秦孝公三年，商鞅被任命為左庶長，施行變法。秦孝公十年，商鞅又被提拔為大良造。大良造是秦國二十個等級爵位中的第十六級，可以說是朝廷中實打實的高官大吏了，可見秦孝公很倚重商鞅。
秦孝公改革的目的之一是戰勝魏國。商鞅被提升為大良造後，在秦孝公的授意下親自領兵攻打魏國，搶佔其安邑（今山西夏縣西北）地區。此次戰役的規模雖然不大，但它向歷史宣告︰魏國已不再是秦國的對手。
秦孝公十二年，秦國遷都咸陽。咸陽在舊國都雍地的東面，此地佔據山川之險的同時更加接近魏國。
此時的魏國仍然以強國自居，還未把秦國放在眼里。但變法後的秦國早已不是當年時常敗于魏國的秦國了，秦國用十年的功夫積蓄力量，已經能夠和魏國匹敵。
遷都咸陽後，為了火速超越並戰勝魏國，商鞅開始施行第二次變法。
第二次變法是第一次變法的補充。變法仍然圍繞國家利益，以打擊落後王族，提升新興勢力為主。主要內容如下︰
第一，禁止父子兄弟同室而居，男子都要自食其力。商鞅在第一次變法中規定，凡是成年男子不分家的，可以通過繳納雙倍賦稅的方式彌補。在第二次變法中，秦國百姓的天倫之樂已經被徹底踐踏了，商鞅徹底斷絕了秦國百姓不分家的後路。至此，商鞅將百姓當做實現秦國富強的工具已經是不言而喻。商鞅禁止言論，百姓敢怒不敢言。怒氣被壓抑，一旦爆發，商鞅必然難以善後。
第二，合並鄉鎮，統一以縣為單位編制全國的行政制度。編制後的秦國共有31個縣，每個縣都有縣令和縣丞，縣令是主要責任人，縣丞是縣令的副手。第一次變法時，商鞅統一編制戶籍，便于管理百姓；而在第二次變法中商鞅編制縣制，以地域為單位管理全國。
經過兩次變法，秦國百姓受到戶籍和地域的雙重限制，個人自由被約束。商鞅屢次約束百姓，目的只有一個，讓百姓以「耕、戰」為本，杜絕 經商、學習、游說和私斗等不利于中央集權的活動。中國的大統一和中央集權是由秦國開創的，商鞅改革的貢獻很大。
第三，整治全國土地，以統一尺度劃分土地，鼓勵開墾。作為法家的杰出代表，商鞅力求實現一套標準尺度。如果以全國統一的尺度劃分土地，國家的賦稅征收就有嚴格且統一的標準。賦稅是國家財力的主要來源，一旦賦稅有保證，秦國作戰就有經濟實力保障。
第四，統一度量衡，為國家經濟的發展創造條件。商鞅改革前，秦國的測量尺度有斗、桶、權衡和尺等，名目繁多，不利于市場交易和國家稅收。經過改革，全國都用一套標準，更便于交易。
第一次改革，秦國走向富強的道路；第二次改革，秦國走向中央集權的道路。秦國由弱國變成強國，商鞅功不可沒。經過兩次改革，秦國已經像一匹能征善戰的千里馬。商鞅希望自己的千里馬能夠踏平其他諸侯國，實現全國的統一就像實現秦國度量衡的統一。
新法剛剛使秦國走向稱霸的大道，又有人居心不良觸犯新法。商鞅有改革家的大無畏精神，不為太子留情面，更不會為其他人留情面。
上次太子觸犯新法，他的監督官公子虔被罰，公子虔恨商鞅入骨。第二次變法施行四年後，公子虔再度犯法。商鞅操起大刀闊斧，毅然決然地處公子虔劓刑。劓刑，就是削割掉鼻子。為了變法，商鞅整得公子虔面目全非，這更加深公子虔的怨毒之心。
公子虔是太子的監督官，負責太子的道德品行，如果太子行為不合道德要求，他有權責指正。商鞅削公子虔的鼻子，在太子的道德監督官上動刀，就是削道德監督官的臉面。
商鞅兩度懲治太子的人，毫不顧忌太子的顏面，使太子對商鞅心存忌恨，這也為商鞅埋下了禍根。
改革法令頒布後，商鞅宣布︰以法為教。按新法行事的溫順百姓，商鞅大賞特賞。被賞賜的人多是耕田種地優秀，出軍作戰勇敢者。
在商鞅變法的時期，如果想獲得升遷，必須有實際的功勞，比如耕田種地優秀，又比如作戰勇猛。有賞便有罰，遵循新法可以獲得賞賜，觸犯新法便要遭受處罰。
面對觸犯新法的人，商鞅決不姑息。有一次，700多個囚徒觸犯新法，商鞅手起，700多顆人頭馬上落地，血濺鬧市。
秦國一天天強大，魏國卻一天天削弱，秦國需要抓住機會對付魏國。秦孝公十七年，即商鞅第二次變法施行5年後，魏國大敗于馬陵，將軍龐涓被斬，國力大衰。
第二年，商鞅獻計獻策，建議秦孝公趁魏國元氣大傷出征魏國。魏國緊挨周國，是眾諸侯爭奪的焦點，一旦國力衰微，許多諸侯國便對其虎視眈眈。
商鞅對秦孝公說，魏國地理位置關鍵，對秦國而言，它就像心月復之患，如果秦國不吞並魏國，魏國就要滅亡秦國。
從地理環境看，魏國佔據安邑，西有山川的險要作為護國屏障，東有肥沃的土地。魏國如果強盛，可以向西入侵秦國，如果疲弱，可以退守東邊。
此時魏國剛剛敗給齊國，實力大削，現在正是對付魏國的最佳時機，所以商鞅建議秦孝公出軍，驅趕魏國到東邊，搶佔黃河和崤山的險要地勢，以作為保護國家的屏障。
秦國在西部，土地沒有中原的肥沃，還不時受到西邊少數民族的侵擾。如果秦國想稱霸中原，必然向東發展。在東方，魏國實力不小，首當秦國進軍中原的要沖。無論如何，只要秦國向東發展，就必須搬開魏國這塊大頑石。
前些年，秦國屢受魏國侵擾，因為魏國害怕秦國向東發展。經過改革，秦國實力大增，必然會對正在衰弱的魏國垂涎不已。
秦孝公很倚重商鞅，所以再次命商鞅領軍征戰。商鞅是文官而非武將，秦孝公兩次都讓商鞅帶軍出征，可見秦國缺乏大將。商鞅不是將軍，不擅打仗，讓他領兵征戰，他只能憑智謀取勝。
魏國曾經敗給商鞅，听說此次又是商鞅領大軍入侵，于是派公子卬領軍迎敵。「百足之蟲，死而不僵」，魏國是昔日的大國，大軍開動，仍然軍威嚴整，氣勢駭人。
兩軍相遇，魏軍布陣嚴謹，法度大開大闔，很有大國風範。秦軍將士勇猛異常，人人精神抖擻，渴望擎旗斬將，殺敵立功。然而，秦軍布置松散，沒有使士氣扭成一股繩，幾乎是各自為戰。
放眼秦軍，只見兵將的個人勇猛，不見整體的軍威。商鞅看見魏軍威武嚴整，如同一片千年古林，立刻尋思用計。
利用曾經在魏國待過一段時間的經歷，商鞅寫了一封信給魏軍主將公子卬。商鞅說，他和公子卬交好，兩人都是主將，不忍心互相攻殺，希望見公子卬一面，杯酒言和，盡興而歡，興盡而散。
剛剛敗給齊國，又得罪其他諸侯國，魏國如果同秦國開火，相當于引火自焚。如果其他諸侯國利用魏、秦大戰之機，趁火打劫，相續出兵攻打魏國，魏國就會滅亡。
挑釁者主動言和，公子卬求之不得，便一口答應。
此次秦國大軍出動，耗費不小，商鞅當然不會僅憑感情因素就輕易撤軍，何況他一向講究的是法和理性。再說，當年公叔痤舉薦商鞅，魏惠王有眼無珠，罷而不用，這點傷已經清除了他對魏國的懷戀。
公子卬爽爽快快地前來赴宴，連一點防範意識都沒有。面對敵人，應該時刻警惕著，如果稍稍放松，必然犯下不可補救的錯誤。商鞅與公子卬在座上飲酒敘舊，暗地里卻已經布置大將沖擊魏軍。公子卬相信商鞅，遭遇的卻是商鞅的扣留。
主將被扣留，生死未卜，面對秦軍的突然攻擊，魏軍大亂。如果單個作戰，魏軍士氣不如秦軍，只會輸，不會贏。魏軍威武駭人的軍陣被沖亂後，秦軍大舉殺入，如虎狼撲入羊群，橫行無阻，所向無敵。商鞅的法令強調，斬殺敵首者能被封功拜爵。為了功名爵位，秦兵作戰個個勇猛無比。
魏惠王見魏軍大勢已去，于是請求割地議和。主將無謀，國君懦弱，這是國家敗亡的征兆。
秦孝公要求收回河西之地，魏國同意歸還。
佔據河西之地，一切如商鞅所料，秦國爭霸中原的大門被叩開了。河西之地指黃河以西地區，秦國佔有後，離魏國更近了，魏國的首都安邑就非常危險。
如果秦軍渡過黃河，安邑必然一鼓而破。一旦都城被破，魏國必然徹底消失。秦國就如一只虎視眈眈的猛虎，佔據高 崗，隨時都可能撲向安邑。
面對強敵，魏惠王無能，只會隱忍退讓。割讓河西之地後，魏惠王又做了一個愚蠢的決定，向東遷都。魏國這次將都城遷到了邊遠的大梁。因為遷都一事，魏惠王也被稱為梁惠王。
魏國先敗給齊國，接著再敗給秦國，原本就與魏國有恩怨的其他諸侯國很想趁火打劫，恨不能生吞魏國。勢力衰弱後，原本處于中原寶地的魏國感到背月復受敵，西有如狼的秦國，東有如虎的齊國。衰弱的魏國，已經陷入生存的困境，向西要挨打，向東也要挨打。
生存在激烈競爭的戰國，如果錯失人才，就等于丟棄了自己的未來。魏國拋棄商鞅，一個大國立刻衰落；商鞅輔助秦孝公，一個大國迅速崛起。商鞅的生存證明了一個道理，人才強國。
面對秦國的崛起，魏惠王說了一句傷感的話︰「寡人恨不用公叔痤之言也。」（《史記‧商君列傳》）
秦孝公收回河西之地，萬分高興，封商鞅於、商之地。古人愛以地名稱呼人，商鞅中的「商」就來源于商地的「商」。