然而大運河的水情卻並無絲毫改善，進入嘉慶十九年，江淮依然處于干旱少雨的困境。二月之初，新一年的漕船北上也已經迫在眉睫，阮元雖清楚河道難行，卻也只好再度出發，北上督漕。
可這一次，阮元行船剛剛抵達黃河，便即得到前方漕船來報，邳宿一帶，百余里之內運河積水漸顯不足，擔心漕船難以如期前進。阮元得了信報，也是擔憂不已。他素來精習天文，能觀天象，眼看青天之上，晴朗無雲，正是上一年北上時的天色，自也清楚，嘉慶十九年的江淮，只怕一場大旱又是在所難免了。無奈之下，也只得派了下屬，前往通知清河的黎世序，希望他能夠立即下令，將微山湖、駱馬湖湖水瀉 出，以保運道暢通。
誰知黎世序得了阮元傳令，並沒有當即決定放水，而是親自率了數十隨從，與阮元行船一並北上到了宿遷河道。一行人在宿遷停靠之後，黎世序便即派遣下屬，取了測水器具，前往勘測河水深淺。半個時辰之後，听著下屬的上報，黎世序也對阮元答道︰「阮漕帥，我等方才已經將此處水深測量得當，現在宿遷這里水道，水深均不低于一丈二尺，儲水尚屬充足，依定例，下官不能開閘。」
「黎總河，我所念開閘引水之事，不僅是為了這次行船，也是為了這一年的漕船著想。」阮元自然清楚這時水深情況，只是他這次請黎世序開閘，本也不是只為這一次行船之用︰「去年豫東之亂，漕船雖能如數南歸，可不少船只其實誤了一月歸期，是以今年我等不能再如往年一般計議北上之事，今年要北上的漕船，一共分了三次。可黎總河，您看如今這天氣，與去年情形相似，多半今年江淮之地，又將有一場大旱了。如今咱們看著，河水尚不到開閘之量，可之後呢？半個月之內若是不下雨，後面的行船就又要拉縴而進，若是第二批漕船北上了，總河再去開閘，那後面行船，也要被耽擱至少半個月。所以我也想著，與其日後為之，不如先行開閘，充足運道，這樣咱們行船也就方便了。」
「阮漕帥，您這番言語，恕下官不能接受。」黎世序這時只有三品頂戴，故而名義上河督漕督品級一般，他卻依然以「下官」自稱︰「阮漕帥方才言及，今年必有大旱，大旱則運道必斷，如此之語，並無實據，下官不能信服。難道，漕帥僅憑今時天氣與去年此時相同這 一條，便要堅稱今年也是大旱之年麼？如此推論，未免有些武斷吧？」
「黎總河，我自幼學習天文數算，雖不能有所成就，數月之內的天象如何，雨雪陰晴之狀，我還是看得清楚的。」阮元听黎世序堅稱不見旱情，便不能開閘，自然也有了好勝之心，便繼續勸黎世序道︰「如今這天象，我敢肯定，三個月之內這里都不會下雨，如此到了夏天，河中積水只會更少。黎總河，如今運道之上，水手多不願行拉縴之事，去年也是我們以縴代賑，方才臨時化解危機，可我所督運，本是天庾正供，不能輕易處之啊？這里距離駱馬湖已經不遠，還請黎總河行個方便，現在就下令駱馬湖開閘，充足運道，這對于總河而言，又有何不便呢？」
「阮漕帥，下官身為南河總督，無故開閘引水，那下官不就失職了嗎？」看來阮元這番解釋黎世序還是不能信服，繼續對阮元辯道︰「更何況，下官先前也遣人打探過這里蓄水湖的情況，微山湖、駱馬湖如今蓄水都不多，若是下官貿然開閘，致使周邊湖水枯竭，若是後半年再有個萬一之事，下官也擔待不起啊？」
「黎總河，這微山湖駱馬湖蓄水所為何事？正是先前治漕之人，念及運道或有枯竭之虞，方才築了如此二湖，以備旱季之用！如今總河引駱馬湖之水入此河道，正是物盡其用，總河又何必猶豫呢？」阮元繼續對黎世序辯道。
「阮漕帥，這沿河蓄水之湖又不是只有引水之用，更何況現在各湖蓄水本就不足，下官不能因漕帥一面之詞，就甘冒如此大險！」黎世序依然力主己見，二人誰也不能說服對方，一時竟僵在了河道之上，不能移步。
「伯元，不好了！」就在阮黎二人僵持不下之際，忽然間楊吉的聲音出現在了阮元身旁，阮元驚異之下，連忙回頭望去，只見楊吉一路小跑，沿著北向河道跑了回來。楊吉看到阮元，也連忙對阮元說道︰「伯元，方才駱馬湖水閘那邊，咱們的兵跟河道衛兵為了開閘的事，吵了起來，之後……之後就打起來了！」
「黎大人，黎大人！」就在阮元尚且不知楊吉所言因由之時，河道一側，又有一名把總跑了過來，這人卻似對阮元視若不見，方才駐足，便對一旁的黎世序拜道︰「黎大人，方才水閘那邊的護漕官兵，把咱們的河大人給打了！他們……他們非要咱們的人開閘，下官……下官攔不住啊！」
「這……這都是怎麼回事啊？！」阮元和黎世序听著二人下屬竟然在水閘之處大打出手，也都大驚失色。
很快，阮黎二人到了駱馬湖水閘現場，方才將兩隊人馬分開，這時阮元也听下屬官兵解釋清楚，原來，就在阮元和黎世序爭論是否應該開閘引水之時，漕標兵士與守衛水閘的河標綠營，也為了是否需要開閘一事爭論了起來，阮元下屬的漕標游擊潘遇龍一時性急，竟帶著下屬兵士想要強行開閘。這里河標歸淮海道道員河洲管轄，河洲這時也在現場，當然不想听憑潘遇龍指手畫腳，當即率隊上前阻攔，混亂之中，河洲被推到水里，摔斷了右腿。如此一來，倒是阮元的漕標官兵在道理上吃了虧。
這河洲本是黎世序親信，是以黎世序眼看他受傷，當即寫了奏折，遣人快馬送往京中。嘉慶听聞阮元在河水尚屬充足之時，一再要求黎世序開閘引水，又是漕標官兵打人在先，也當即大怒，將潘遇龍革職查辦，就連阮元也未能幸免，被嘉慶降一級留任。想著任命阮元做漕運總督的舊事，嘉慶也不覺有些氣餒，感嘆道︰
「阮元啊阮元，你做這個漕運總督還不到兩年，怎麼在你自己的省里，還能鬧出這麼多事端啊？先是築閘之事，今年又是引水，唉……難道朕用你做漕運總督，還是用錯了人不成？」
想著阮元任用之事，嘉慶一時也是無計可施，便順手取下了身旁的另一本奏折，這封奏折是江西巡撫先福所寄，看奏折密封之狀，似是要緊密奏。嘉慶拆了奏折，只看得數行，便即怒氣上涌。只是聯想起方才阮元之事，嘉慶竟沒有當即發作，反倒陷入了沉思。
「江西逆黨……也罷，如此看來，江西也確實需要一個能臣坐鎮啊……」就在這時，嘉慶開始有了改任阮元的念頭。
清時河漕分治，本是為了各盡其長，漕運總督專督漕糧北上，河道總督則專司治河引水，若如此繁復之任皆由一人專職，則往往不能兼顧。可河漕分治至此百年，卻也漸生弊端，漕運總督任職，以如期運送漕糧抵達通州為第一要務，如此則河道、沿漕各湖引水之事，必須以漕運為先。河道總督則以治水為本，凡所用水，俱以河道安瀾，沿河水道不致泛濫為要。一旦各行其是，便極易在用水之事上有所齟齬，以致各不相能。
阮元自也清楚，黎世序並非有意與自己為敵，只是職分有別而已，故而對于黎世序拒不開閘之事，阮元也並無怨言。果然入夏之後，一連數月無雨，江淮再次陷入大旱之中，這一次黎世序再無異議，主動將微山湖和駱馬湖打開為運河注水。可即便如此，因蓄水湖本身積水不多，六月的運道之上，阮元依然只能動用大量縴夫前來幫助行船。
這日漕船行抵台莊，阮元也收到了嘉慶新的一份上諭。
「伯元，看來這黎總河倒也是個厚道人啊。」黃昏之際，阮元和楊吉已然尋了驛館，安置完畢，想著閑來無事，便一起走到了驛館之外，來看運河水勢，想著入春之時，黎世序和阮元爭執不休，到了這六月盛夏，態度卻已經截然不同，楊吉也不覺感嘆道︰「雖說這水量還是不夠，但他能夠不計舊怨，主動出手相助于你，照我說來，卻也是個好官，只是這人為人未免拘執了些，有些時候，讓人看著不快。」
「黎總河治河之才，當下也是海內屈指可數了。不說別的，就說嘉慶十六年以前，這南河決堤了多少次？可黎總河治河兩年，南河竟無一次決口，也是難得了。他所不足之處，乃是不通天象，不能提前預判雨量，可這門功夫，現在國朝之內會的人也不多啊？能通天象之人，多數又潛心學問，做不得督撫這般高官，所以遇到這些咱們可以預先警覺之事，竟是曲高和寡啊。」阮元也點了點頭，向楊吉感慨道。
「伯元，你這是夸黎總河呢，還是夸你自己啊？」楊吉見阮元神色漸漸輕松，卻也笑了出來，對阮元打趣道。
「哈哈，不過話說回來，或許我這漕運總督，這一任也就到頭了啊。」看起來阮元之所以大發感慨，竟還有另一重原因。
「伯元，這……這怎麼可能呢？」听著阮元這樣一說，楊吉也不禁納悶起來，問道︰「是，皇上春天的時候，因為那潘遇龍擅自打人的事，把你也責備了一番，可如今呢？一連數月不能下雨，你的預測，已經應驗了啊？這件事歸根究底，你猜對了，皇上和黎總河猜錯了啊？怎麼，現在皇上已經變了，只顧著自己面子，不敢承認錯誤了嗎？」
「楊吉，我先前與你說過，今年漕運，因去年變亂之故，糧船只得分三次北上，這是第二次，可皇上來的那封密諭之內，卻告訴我，這次漕糧交兌之後，便即北上京城，皇上要……召對于我。這漕糧之事未盡，卻讓我北上面聖，我思來想去，多半也是要改任了。」阮元想著漕運總督一任，其實尚不足兩年，雖已經力行更革，整肅吏治，但許多清除漕弊之法，或僅能有所小成，或礙于上任之時不多，尚無長久之策，這時若是離開漕運，這些辦法能否繼續實行下去，都再也不可想象。尤其是嘉慶授任自己之時，還親口承諾若自己辦事得當，可以長期任用，如今憶起這些，阮元自然更為失落。但回想督漕兩年，阮元卻也嘆道︰「皇上的意思，我倒是也清楚，漕運可以不用我，但眼下南河離不開黎總河啊，權衡之下，走的那個人，當然就是我了。」