「好，行在之事，就依董誥所言。」嘉慶想著董誥之言更有道理，便即同意了他的建議，又道︰「托津、英和，你二人听著，托津先回京城，立刻接管健銳營入京，然後全力搜捕賊人余黨，不得有誤！京中紛亂如此，九門提督吉綸在做什麼？如此遲疑庸碌，朕要他做九門提督何用？！英和速速持詔南下，將吉綸就地免職，暫代九門提督一職，京城守衛若再有疏漏，也唯你是問！」
「臣等遵旨！」英和與托津先後得了嘉慶口諭，便也前去做南下準備了。
到了次日，嘉慶一行仍如常整軍南下，周遭百姓見皇室車駕如故，也自安心，至九月十八日，嘉慶終于如期抵達京城。
這時的阮元，在天津將漕糧交兌完畢之後，也帶領漕船開始南下，果然漕船方才進入山東境內，宮禁之變的消息便也傳到了阮元這邊，阮元听聞皇城被突然襲擊，也當即大驚，連忙召集了之前加以重用的三名幫主和孫星衍、焦循等人，緊急商議應對之策。
听著阮元告知各人，天理教徒在宮禁之地發起事變之事，孫星衍和焦循也都大吃一驚，焦循未經官場，更是不敢相信，當即向阮元問道︰
「伯元，這……這是真的嗎？皇城如此莊嚴之處，就……就這樣被七十個賊人堂而皇之的出入其間，這……這皇城護軍，都是干什麼的啊？」
「伯元、里堂，如今看來，這一切又何嘗沒有因由呢？」這時反倒是孫星衍先冷靜了下來，對阮元和焦循道︰「伯元之前數年遭到貶謫，有些事或許也看不清楚，可我前些年就在這山東為官，那巡撫同興是什麼德行，我還不清楚嗎？仗著天高皇帝遠，他在這山東百事因循，成日毫不用心，多少刑案報到山東撫院，他都不聞不問，只把所有政事都交給下吏去辦，那些吏員得了便宜之能，一個個胡作非為，惹了事，也從未見他管過！如此之人，有得一個，便能有十個百個，更何況皇城從來太平，這些護軍哪里還有多少應急之能可言？我……我倒也不是說皇上錯了，可如今這天下，承平日久，多少人安于現狀、不思進取，只怕皇上也不能盡數發覺嚴懲，這才……這才有今日如此大逆之事啊？」
「淵如兄所言……確有道理。」阮元沉吟半晌，也同意了孫星衍之語，不過，相比于已經被平定的禁門之變，阮元更擔心的，顯然還是眼下漕運安危，也對孫焦二人道︰「只是如此一來，咱們南下，卻也更危險了，這禁門之事，咱們知道，滑縣、山東的賊人難道便不知了？若是這陣風真吹了過來，運河沿岸，再有一二異動，咱們這南下漕船，便更有可能被盯上了。咱們現在要面對的情況，可比北上時想得還要難啊。」
「伯元，我之前卻也沒想到，這趟漕船南下，帶的商貨可不少啊，京城商人、漕幫水手，都有不少貨物在船上，若是果然有人前來行劫，可就……不過伯元，你不是也說起過，滑縣那些賊人，連附近的浚縣都不能攻下，可見不過烏合之眾嗎？既然如此，咱們面對這些不成氣候之人，會不會……」焦循想著眼前情況，也在一旁與阮元商議道。
「里堂，你說的確有道理。」阮元听著焦循之語，神色也漸漸堅定了起來，道︰「正如我之前預料，賊人一是不善攻城，二是目光短淺，從如今咱們得到的情報來看，大部分謀逆之人，都集中在了滑縣一地，這幾天，雖然也有長垣、曹縣失守的傳聞，但即便是真的，這些縣城易攻難守，奪回來不難，而且這里賊人，並不如滑縣那般眾多，也就是說，他們最多只能派些哨探到運河這邊，虛張聲勢，根本就沒有大舉進攻咱們船隊的能力！所以，咱們也無需擔心兵力不足，只要加強沿漕戒備，凡有異動，我等皆能不為所動，一個月後，我們自然可以順利南下江蘇，江蘇那邊我已有調度，只要過了徐州，咱們自然就安全了。」
「伯元，這……話雖如此，可咱們這里是漕船，船上大多數人，也不過只是精于行船的水手，漕兵雖說咱們也帶了，可一共才三百多人，但咱們這是五千條船啊？萬一真的有賊人前來偷襲，就算他們一樣不成氣候，咱們一個人守十幾條船，這也根本不夠用啊？」焦循听著阮元之語，也頗為憂心地問道。
「伯元，我倒是想起來了。」孫星衍畢竟為官數十年，阮元行止異常之處，他比焦循更易發覺，道︰「你北上之際，便告知臨清鐵鋪開爐煉鐵，是……為了防備南下時遇到賊人吧？可就算咱們能多一些刀槍……伯元，你打算給什麼人用呢？」
「淵如兄，看來這些事還是瞞不住你啊？」阮元一邊笑著，一邊也對一旁的三名幫主說道︰「這件事，你們也已經準備好了吧？我在臨清那邊，已經讓他們打造了五千支鐵矛頭，我們明日就將矛頭取來，你們也將預備好的五千水手集合過來，每人暫發一支，直到我們進入江蘇為止！這一路上，我估計會遇到賊人夜襲，也可能遇到火攻，但無論發生什麼，咱們都不用害怕，因為根本就不會有人大舉進攻我們船隊！若是你們實在不放心，我讓漕船上的三百官兵守護外面河道，你們這五千人，只需護住漕船即可，這樣對于他們而言，也不是什麼難事吧？」
「大人，您就放心吧，咱們早就準備好了。就按大人的吩咐，無論岸上發生什麼，咱們就堅持死守河道，護船南下！這點小事，咱們這幾個漕幫，還是應對得來的！」揚州三幫幫主率先響應道，緊接著，九江後幫幫主和衢州幫幫主也一並向阮元作揖拜過，認可了阮元的計劃。
「伯元，你這辦法倒是不錯，可是……」孫星衍听著阮元護漕之計，卻反而多了幾分擔憂，對阮元道︰「你這做漕帥的，直接在臨清打造鐵矛，這……這還是漕帥之職嗎？若是皇上那邊，又或者有什麼人，認為你此舉並非僅為護漕，而是……而是擅作主張，又或有……有個其它想法，你這以後的日子，可就不好過了啊？」阮元和孫星衍自然清楚，所謂「其它想法」，便是阮元私自打造兵器，圖謀不軌了。雖說刀槍這種武器，即便民間也沒有完全禁止，但民間鑄造刀槍，鐵匠必須留下自己姓名，以為擔保之用，百姓也不能持有過多兵器。阮元僅為漕運總督，又不是為漕兵整頓武備，就這樣打造大量鐵矛，難免讓別有用心之人得到口實。
「淵如兄，我知道，你也在擔心我又有四年前那種事。但這一次，已是箭在弦上，這鑄矛自衛之事，也是不得不做了。」阮元也鄭重地對孫星衍說道︰「這件事我已經寫了密折，對皇上詳加稟明，我也已在折子里寫下，若是此次護漕有什麼閃失，我一人承擔罪責便是。的確，即便咱們的對手看起來不過爾爾，可護漕大事，也不是兒戲啊，總要有人出來尋個主意吧？相比于漕運大計，國家根本之事，我一人安危又算得了什麼呢？再說了，咱們這里有你我和里堂，三個學問大家坐鎮，咱們所學，又以‘實學’為長，那咱們難道不應該讓天下人看看，咱們讀書之後，果然是有所致用嗎？」
「伯元，這……既然你都願意拼上一把了，那我又有什麼可猶豫的呢？」孫星衍沉吟半晌，終于還是認同了阮元的主意，道︰「那就這樣吧，我雖然六十了，可心中這股精神還沒散盡呢，這半個月，我就把這條老命跟你賭上，一定保著咱們這些船，平安回到江蘇才是！」
「好啊，能和淵如兄再共事半個月，這也是我的福分啊！」阮元看著無論漕幫還是摯友，這時都已經團結一致，準備共濟時艱，心中也是無限激動，緊緊握住了孫星衍雙手，以示謝意。
之後數日，果然如阮元所料，每日入夜，岸上都會出現大片火光，三更前後，更有無數呼喝之聲，響徹運河兩岸，不少水手即便有了準備，也難免心中發慌。阮元卻看得清楚，這些敵人果然只是虛張聲勢，根本不敢大舉進攻河道，故而每日入夜，自己都親自指揮船隊，堅守河道不動，一連數日，都是直到後半夜才能歇息。但運河漕船也在阮元悉心護衛之下，平安進入了濟寧，一路南下微山湖而來。直到這時，岸上才終于回歸平靜。
事後阮元方才得知，曹縣、長垣等地的天理教徒，在一度攻破縣城之後，都沒有繼續守城，而是帶了大半人馬北上滑縣，與李文成合兵去了，留在運河附近的果然只是小股教眾，這些人眼看漕運船隊行船嚴整，大批衛兵手持長矛，前後護衛，也果然不敢正面行劫，只得入夜之後趁夜鼓噪，試圖引發船隊混亂，眼看漕船巋然不動，數日之後，這些人便也散了。阮元準確的判斷，成功保護了五千漕船得以及時南歸。