰「沒錯，不可被敵人迷惑心智，我軍集結七十三艘戰船這樣龐大的力量，為的便是要與朝鮮水軍決一死戰！
朝鮮水軍雖設大筒，但轉向及航速皆不及我軍，其所謂的龜船也不過寥寥數艘。此戰我軍分成三隊，一旦開戰，必可利用我軍航速優勢包圍敵船，突入敵陣，有效打亂朝鮮部署，繼而接弦作戰，使朝鮮水軍的火炮投鼠忌器！
諸君，我們要搶奪朝鮮戰船及其大筒，然後編入我軍船隊，如此則朝鮮水軍再非我等敵手。再者說，九鬼殿下為應對朝鮮龜船，已調來由明國工匠改良之後的鐵甲安宅船日本丸作為秘密武器！
現在，我水軍船隊已集結于釜山待命，區區龜船，我看他們還是去做縮頭烏龜為好，否則吾必殺之！」
既然主將都這樣說了，三人也只得接受，考慮到無論如何還有一艘「明制安宅新船」鎮場子，大家對于脅阪安治誓殺李舜臣的話多多少少也還抱有一定希望。于是，日軍水軍完成戰前動員，開始行動起來——
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