「你說的有道理啊。」嘉慶也向阮元點頭道︰「其實前些年朕要你等賠補虧空，也是希望你等徐徐賠補，不可因朝廷有虧空，就對百姓濫加重賦，可如今看來，效果卻也不算好啊？」
「臣以為，有賠補之策以後，賬目之事，亦當嚴加清點，每次錢糧入賬，皆需詳加記錄，務要使賬目清楚明白，否則督撫不知府庫實數，自然容易濫加支取。」只是說到這里，阮元也清楚虧空一事，其實即便是自己也難以做到盡善盡美，便也向嘉慶道︰「只是……臣也清楚，即便各省督撫並沒有中飽私囊，濫用公帑，這賠補虧空之事，也比前朝困難多了。如今但凡各省工役，所需開支，皆數倍于前，若不能如此開支，只怕也沒有百姓願意前來應募。更何況各省采買，往往有不知物料市價，官員被商人蒙蔽，以至采買用錢，倍于平價之事。如此皆需為官者詳加探訪，方可使度支有常，但即便如此，臣能做的也只是補足虧空，但若是還要辦其他大事，府庫便也不易周轉了。」
「是啊，朕也知道，你等大吏，尤其是這些年朕派到江蘇的巡撫藩司，大多都是為官清廉，朕也信得過的能臣，若是這虧空果如他們所言，那想來定是法度不能齊備之故了。」嘉慶想了想，也對阮元說道︰「這樣吧，朕將山東、江蘇定下賠補之制，盡數發往各省，令各省參酌而行，此外，藩司賬目，朕也再頒下定例，讓你等清查錢糧，務要清楚明白。如此，或也可解你等各省之困了。」之後不久，嘉慶也重新定下布政使入賬新制，強令各省錢糧入倉之時，便要錢糧賬目，以此清理蒙混之弊。
想到和阮元討論了許多虧空賠補之事，卻忘了最為關要的任命一事，嘉慶也不覺莞爾，道︰「阮元啊，朕方才卻也是糊涂了，怎麼說起賠補虧空，竟與你講論了這麼長時間，這正事都忘了。但是你卻也要清楚，這眼下直省，若說積欠繁多，卻又能得以成功賠補的，也就是浙江和江西，而這里大半功勞都在你身上，那你說，難道你不是眼下督撫之中，最為得力的能臣嗎？這件事朕也與你說了吧，阮元，你去做湖廣總督，也就是一年時間。一年之後，朕會改任你做兩廣總督，那里，才是朕真正需要一位股肱之臣坐鎮的要地啊。」
「皇上，這……」阮元雖然對阿美士德一事了解不全，卻也清楚，英吉利多有不顧清朝舊例，擅作主張之事，只恐如此下去，英吉利商人在廣州也會與清廷有所沖突，是以這時廣州反而成了邊防要地，嘉慶讓他去做兩廣總督，乃是對自己最高的信任。可即便如此，蔣攸這時就在廣州，嘉慶又何必特意改任自己？便也問道︰「臣以為，如今蔣總制在廣州，他出任總督已有數年，才干亦在臣之上，臣不過初任總督，只恐南下辦事，尚不如蔣總制啊？」
「蔣攸嗎？那你覺得，這件事他如此處斷，可是如你所願？」說著，嘉慶又將另一份奏疏拿了出來，讓阮元看過。這時阮元方才清楚，嘉慶為何會在這個關鍵時刻改任兩廣總督。
原來，幾個月之前，一艘外國商船在虎門之處被幾個漁民發現其中藏有鴉 片，五個漁民見貨眼開，想著若是能搶下船上鴉 片，或許自己就可以大發橫財，于是，這些漁民直接搶劫了這艘外國商船，搶奪了不少 鴉 片的同時，還殺死了幾個船上水手。這件事後來上報到廣州的督院之後，蔣攸立刻將幾個水手逮捕，因五人殺人越貨一事屬實，蔣攸遂依例將五人判處絞刑。這一判決本無爭議，可隨後蔣攸卻以為，清朝是天朝上國，既然這次爭端由自己人先挑起，就應該對受害者英國商船從寬處理，最後將被搶走的那些鴉 片都還給了外國商船，只是要求他們不得在廣州販售。對于後半部分判決結果，嘉慶大為不滿，當即批復說朝廷對鴉 片已有明禁，外國商船一旦發現夾帶鴉 片，則全船不許貿易，已繳獲的鴉 片也應當盡數銷毀。僅僅以清朝百姓犯錯在先，就對外國商船網開一面，並不符合國朝法度。也正因如此，嘉慶才產生了更換兩廣總督的想法。
「皇上，蔣總制之事，臣已清楚了。」阮元看完這篇奏疏，也對嘉慶答道︰「其實臣也清楚，蔣總制督撫方面也已近十年，他辦事之才，多有臣所不及之處，此次有如此判罰，卻也並非是蔣總制為人無能，實在是這樣的事情先前並無先例，故而蔣總制有所猶豫，還請皇上明斷。」
「阮元，蔣攸在浙江、在兩廣做督撫的事朕知道，說實話，論才干，他的才能朕原本是放心的。這些年他在兩廣平定寇盜，一樣多有建樹，英吉利兵船有入內洋者，他盡數驅逐，清查商欠亦屬盡心，而且就在年初，朕讓他制定的禁煙章程，朕看過之後也覺得很不錯，可這件事他辦得確是讓朕不能滿意。沒有先例……八年前英吉利兵船到澳門，吳熊光因為沒有先例，不敢加以申飭，如今，蔣攸又因為沒有先例，放了那些私販鴉 片之人回去。朕知道，他二人督撫之才是足以擔當方面要任的，可為什麼一到這些沒有先例的事，做得就如此猶豫，如此便宜那些西洋人呢？」
只是說到這里，嘉慶卻也不覺嘆道︰「只是這沒有先例，與已往不同之事，朕看著這一兩年來卻是越來越多了。西南的廓爾喀你或許也听說過，這幾年一直遣使過來，說他們西南有一個國家，叫做披楞，連年進犯廓爾喀國土，想著讓朕援助他們。朕從來力主外國之事，中國不當干預，沒同意派兵，只是告訴他若是實在打不過披楞，盡可來投大清，大清可以收容他們一行，也告訴了駐藏大臣，讓他們嚴加防範西南山地。只是朕卻也不明白了，這歷朝歷代，邊患從來不在朔方，便在西北，可如今北方太平，披楞在西南，英吉利在廣州，這南疆邊境，竟是一日比一日讓人不安了。所以朕如今想著，在兩廣，朕只有派你前去，方能應對那些西洋人，方才可以保廣東海疆太平啊。」嘉慶對于披楞和英吉利確實做出了積極的應對，只是即便如此，嘉慶卻依然不知，所謂「披楞」實際上就是當時英屬印 度的別稱，嘉慶所面對的，其實只有一個國家。
「承蒙皇上厚愛，臣不勝感激，只是……」阮元听著嘉慶之語，雖然激動，卻也有些不解，問道︰「只是這兩廣之任，為何一定要臣前往呢？若真是出現許多前所未有、並無舊例可循之事，臣也未必便能盡數處置得當啊？」
「若真是前所未有之事，那朕實話跟你說，朕也不敢保證每一次的決定都全無差錯啊。」不想這時嘉慶竟然主動向阮元鼓勵道︰「但是朕相信，若是去辦這前所未有之事，如今國朝重臣之中，你是第一人。未來之事，或許朕不知道如何去做，但朕知道什麼樣的人能去做，這個人第一便要精通掌故，熟知舊事，方能推陳出新，第二便要有實干之能，尤其是如今兩廣，更需要這個人文武兼備啊。阮元，你巡撫浙江，清剿海寇，實有大功，清查錢糧、興修水利、賑災刑獄，舉措得當，足以讓百姓安定，信服于你。如此你到了廣州，自然也可以游刃有余。此外，你精通經史，明先聖之道，治學之事，亦有所成，西洋天算，朕听聞你亦有知曉，這更是如今督廣之人所必需，朕看那英吉利人多有驕橫桀驁之行，若總督兩廣之人，不能明國朝律法，通聖賢之本意，則決一事，發一語，皆不足以讓人信服，但若是你所決之事，所論之語，上承先王舊典，下合朝廷法度，那即便洋人再怎麼驕橫不法，他們也絕難再有怨言，只會對你心服口服！的確，蔣攸為政之才，與你不相上下，可論為官治學兩兼之人，如今國朝之中，朕敢說第一人非你莫屬！阮元，朕如此信任于你，你去了廣州，可不能辜負了朕這一番心意啊。」
阮元听著嘉慶之語，一邊是心中激動，不可言狀，一邊想著涉及西洋事務，大半鮮有舊例，自己若是南下廣州，或許要面對的乃是自古以來前所未有的困難，擔憂之中，卻也漸漸多了幾分勇氣，想著若是可能，便即挑戰一下那未知的世界，卻又如何？想到這里，阮元當即對嘉慶叩首道︰「臣承蒙皇上拔擢之恩，無以為報，如今南下，必竭力應對廣州之事，保大清南海太平！」
「好啊，不過你南下第一年，還是要先去武昌就任。蔣攸朕想著調往四川，可如今四川瞻對尚有土司謀亂，四川總督常明朕一時調不開，待到明年，估計瞻對那邊仗也就打完了，朕就讓常明致仕，然後你再南下。這一年的工夫，如何做好總督，你也好好熟悉一下吧。」嘉慶對阮元點頭道，依清代官書所述，總督之職是「統轄文武，詰治軍民」，而巡撫之職則是「綜理教養刑政」，可見由巡撫升任總督，必須在軍務方面多下工夫，才能勝任此職。如此讓阮元先督湖廣，待總督事務熟悉之後再去兩廣，本也是穩妥之道。
「臣謝過皇上厚愛，臣此番南下，定盡心熟稔兩湖兩廣軍政，不負皇上盛恩！」阮元也再次向嘉慶叩謝道。
隨後，嘉慶也向阮元問起《十三經注疏》修訂之事，阮元也遵循嘉慶諭旨，進獻了十部自己編定《十三經注疏校勘記》于文淵閣，以作充實圖書之用。從養心殿退下之後，阮元也暫時回到了衍聖公府。這時阮常生與劉蘩榮的第一個孩子也已然出生，阮元想著自己終于也做了祖父，心中歡喜，便親自為長孫取名阮恩海，此後阮家孫輩便盡用「恩」字，以見輩分。
想著自己尚可以在京中暫留數日，兩廣事宜竟要如何辦理，也應該尋個有識之人，問得清楚才是，正好那彥成便在家中，阮元次日也去了那彥成府上。可阮元方一入府，便即吃了一驚，只見府中早已掛滿白幡，府中之人也都穿上了孝服。仔細一問，方知就在數日之前，那彥成的母親終于因年事已高，染病不治，竟而與世長辭。阮元回想當年舊事，那母也曾力勸那彥成辦理聯系阿迪斯，接掌鑾儀衛之事，最終和珅與福長安事敗伏法，也有那母的一份功勞，自也磋嘆了半晌。