這次阮元見嘉慶時，卻只覺嘉慶神色較于兩年之前已然輕松了許多。想來河南、江西漸漸回歸安定，也自讓嘉慶放心。只是嘉慶听阮元匯報了河南辦理積案之事，也不覺向他嘆道︰「阮元啊，其實當日朕給你那份密諭，讓你盡快入京，便是讓你無需盡數清理舊案，只需將那些要案議決了，也就夠了。你卻把所有積案都辦完了，雖是認真，卻也比朕的預期晚了一個月啊。」
「回皇上，臣以為，刑案事關百姓性命身家，不得不詳加議定，更兼河南積案眾多，確是一時不能盡決。臣耽擱了這些時日，還請皇上治罪。」阮元只得回復嘉慶道。
「你何罪之有啊。」嘉慶卻也笑了出來，道︰「朕從來清楚，天下督撫之內，論才干、論忠信，你即便不是第一，前三位也是一定的了。這也是那彥成母親病重，他想著回來盡孝，朕只好讓方受疇來做直隸總督，可河南這些年因為天災之故，一直也不太平，方受疇走了，他沒辦完的事總要一個能臣過去幫他做完啊，所以朕讓你暫時做幾個月河南巡撫，卻是想著另有其他一處要任，需要你前去坐鎮的。今日朕看你巡撫豫贛之事，朕也相信你，阮元，你果然是可以任大事的人啊。朕這里另有一道上諭，你就接旨吧。」說著也從御案之側取了一份上諭過來，準備對阮元示下。
「回皇上，無論臣任職何處，自當盡心竭力。」阮元答道。
「好，你听旨吧。」嘉慶卻沒有再傳門外的曹進喜進來，而是直接打開了上諭，道︰「阮元任江西巡撫兩年，河南巡撫三月，江西會黨、河南盜匪漸次肅清，士民得以安居，倉廩充實，水利大興，實有功于社稷！現著阮元調補湖廣總督，覲見之後，便即南下赴任，欽此！」
阮元听著升遷之令，心中激動，竟一時不能言語。
總督之名，始于明代。自明宣德之後，凡有戰事多以文官總領兵馬，督辦軍務，是以有了總督之名，一般認為正統年間明臣王驥總督麓川軍務，即為總督一職之始。但明朝中期，總督與巡撫一樣是京官外任，又兼總督多為戰事而設，是以時設時廢，並非常任官職。譬如嘉靖時胡宗憲因防御倭寇之故加餃浙直總督，此浙直總督便專為海防而設，隆慶初便即廢除，一共只存在了十幾年。但明朝嘉靖之後，因北方蒙古邊患、南方兩廣山民起事頗多，便將三邊總督、宣大總督、薊遼總督和兩廣總督四個職位一直保留了下來，到了萬歷之時，四總督漸成定制。後來明末民變漸起，明廷又大量在中原內地增設總督。
此後清承明制，但于總督一職上承襲的卻是明末內地多總督並存的臨時體制，而總督之職也因內地漸平之故，不再限于軍務。至康熙平定三藩後，中原定下六總督之制，總督遂與巡撫一般，成為總制軍民之封疆要任。後世總督一職又有增設，至乾隆中期形成八總督體制（即直隸總督、兩江總督、陝甘總督、閩浙總督、四川總督、湖廣總督、兩廣總督及雲貴總督），地方上八總督十五巡撫並存的督撫制度，就這樣一直延續到了清末。
總督本職為正二品，但進入乾隆時代，總督加兵部、都察院正職已成定制。阮元即將出任的湖廣總督，又名兩湖總督，全稱即為「兵部尚書兼都察院右都御史，總督湖北湖南等處地方軍務兼理糧餉」，乃是從一品之任。是故阮元心中也是感慨萬千，想著自己考中進士至此已有二十八年，初任二品要職是二十一年之前，初任正二品侍郎，至這時也有整整十八年了，其中還做了十一年巡撫。雖有劉鳳誥科場一案之故，可相比于年輕時升遷之速，如此正式升任一品之日，卻實是來的有些遲了。
而阮元升任總督，也意味著總督一職之上旗民之數達到了平衡。因清初總督依然偏重軍務之故，康熙平定三藩，確立六總督之後，總督便大多由旗人擔任，康熙一朝總督大抵是滿八旗與漢軍旗各半，偶有一二民人總督。雍正朝一度增設至九總督，其中滿蒙、漢軍、民人大抵各佔三分之一。乾隆時代則總督半數以上均為滿八旗旗人，漢軍、民人總督之和，僅數年可達半數。但嘉慶親政之後，督撫多重實績，旗民之限漸漸松動，嘉慶十四年後，漢軍旗與民人總督之和便已有半數，而嘉慶二十一年那彥成暫時辭職之後，直隸總督換成了安徽桐城人方受疇，此外兩江總督孫玉庭、閩浙總督汪志伊亦是民籍出身，若再加上阮元，則自康熙二十四年定下六總督以來，民人總督第一次單獨達到了一半。而此時旗人總督之中兩廣總督蔣攸又是漢軍出身，阮元升任總督，其意義可見一斑。
但阮元本非汲汲于名利之人，心中雖有激動之情，不過片刻便也散去，只是這時他心中又多了一個疑惑︰嘉慶方才對自己言及，自己是可任大事之人，但如今湖廣尚屬太平，並未听聞寇盜之行，如此安穩之處，卻怎得有「大事」可做？
「臣……謝皇上聖恩，臣雖駑鈍，此番出任湖廣，自當竭誠于公事，絕不敢有絲毫怠慢。」阮元心中雖有疑慮，謝恩之言卻不能不盡。
「阮元，你這謝恩之語，就算你那個位置上跪著的是朕自己，朕也不會心服啊。」不想嘉慶卻主動點破了阮元這個疑慮，對阮元笑道︰「你真的覺得，湖廣之地，就是你的用武之地，也是朕眼下最需要一位能臣坐鎮之處嗎？」
「臣……回皇上，臣以為，無論臣在何處任官，無論當地百姓生計如何，若是臣以為一地太平，便因循無為，任由積弊漸生，那無論臣任職何處，臣都做不好這個總督。」阮元向嘉慶答道。
「好了，你真要是如此作想，也由得你。但至少朕以為，如今湖廣尚屬太平，讓你去做湖廣總督，其實是屈才了。朕真正想要重用你的地方，是另一處。」嘉慶也對阮元說道。
「請皇上示下。」阮元當即答道。
「阮元，朕這里另有一篇奏折，你可以看看。」說著，嘉慶也從案上取來另一本奏折，放在了阮元面前。
見阮元看著奏折，一時難以言語，嘉慶也主動對他說道︰「這封奏折是浙江來的，里面寫得清楚，如今浙江舊有虧空，就只剩下八萬兩尚未補足了，而浙江這兩年錢糧的盈余，都在十五萬兩上下，也就是說，到了明年，浙江嘉慶五年以前的積欠就還清了。而且這十幾年來，浙江只有挪借錢糧之事，卻沒有新的虧損。這錢糧充實之狀，終于重現于浙江了啊。朕知道，那年清查虧空的巡撫就是你，當時你報了一百九十萬的虧空，如今這舊虧盡補，未見新虧，最大的功勞，應該在你身上啊。」
「皇上，臣……臣多謝皇上還能記得當年之事。」阮元看著自己當年未能如願的賠補虧空一事，如今終于成功解決，心中自也是無限激動。
「是啊，所以說，朕知道你是真正的能臣啊。」嘉慶說到這里，卻不禁感嘆道︰「國朝財賦重地，無非江浙、安徽、江西、山東諸省，你在浙江和江西，都做的不錯，但你可知道，山東和江蘇賠補虧空之事，如今卻到了什麼地步嗎？」
「皇上……臣請皇上示下。」阮元也只好主動詢問嘉慶道。
「唉……朕這些時日看著江蘇和山東，卻也不知竟是為何啊。」不想嘉慶說到兩省之事，言語竟漸漸黯淡了下來，只對阮元道︰「江蘇兩個藩司，在嘉慶五六年間，和你所在的浙江情況差不多。當時也有人說，江蘇之所以有虧空，是高宗皇帝南巡，府庫竭力供張所致，是以朕當時便已決定，不再南巡，若是沒有了這些供張奢靡之事，那江蘇虧空應該可以逐漸補上啊？卻沒想到，朕去年清察江蘇藩司之時，竟然發現，高宗一朝的虧空他們是已經補了八成，可就這十年，江蘇二藩司居然連年出現新虧，更有甚者，這新虧之數，竟已遠遠高于舊日虧空！江蘇布政使那邊，虧空已經達到三百三十萬之數，而江寧布政使也有一百七十萬的虧空！山東在嘉慶十二三年間，虧空尚只有三百萬，可就這八九年下來，新虧居然又多出了三百萬！朕這一次也再不客氣，吉綸、同興二人做這幾年巡撫，把山東錢糧搞得一塌糊涂，那朕就再也不用他們，他二人朕罰了盛京監禁，其余山東官員，朕也嚴令若有積欠，一律在三年內予以賠補，否則，虧空一萬兩以上一律斬監候，兩萬兩以上直接斬立決！可就是這樣，兩年了，山東虧空也才補回來不足百萬，這根本不夠啊？朕也想著或是吉綸同興這兩個混賬中飽私囊，將他二人都抄了家，卻也沒多少現銀。看來，就算山東府縣尚有一二貪吏，朕還未能發覺，他們又能侵貪多少銀子呢？若不是府縣損公濟私，濫用公帑，那……那還會是什麼原因，讓這兩個省的府庫，竟一直虧空到了這個地步啊？」
「皇上，臣在直省，對虧空之事也有了解。臣能在浙江賠補虧空，而無新虧，其實也是皇上寬仁而成。」阮元想著當年舊事，也對嘉慶答道︰「嘉慶八年，臣在承德入覲，皇上曾問起臣浙江虧空，需要多少年才可以補足，那時川楚之亂漸息，浙江府庫可以有所盈余，但即便如此，臣當年也以為需要十年時間，方可新舊皆無所虧欠。當時皇上也以為十年太長了，可臣將浙江實情向皇上說明，皇上還是同意了臣這十年賠補之計。如今看來，皇上之見可謂聖明。若是皇上只給臣三年時間，臣斷不能補足如此虧欠。可這只是臣一人的經歷，臣可以在浙江前後做八年巡撫，可其他人呢？許多人巡撫一任，不過兩三年工夫，又擔心賠補時間長了，皇上會有所責怪。于是便不再從長計議，只求賬上數字得以充足，進而以新掩舊，只將今年收入盡數補了舊賬，可新賬呢，反正下一年也不知自己會在何處，又與自己何干？久而久之，這虧空便是越補越虧了。是以臣以為，賠補之事，首先當有長策，不可因督撫更替而廢了賠補之策。」