阮元等人一路東行，很快在天津見到了許兆椿，與他交接了漕運總督印信之後，阮家行船便也與暫留天津的許多漕船一道南下。至十月份，阮元一行終于抵達淮安，也住進了漕運總督部院之內。
淮安在清中葉時，正處于運河和黃河交匯之處，南方六省漕船，俱要從此北上，而南河總督所駐之處，就在淮安府城之北的清江浦，是以運河之上，從來船行如織，往來不絕。而數以萬計的船只過境，也讓淮安商賈雲集，店鋪林立，以供漕幫歇腳飲食之用，更兼淮安地處淮鹽產區與揚州之間，也有不少鹽商往來城中，更使得淮安食宿衣著之繁侈，幾與揚州一般無二。淮安府城下屬山陽縣，在雍正年間有丁口十六萬，而嘉慶《一統志》所載淮安全府人口，已達一百六十三萬之數，《淮安府志》亦有言曰︰水陸之沖，四方輻輳，百工居肆，倍于土著。淮安此時繁盛之景，可見一斑。
漕運總督府位于淮安府城正中鎮淮樓之北，亦是歷史悠久，自元朝之時，便為肅政廉訪司所在，明初為淮安衛，萬歷時移漕運總督于此處，至清不變。經過百年擴建，這時漕運總督部院除了大堂、大樓、後廳等正堂，亦有書吏房二十余間，兵勇房三十余間，氣象森嚴，不下各省巡撫部院。阮家諸人見了漕督部院這般氣象，也自然連連贊嘆。
「沒想到啊，過了三年，夫子又可以出鎮一方了。這總漕部院看著啊，卻也和巡撫部院一樣呢。」孔璐華對阮元說道。
「是啊，漕運總督本來官品就同于巡撫，只不過職分之上，略有不同罷了。」阮元也點了點頭，不覺感慨道︰「三年了啊……既然來了這淮安，也總要對得起這個漕運總督之職啊。」
「夫子還是一樣呢……不過眼下漕船都回江南去了，夫子就算想做些什麼，現在也不是時候啊？」
「怎麼不是時候了？夫人，我來的時候可就听說了，江西有十艘漕船，因水患遲延了數月，如今方到淮安，正想著將漕糧暫時留在這里糧倉，待來年一並北上呢。我這就去看看，或許啊，能尋出些頭緒呢。」看起來阮元對于這次外任漕督，早已做好了準備。
「哈哈，夫子還真是勤快啊。」
不想阮元之言竟一語成讖，兩日之後，在清點漕糧之時，阮元果然發現了其中問題。
「這里十艘糧船，所運漕糧都清點清楚了嗎？」阮元向下屬書吏問道。原來這一日，阮元親自來到了運河對岸的盤糧廳，與督署書吏一並清點了十艘船上漕糧，阮元左右各有一名書吏，正在清理賬目，廳前尚有十余名水手，一名旗丁，正在等待阮元的清理結果。
「回漕帥，這里所有漕糧，都已經清點完畢了。」阮元左首那書吏答道，所謂「漕帥」便如「中丞」一般，是當時對漕運總督的一種簡便稱謂。
「你們這是怎麼回事？」阮元听了書吏之言，當即對那旗丁怒道︰「李祁運，我看你做旗丁也有七年了，一艘漕船應該載運多少漕糧，你心里不清楚嗎？你看看這筆賬，你十艘糧船之上短缺漕糧，已有五百七十石之多！你說說，若是這短漏漕糧之罪坐實，你該當何罪？！」
「漕帥大人，都是小人的錯，是小人該死啊！」那李祁運從來听聞阮元精于數算，眼看阮元說出他漕船虧漏之數，也不敢再行辯駁，只跪在了地上，對阮元哭道︰「漕帥大人，小人……小人們也是迫不得已，生計為之啊，大人，小人以後一定嚴馭下屬，絕不使漕運再有短漏漕糧之事，還請大人饒命啊！」
「迫不得已？那你可知，你們短少的漕糧是什麼情況嗎？」阮元果然沒有留情，而是繼續對他斥道︰「你等漕幫舊制我也清楚，一年漕運四百萬石，共有糧船一萬艘，這樣看來，每艘糧船當載米四百石，你十艘船少了五百多石米，相當于說每一艘船，都出現了八分之一的虧損！若是所有漕幫都像你一樣辦事，一年朝廷正賦漕糧要少五十萬石，那國庫還如何充實，國家虧空，還能怎麼去補上？！」
「大人，這……實不相瞞，這些事，小人也想管啊。可是……可是小人也管不了啊？」李祁運看著阮元聲色俱厲，更是泣不成聲，道︰「大人或是初任漕帥，這些事大人還不知情，其實沿漕水手，這些年來大多生計短絀，入不敷出，若是……若是僅靠現下這些微薄收入，根本就養活不了自己啊？所以……所以下面有些私販漕糧的事，小人也只能睜一只眼閉一只眼了，大人……是小人不這麼做，小人這旗丁之職，也保不住了啊？」
「這是你等偷漏這許多漕糧的理由嗎？」阮元依然不肯放松，對下面旗丁水手斥道︰「你們一艘漕船少了五十石米，這些米分到你們身上，每個人就算五石吧，這都是上等漕糧，依市價，能給你們折十幾兩銀子出來了！你們一次運糧津貼四兩，這是皇上十幾年來給你們漲了兩番的結果，可你們偷糧食換的錢，是你們津貼銀的兩倍不止！你們就算平日入不敷出，需要再行補貼，也用不了這麼多銀子！更何況，朝廷也有定例，你等北上之後，自可運送商貨南下販賣，用以補貼用度，即便如此，你們還嫌不夠嗎？」
「大人，這……這水手的四兩銀子，實不相瞞，根本就不能足額發放啊？」不想李祁運卻繼續對阮元道︰「大人有所不知，我們江西漕幫，從來就很難從漕運上拿到足夠津貼銀，而且平日漕船過淮，這從漕督到盤糧廳的老爺，哪個不得交一筆幫費啊？所以……所以即便我們帶了商貨南下，漕幫里也是將賺來的錢集中給幫主，幫主交了幫費，剩下的才均攤給下面的水手，這到手的銀子，卻還有多少啊？至于大人所言失卻漕糧之數，小人也不會算賬，又哪能記得那麼清楚呢？」
「盤糧廳可有濫索幫費之事？」阮元又向身邊兩名書吏問道。
「這……漕帥大人，小人也只是耳聞確有此事，卻……卻未曾親見，小人平日沒……沒有濫收任何幫費啊？」右手邊那書吏也對阮元慌道。
「哼……若是你等能夠認真清點漕糧，這些漕丁還會如此肆意偷漏，而盤糧廳全然不知嗎？」阮元看這書吏模樣，多半也是收過幫費銀的，只是不如一般盤糧廳之人所收那麼多罷了。饒是如此，想著一年以內，清點漕糧畢竟還需要依靠這些吏員，阮元還是把話壓在了心里。
可到了這時，阮元卻也已經看出，漕運之上，水手、漕幫、淮安督漕吏員，已是盡數有弊，官府吏員用度不足，便向漕幫索要「幫費」，漕幫交了幫費，自己開支短絀，便即克扣水手津貼銀，水手津貼不足，便只有倒賣漕糧，漕糧短少，就只能額外向交糧百姓索取「加耗」。漕吏與旗丁水手勾結，面對水手偷漏糧食，不聞不問，而水手也並非都是心善之人，大多倒賣漕糧者所偷漏糧米，早已超出了日常開支，是以長年以來，漕運早已出現了公私皆困的局面，想要破局，絕非易事。
「罷了，李祁運，本部院也知道若是本督就這樣嚴懲于你，你心中必然不服，畢竟你們這是補運漕糧，還算是心中念著漕賦之事。」阮元也清楚，如果只是嚴懲李祁運等水手，不能從根本上解決漕運問題，那麼以後還會有水手鋌而走險，進而出現更多的李祁運來。所以阮元這時也終于松了口，對李祁運等旗丁水手道︰「你這五百七十石米，我這里記下了，我可以給你三年時間，讓你補上這些缺漏糧米，若是三年之內，你們不能如數補齊，那到了時候，也休怪我無情了，本部院那時只能將你等盡數開革，永不許參與漕運之事！還有，你等水手困頓之事，本部院可以想辦法，但這不是你們盜賣漕糧的借口！你們回了江西，也速去跟你們漕幫幫主說一聲，明年運糧再到淮安，你們不用再交任何幫費，但若是明年你們再有漕糧短少之事，我定當嚴懲不貸！你可清楚了？」
「謝大人開恩，小人定當竭力賠補漕糧，謝大人能給小人這個機會！」李祁運听了阮元終于肯從寬處理，也當即對阮元連連磕頭，以示謝意，下面水手自也一並下拜，謝過阮元從寬之恩。
「還有，若是在江西那邊，我听到任何你等濫行加耗的傳聞，到了明年，我一樣嚴懲你等！」阮元又補充道。
「多謝阮大人！小人絕不敢再犯了，不敢再犯了！」李祁運等人繼續向阮元謝道。
只是阮元比任何人都清楚，這次清查漕船，僅僅只是一個開始。
回到淮安漕院之後，阮元也重新思考了一遍整治漕務之法，但無論幫費問題，還是偷漏米糧問題，都需要得力的精于數算之人相佐，方能成事。他已經听漕吏將清點漕糧之法盡數說明，漕吏丈量漕船，清查糧食，多用珠算，極易隨時更改數字，只要吏員和旗丁水手合謀，便可以輕松騙過上級官員，這一節卻也是難辦。
想著焦循雖然已經歸隱北湖鄉間，但如果只是來淮安辦事，說不定焦循尚可相助自己，便也先給焦循去了信，想著自己先到北湖與焦循一敘，再商議入幕輔佐之事。果然數日之後，焦循也來了回信，同意了阮元南下來見自己一面的請求。
這時焦循已經在揚州隱居三年有余，並在北湖故地新築一樓，名為「雕菰樓」，冀求終老北湖。阮元便也乘了小船，連夜南下，不過三日，便即回到了揚州這片熟悉的水道之中。問過雕菰樓方位，阮元便令小船兼程前往，果然在這日落日前抵達了雕菰樓下。