直到次日下午，各州縣才相繼將擒拿盜匪一一送到杭州。
「海寧知州張玉田擒得盜犯羅高鳳、陳開榮兩名！」
「會稽知縣胡培，上虞知縣詹錫齡擒得盜犯顧大及一名！」
「仁和知縣戴廷沐擒得盜犯何阿二！」
「蕭山知縣李廷蘭擒得盜犯陳武康、許心得、孫景明三人在此！」
听聞撫院擒拿得大批劇盜，劉烒、秦瀛和延豐也不禁被阮元擒捕之速所震動，這一日下午相繼到了撫院。看著二十多個被擒拿的強人，分別在撫院各房受審。劉烒也不禁驚嘆道︰「天哪……這、這都是阮中丞捕拿到的嗎？這阮中丞到任，今日也才剛滿一個月啊？」
「怎麼？劉藩台，一個月的時間，擒捕這幾十名賊盜，很難嗎？」秦瀛看著阮元一舉連破兩伙盜匪，在劉烒面前也有了更多信心。
「可是……可是這兩伙賊盜橫行浙江，為禍已然數年，雖然人數不多，但行跡從來難尋，所以先前官府一直得不到線索，這阮中丞到了，才一個月……看來，阮中丞做這巡撫，也一樣能做好啊？」阮元初到浙江之時，劉烒尚不能完全信任于他，可看著一個月內，兩伙作案多年的強盜相繼落網，之前的疑慮，也就煙消雲散了。
「或許，鹽務之事，阮中丞一樣能整頓好吧……」延豐在一邊也連連點頭。
「各位大人，在下忙于審訊賊盜，來得遲了些，還望各位大人見諒。」就在此時，撫院內一行人漸漸走來，為首一人，正是阮元，他先向三人作揖拜過，又特意看向秦瀛，道︰「秦大人，審訊之事，本來應該是臬司衙門辦理。但此番我擒得賊盜乃是身有命案之輩，官軍剿捕時也曾拒捕，若是先行押到臬司衙門，只怕又有施暴之事，是以我先行一步，提前在撫院審訊，還請秦大人見諒。」
「無妨，其實這賊人擒捕之速，下官也實在嘆服，若是眼下就讓我臬司衙門來審他們，確實也沒有準備啊？」秦瀛忙謙辭道。
「延大人。」阮元隨即也拜過了延豐，道︰「前日在下所言要事，便是擒捕這一干賊人，他們舊居南沙，若是在下先行擒捕販賣私鹽之人，只怕走漏風聲，讓他們提前逃匿。不過今日，這陳阿三一伙已然全數就擒，想來南沙之濱那些販賣私鹽之人听聞風聲，也可以消停一陣子了。至于之後整頓鹽務，乃是長策，還望大人不棄，與在下一同籌劃長久之策才是。」延豐見阮元言辭誠懇，又兼剿捕賊盜，不數日便有奇功，有哪里還有半分疑慮，也忙謝過了阮元。
「那……阮中丞，這些被擒拿的賊盜，在你剿捕之時，可有他們行劫的實據啊？」劉烒卻還有一個疑問。
「劉藩台所言甚是，其實在下剿捕之時，便已讓下屬參將將賊人據點詳加清理，果然搜出山參十余支，正好之前盜案的文卷之上，也有十余支山參被劫之事，完全對的上。而且賊人居所之內，財寶兵刃，都有不少。不說別的，就是私藏火器、公然拒捕之事，他們也已經重罪難逃了。」阮元言語雖然一如既往的謙遜，但相關細節，卻已一一預判，並且各有對策。看到這里，劉烒自然再不敢懷疑阮元辦案的能力了。
「伯元，那些賊盜之中，有兩人已經招供了，其中供詞，和你先前所言多有相似之處，不如你先來看看？」就在這時，孫星衍帶著一沓文書，從側面偏廳走上。阮元也拿過兩份供狀，仔細看了下去，不過數行，便即嘆道︰「淵如兄，果然是天網恢恢，疏而不漏啊！原來這陳阿三一伙，和三年前的紅門局火災，還有之前督院旗桿之事，都有關系，這一役下來，咱們是連破了三個大案啊！」
孫星衍、劉烒等人听了，也一起過來看著這兩人的供狀，之前的種種疑團，方才解開。原來陳阿三本來是杭州的一名小販，平日買賣本錢不多，便想著用些見不得人的法子聚斂財富，正好自己有個熟人，在紅門局掌管庫房。陳阿三便與他串通，平日由熟人趁紅門局其他人不備，偷偷盜取幾匹官府綢緞出來，自己再想辦法倒賣布匹，很快便富裕起來。為掩人耳目，又從外面低價買了些劣質布料，放入紅門局充數。但就在嘉慶元年，忽然傳出消息，說官府要清點紅門局，于是陳阿三等人擔心盜賣官府綢緞之事敗露，便索性橫下心來，趁一日夜間風起，縱火將囤積的大量次等布料全部燒毀，火借風勢，也一並燒掉了紅門局大半庫房，並連累到附近民居，甚至差點燒毀了學政署。
之後陳阿三也不敢在杭州居住，便聚集亡命，出門做了盜賊，他們盜賣府庫綢緞早已聚起大量財富，又有不少販賣私鹽之人加入其中，便即添置刀槍，甚至購進了不少鳥槍，一時橫行浙北，再無忌憚。阮元到任之時，陳阿三等人听得風聲，知道阮元之前就是浙江學政，又一向以清廉正直聞名，就想著給阮元一個下馬威，才有了督院旗桿折斷之事。卻不想一行人竟由此露出馬腳，阮元不僅沒被這種恐嚇行為嚇倒，反而從各種蛛絲馬跡下手反向搜尋，最終一舉摧毀了這個為禍多年的匪幫。
看著這些供狀，秦瀛也不禁嘆道︰「伯元，這次一舉擒獲這些賊盜，你可是立了大功了啊。不過我看這些賊人所犯罪行，只要坐實，首犯便只有凌遲一途。我臬司自然也要重新審理，可這給皇上的奏報，卻要先準備上了。」涉及死刑必須上奏，這也是清代慣例，是以秦瀛有此一語。
「秦大人所言甚是，這些可以坐實的案情，我今日便即上奏。這些賊盜雖然囂張，卻並非浙江最大的禍患，之後要辦的事，才是真正的大事啊。」阮元心中清楚，自己前來浙江，最重要的還是平定海盜、賠補虧空之事，所以對于其他剿捕之事，也想著早日結案，才能集中精力辦理要事，也就听從了秦瀛的建議。看著剿捕之事已無異議，劉烒、秦瀛和延豐便也拜別了阮元。阮元也同孫星衍一道，將陳阿三一伙已坐實罪名一一上奏。很快，奏報便到了京城的嘉慶手中。
嘉慶看了阮元奏報，自是心中大喜，這日叫了三位軍機大臣到養心殿來，一同討論阮元奏疏。嘉慶說著陳阿三等人盜案之事，不禁喜道︰「阮元這次在浙江所為，真是干淨利落，辦得好！短短一個月，烏鴉船盜匪、陳阿三匪幫相繼落網，看來浙江 賊盜，也該銷聲匿跡了，該賞！若說美中不足之事，就是阮元畢竟初任巡撫，這罪刑議定，未免太過謹慎，只說夠得上死罪，卻不敢決斷了。這陳阿三一伙首犯，依朕看來，個個都夠得上凌遲！對此罪大惡極之人，又有何寬恕可言？便即傳旨，依法在杭州處刑！」
慶桂看著阮元奏報，便即應道︰「皇上明斷，臣等自當遵旨。只是論功行賞之事，臣卻覺得有些不妥，阮元到任方才一月，雖然有連擒兩盜之功，可畢竟賊人人數不多，兩股賊匪加起來還不到百人。若是皇上就這樣賞賜下去，之後阮元若另有他功，便不好行賞了。臣以為，還是頒下璽書褒獎即可，還望皇上允準。」
「這……慶中堂所言，確也有道理。」嘉慶想想，這時便即加封阮元，確有操之過急之感，也就答應了他的建議，又道︰「但這璽書褒獎，朕還是要辦的，就擬旨吧。還有，阮元捕盜之事，朕也準備公示天下，阮元為何到任一月，便即連破大案？無非是準備充分，盡心辦事了。可眼下天下各督撫，辦事能務求周全者，能盡心為公者，又有幾人啊？若是其他督撫州縣都如阮元一般，哪里還有長新店遭劫之事？眼下賊盜叢生，已是事實，便無需粉飾太平，捕盜安民，才是當下要務！」
說著，嘉慶又取過一封奏疏，道︰「此外，阮元卻還有一道上疏，上面說浙江方面，最近多加查訪，沿漕船工水手，大多薪酬不足，建議朝廷擬定數額，酌情增加工錢。這也是當務之急啊，若是船工水手都日益困頓下去，日後萬一有不軌之人交結匪幫，可又要為禍民間了。董誥，最近你和朱珪也在籌辦旗丁薪資之事，旗丁工錢可以漲一些，船工水手又有何不可呢？」
「皇上明鑒，若是旗丁水手薪資俱皆充足，他們自然會感念朝廷之恩，日後沿漕的種種舞弊之事，自然也可以有所改觀了。」董誥道。
「可是皇上，眼下的情況，增加薪資，卻是國用不足啊。」慶桂依然有些保守，道︰「今年國庫收入，尚不足兩千萬兩，可川楚平亂，便已耗去三四千萬有余，早已是入不敷出，這旗丁水手的工錢，雖說相比于朝廷歲入，乃是小數。但即便每人增銀一兩，沿河水手有近十萬之數，也要多十萬兩的開支啊。這般開銷，臣擔心眼下的朝廷，已經承擔不起了。」