那日一起參與討論的術士之中有個叫劉生的，嫉妒盧生、侯生平日受始皇帝寵信，听到這番話便去向始皇帝告密。
始皇帝听說之後勃然大怒，命人封鎖所有城門，進行全城搜捕，務必抓捕歸案！然而此時二人早已逃出咸陽，守城士兵大肆追捕三日，並未捉到。
始皇帝訓斥了咸陽令後，心中的怒火仍然無法排解，于是招廷尉蒙毅說道︰「我以前收取天下書籍，將不合時用的全部燒毀，為的是統一思想，營造太平盛世；朝廷還招集了很多術士，希望煉制仙丹，得到奇藥，以保太平！」
蒙毅見始皇帝怒氣正盛，不敢頂撞，只得順著說道︰「陛下所思所想都是萬世之計，企是這些江湖術士所能理解？」
始皇帝並不理會蒙毅的話，接著道︰「我為他們付出了如此之多，這些人卻是怎麼回報我的呢？韓終離去後一直不來復命；徐福等人耗費巨萬建造巨船，入海尋仙，至今也還是沒有得到仙藥；我對盧生等人很尊敬，賞賜豐厚，如今他卻誹謗我，來加重我的不仁！
我現在每天听到的都這些術士以尋仙之名來欺騙朕錢財的事！如今這些術士不但找不到仙藥，還聚眾抨擊朕，甚至制造怪誕邪說來惑亂百姓！是可忍孰不可忍！」
「陛下息怒，這些宵小之徒都是欺世盜名之輩，不值得陛下動怒！」
「你說蒙蔽皇帝該當何罪？」
蒙毅不敢怠慢，道；「欺瞞皇帝，罪當死！依照刑律要活埋。」
「蒙毅，你立刻派人捉拿咸陽城中的術士，嚴加審訊，凡是打著仙人的幌子行騙之人一律下獄！私下有議論朝廷過失的人也一律逮捕！」
「臣領旨！」
于是蒙毅派人抓捕並審問咸陽城中所有的術士。很多術士以前都只是街頭的地痞，沒有什麼骨氣，只是為了迎合皇帝的才詐稱見過仙人，此刻為免除自己的罪過，互相告發。
最終查出觸犯法禁的有四百六十多人，始皇帝下令全部在咸陽活埋，借以警戒後人。其余罪過輕微的則全部派遣到邊境戍邊。
听到這個命令，蒙毅大吃一驚，他負責案件的審理匯總，知道其中很多人是被其他人誣陷的，並沒有罪，並且其中不少都是儒生出身，為尋求進階之梯才當了術士，對帝國文人都有很大的影響力，因此蒙毅勸諫道︰「陛下！四百多人之中不少是被牽連進來的，罪不至死，請陛下三思。」
始皇帝自從掃平六合以來，一直認為自己功蓋五帝，前無古人後無來者，沒想到盧生和侯生竟然這樣議論自己，不僅否定了自己所有的功業，而且連一個合格的皇帝都算不上，其心中惱怒可想而知！如今當事二人全部逃月兌，怒火無處發泄，如今蒙毅卻求情，心中怒火又起，斥責道︰「蒙毅！你也糊涂了嗎？天下之大，如果我連自己的尊嚴都無法保全還如何治理國家？這些術士仗著我平日對他們的寵信，竟敢在背後抨擊朝政，擾亂民心，如何能饒恕！你不必多說了，立刻處死所有在押的術士！」
蒙毅見到始皇帝如此決絕，知道再勸下去也不會有結果，只會更加激怒始皇帝，不得已只能領命而去。
長子扶蘇與蒙毅一向交好，扶蘇還娶了蒙毅的妹妹。蒙毅了解扶蘇的脾氣，知道他如果知道此事也一定會去勸諫始皇帝，因此出來皇宮便馬不停蹄的趕到扶蘇住處。蒙毅下馬，連忙往長子府奔去。此時，扶蘇正急匆匆的出門，二人差點迎頭相撞。
蒙毅見扶蘇一身朝服打扮，知道自己所料不錯。但此刻他卻假裝不知，問道︰「公子這是要急著干嘛？」
扶蘇道︰「听說父皇要處死四百多個術士，蒙兄趕緊同我一起前往勸諫父皇，阻止這件事啊！」
蒙毅連忙拉住扶蘇，道︰「公子此刻千萬不要莽撞，陛下正在氣頭上，現在去勸諫非但阻止不了坑殺之事，還極有可能惹火上身！」
扶蘇不滿的說道︰「我一直以為蒙兄是忠義之人，如今怎可見死不救？此刻不去勸諫，殺了這些術士，天下人必將認為父皇不明是非，濫殺無辜，大錯一旦鑄成，必將留下千古罵名啊！」
「此事我當然明白，不瞞公子，我剛剛就去勸諫過陛下，但現在陛下怒火難消，是听不進去勸諫的！」
「即使父皇不听我也要去！至少要讓天下知道父皇身邊還有忠臣！」
蒙毅拉住扶蘇，急道︰「公子三思啊！陛體日漸衰老，冊立太子是遲早的事，現在不宜多生事端，觸怒陛下！」蒙毅知道扶蘇平日就與始皇帝多有芥蒂，這也極有可能是始皇帝遲遲不肯冊立太子的原因，此番如果再觸怒皇帝，太子之位就又遠了一層。
扶蘇根本听不進去蒙毅的勸阻，道︰「身為臣子知道皇帝的過失而不指正，那就是不忠，是小人的行為，我扶蘇豈是貪戀權位之人！」
于是甩開蒙毅的手，徑直出了大門。
扶蘇來到王宮覲見皇帝，始皇帝怒氣剛剛平復了一點，正在批閱奏折。
扶蘇進來之後，開門見山道︰「父皇去年剛剛焚燒了天下之書，如今又要坑殺儒生，孩兒以為不妥。」
始皇帝冷笑一聲，「哪里不妥？說來听听！」
「現在天下平定不久，百姓尚未被安撫，儒生們主張學習效法孔子行仁政，是有利于天下太平的！不應當用刑罰來懲罰他們。而且這樣也會留下父皇擅殺的污名。」
始皇帝一直認為自己被欺騙，現在扶蘇又來指責自己，剛剛平復下去的怒火一下又被點燃，一把將手中的奏折扔到桌上，生氣的說道︰「這些儒生到處散布謠言，抨擊朝政，混淆視听，難道有利于天下穩定嗎？我如今還活著，他們就那樣污蔑我，容忍他們就能留下美名了嗎？」
扶蘇爭辯道︰「古人雲，防民之口甚于防川，天下如此之大，又如何能夠完全禁止的了？只有修聖德才能慢慢感化他們！」
始皇帝一向不喜歡儒家的學說，更加生氣，道︰「你何時也學會了儒生那一套？動不動就仁政、聖德，如果這也可以治天下，為何周天子制止不了諸侯紛爭？看來只有讓你見識一下殺戮，你才會知道儒生主張的那一套在現實中是根本行不通的！」
看到始皇帝發怒，扶蘇不敢再爭辯。父子二人沉默了片刻，始皇帝道︰「你去隴西一帶輔佐蒙恬監軍吧！」
當日，始皇帝就下詔，令扶蘇到北方監軍。蒙毅得知消息後，喟然長嘆！
始皇帝經歷了盧生、侯生逃亡之事，心中非常郁悶。他也開始懷疑仙人是否真的能夠找到。
隨著年齡的增長，長子扶蘇日漸成熟，在政治上也表現出了很多天分，他博聞強識，謙虛謹慎，心存仁愛，並且私下里親近蒙毅等能臣，雖然在很多事情上與始皇帝存在意見分歧，但是始皇帝心中也不得不承認扶蘇會是一個合格的接班人。
但是就性情上來講，始皇帝卻更喜歡與幼子胡亥親近。胡亥沒有任何政治天分，對國家大事也不感興趣，但是他卻對父親發自內心的崇拜和孝敬，或許正因如此，他在生活中表現出更多的真性情。因此始皇帝每當遇到煩心之事，都喜歡讓胡亥陪在身邊。與胡亥在一起便會暫時忘記政治上的煩惱，只是以一個父親的身份來教導兒子，也只有在此時才更能夠體會到人生的天倫之樂。
就在扶蘇離開咸陽的那個晚上，始皇帝心中煩悶，信步來到胡亥的宮中。
胡亥此時正在玩弄自己雕刻的木偶，見到始皇帝來到，連忙起身迎接，道︰「父皇！您來的正是時候，快來快來，看看孩兒的雕刻！」
始皇帝一向寵愛胡亥，又沒有對他寄予治國的厚望，因此對他喜好玩樂並不反感，只是讓趙高教授他一些刑法斷獄的常識。
始皇帝拿起兩個小木人，「亥兒的雕刻越來越精湛了！這里怎麼有一大一小兩木人？是不是因為小的那個木料不夠了？」始皇帝笑呵呵的問道。
「才不是呢，我是故意雕刻一個大的，一個小的，大的是父皇，小的是亥兒，我要永遠陪著父皇，就像這兩個木人，大的出現在哪里，小的就出現在哪里！」
「呵呵……難得亥兒如此孝順啊！」始皇帝倍感溫存。
「我還要雕刻好多呢，就像父皇下令制作的兵馬俑，我也想照著兵馬俑的樣子為父皇雕刻出來一支威武的軍隊！」始皇帝曾帶諸公子參觀正在修建的驪山陵墓，胡亥對威武的兵馬俑非常感興趣。
「哈哈……那可需要太多了，你如果真這麼想，就讓下人們去雕刻好了！」
「亥兒要自己雕刻，我閑著也是無聊，不像大哥，父皇每次出巡都帶著他，听說外面有好多好玩的，我都沒玩過！」
「怎麼，亥兒也想跟隨父皇出巡嗎？」
胡亥立刻眼楮放光，道︰「當然想啊，跟著父皇出去，不僅可以一直陪著父皇，還可以看看外面的世界，整天呆在宮中都快悶死了。」
始皇帝見胡亥如此孝順，便開心的說道︰「好，下次出巡朕也帶上你，讓你出去看看我大秦的江山！看看遼闊的大海！」
胡亥一听始皇帝答應帶自己出游，興奮異常，連忙道︰「謝父皇，謝父皇！您是天下最偉大最仁慈的皇帝！」
「哈哈……」
與胡亥呆在一起，始皇帝瞬間感覺輕松了許多，因扶蘇惹出的不快也一掃而光。
始皇帝三十五年，前後經過八年的修建，萬里長城終于鑄成，始皇帝心中對于帝國安危僅剩的擔心——匈奴，已經被完全擋在中原之外。大秦帝國至少在表面上已經固若磐石！
此時，以咸陽為中心的馳道四通八達，使得皇帝出行和百姓流動大為通暢，商業開始繁榮。但這同時出現了一個意料之外的後果，就是四周的百姓開始不斷遷移到咸陽，加上從原來始皇帝就從東方六國遷移了大量的富豪，咸陽越發顯得擁擠。
始皇帝喜歡易服出巡，時常感到諸多不便︰咸陽城道路狹窄，人流密集，如果有兩駕馬車迎面駛過必定會佔據了全部道路，行人無處避讓；而且很多新遷移到咸陽的居民四處建房，使得咸陽城非常雜亂無章。
于是在朝議時，始皇帝道︰「我覺得現如今咸陽人口眾多，先王的宮廷也太過狹小了。听說周文王建都豐，武王建都鎬，豐鎬之間，都是帝王的都城所在。」
中車府令趙高立刻明白了始皇帝的意思，便符合道︰「陛下自即位以來，掃六合，平天下，建立空前的功業，而居住的卻仍然是先王的宮殿，是不合時宜的。」
李斯也明白始皇帝的意思，咸陽城擁擠的情況他也非常清楚，因此接著道︰「咸陽的皇宮是按照諸侯宮殿的標準興建的，而今陛下振長策而于宇內，富有四海，遠非此前的諸侯可比，的確不應該再居住在以前的宮殿，並且近幾年來現在咸陽人口急劇增加，渭水之北受兩河限制，難以繼續擴展，臣希望陛下另建新城！」
丞相馮去疾卻道︰「這幾年，國家不斷征發民力，修馳道，築長城，北逐匈奴，南平百越，老臣以為應當與民修養，新城要建，但不宜操之過急。」
趙高反駁道︰「丞相此言夸大了，如今除了驪山陵墓正在修建，國家根本沒有大的工程，臣以為此時恰恰是時機，可以用省下來的民力修建新城，使之與咸陽城相連，徹底解決咸陽擁擠的現象。」
始皇帝見群臣都贊成修建新城，便道︰「諸位愛卿都忠于國事，我非常高興，馮丞相說的也有道理，興建新城事關國家大計，不可能一蹴而就，我想先在渭水南岸的上林苑中興建朝宮，以朝宮為中心，再興建新城，如今先興建朝宮，听說中車府令精通營造之事，希望你為我規劃新宮。新宮即在渭水之南就暫時稱作阿房宮吧！」
「臣一定不負聖望！」
一月之後，趙高繪制了新宮的圖紙，對新皇宮進行了全面規劃︰新都城按照宇宙圖式建造，朝宮之內引入渭水，象征天河，天河中間修建蘭池，象征浩瀚的大海，然後蘭池之中建造寢宮，稱為仙島，始皇帝閑暇之時便可在仙島上求仙問道；
前殿是阿房宮的主體宮殿。東西五百步，南北五十丈，殿堂上可以坐一萬人，殿堂頂下可以豎立五丈高的旗幟。周圍環繞著架起閣道，從殿下直達南山。在南山的山頂上修建標志，作為門闕。在空中架設道路，從阿房宮渡過渭水，與咸陽相連接，以此象征天下閣道越過天河直至營室；
阿房宮門闕為磁石門，凡是覲見皇帝的人都要從此門經過，這樣，行刺者所攜帶的兵器便會被磁石所吸引，從而保衛皇帝安全，震懾四夷；
此外，新宮之中還修建了上天台和祭地壇，分別祭祀天神和地神，以保佑大秦江山永固，萬世不息。
始皇帝看了大為滿意，于是召集隱官刑徒七十多萬人，分成幾批營造阿房宮，或修建驪山工程。挖運北山的石頭，輸送蜀地、荊地的木材，都集中到這里。關口口計宮殿三百座，關外四百多座。