因為要想辦法黑入日本的戶籍系統，高遠這些天研究過這時代最前沿的網絡攻擊和防御技術，但比起自己研究生期間學習過的穿越前那個世界的技術水平落後太多，因此，高遠自認這個世界的黑客手段應該沒有強到連自己都無法招架的程度。
可是現在的情況，卻完全超出了自己的掌控，一個自己沒有發現無法阻止的病毒，正在對服務器主電腦的資料進行徹底性的刪除——面對這個狀況，結合這個《名偵探柯南》的世界，「暗夜男爵病毒」，這個名字自然而然的閃現在自己腦海里。
這種病毒第一次被提及是在《暗夜男爵殺人事件》中。
傳說這是一種虛幻的電腦病毒，慢慢侵入各大企業的電腦里進行破壞，是一個工程師根本無從發現也無從阻止的完美程序。也因為這個病毒簡直是神出鬼沒，所以就將這個病毒起名叫「暗夜男爵」！
活動的組織者提出要以「暗夜男爵」作為獎勵給參加活動的優勝者。但破案後眾人才發現組織者手中並沒有這種病毒，只是希望以此為誘餌釣出被害人將其殺害，認為這種病毒也僅僅是傳說罷了。
可是在後來，該病毒確實的在宮野志保變小後出現。當灰原哀使用阿笠博士、柯南和她本人共同找回的含黑衣組織全部人員、藥品等相關資料的數據磁盤時，由于灰原著急打開，疏忽之下，忘記了組織給所有磁盤里安裝此病毒的事實。
因此資料在打開不久就全部消失。
其原因是該磁盤沒有在組織內部的電腦中運行，因此激發該磁盤中的病毒，故包含阿笠博士電腦中及磁盤里的所有數據均被銷毀。
除此之外就沒有別的地方提及此病毒。
因此高遠當初在看《名偵探柯南》劇情時考慮過這可能是一種黑衣組織研發的病毒，畢竟攻擊各大企業、保護自己的數據不外傳，這都是黑衣組織一直在做的事。
想到這里，高遠感到了頭大，如果自己設想的沒錯，那自己才來到這個這個世界幾天，就已經有兩次可能與黑衣組織相關的事情有過接觸，這簡直令人毛骨悚然！
不過，如果真的是「暗夜男爵」襲擊了網吧的主電腦，這又是為什麼呢？難道網吧遭受網絡攻擊以及這起殺人案跟組織有什麼關系嗎？
看著主電腦上的資料被銷毀一空，店長木下川志開始驚慌起來。
「明智！這還能想辦法恢復嘛？」
高遠搖了搖頭，「沒有辦法，被銷毀的太過徹底，甚至……」
甚至連病毒本身都沒有留下！
這樣的病毒，除非你剛好踫到它對你的電腦數據進行破壞，否則事後你完全就不知道發生了什麼你的電腦數據就徹底廢了，而即便你看到它在進行破壞，也已經無從阻止了。
可是這樣的病毒跟之前那木馬程序的攻擊差別也差太遠了吧。
一個是佔用大量帶寬將電腦里的數據盜竊出去，一個悄無聲息的將所有數據徹底銷毀，這兩者之間有什麼關聯嗎？
一旁的服部平次則看向店長，問道︰「店長，這服務器里保存著什麼重要的信息嗎？」
「也不能說多重要，我們的服務器上保存著總公司的一些資料，同時也租借給一些重要客戶保存重要資料，現在要是全被銷毀了，我該怎麼跟總公司以及客戶交代啊！」
店長有些不知所措了。
「總公司？」
高遠有些奇怪，這個網吧還是連鎖企業嘛？
「我們網吧是一家游戲公司旗下的下屬單位，經常會在我們這里對外開放一些公司開發的游戲測試內容。」
木下川志解釋道。
而听到游戲公司時，高遠頓時就想到黑衣組織曾大量搜尋程序員的資料，而游戲公司內部當然存在大量的程序員，這兩者之間開始存在聯系了！況且之前的木馬就是在盜竊數據，雖然這幾天被自己攔住了，但想到自己來之前就被攻擊，同時還有這個無聲無息的「暗夜男爵」存在，鬼知道到底泄露了什麼資料出去！
「不管怎麼說，對于剛才殺人案件的推理，那位請假在家的員工非常可疑，我們還是先不要在電腦病毒這種事上浪費太多時間。」
服部平次分析了一下現在的狀況提議道。
「況且案發到現在過的時間非常短，凶手還沒來得及處理掉證據也說不定！」
「那事不宜遲，店長，這名員工住在哪里你知道嗎？」
大瀧警官緊跟著詢問道，店長听完後表示店里人事資料里應該有這方面的資料，于是就去自己辦公室去拿了。
而這時，調查死者身份的警察過來向大瀧警官進行了報告，說是目前查不到死者的真實身份信息，只是在警方資料庫里查到死者疑似與幾起勒索案有關，但因為沒有證據，所以最後都不了了之，這樣的信息沒多少價值，大瀧警官就讓他們繼續去調查。
店長木下川志這時也拿著資料過來了。
「北島覺，他就住在附近的出租公寓那里，地址在這里。」
說著，店長把北島覺的人事資料拿給了大瀧警官。
「北島覺？」
剛匯報完的警察听到這個名字，正要離開的他忽然就停了下來。
「怎麼了嘛？」
看到部下的反應，大瀧警官詢問道。
「這幾起勒索案報案人里，就有一個叫北島覺！」
得到這樣的回答，服部平次看完北島覺的地址後就立馬沖了出去，大瀧警官一時都沒反應過來。
「平次！你等一下啊！」
大瀧警官見叫不住他，便把剛匯報的那位警察一起叫上，跟了上去。
一旁的遠山和葉見到這樣的服部平次，不由表現的有些生氣。
「不是說好了請人家吃飯的嘛，現在預約時間都快過了。」
看著這個生悶氣的高中女生，高遠有些無奈。
「擔心他的話就跟過去看看唄。」
「擔心？那個一踫到案子就什麼都顧不上的家伙，我才不擔心呢！」
和葉這麼說著，但高遠知道她是口是心非。
「反倒是你好厲害哦，剛才想得比平次還多，可算是好好殺殺那家伙的銳氣！」
想得多嗎？
听到和葉這麼說，高遠有些不好意思，畢竟如果這案子真的牽扯到黑衣組織的話，之前的推理說不定還是錯的呢！
就像是那段對于「仇殺」的推論。現在的高遠隱隱感覺這里似乎有些問題，但更具體的自己說不上來，還是得見見那位可能是凶手的嫌疑人北島覺再說。
于是高遠也很快跟了上去。而和葉也在再三糾結之下，也跟了過去。
只是高遠沒有想到，來到北島覺的住處，看到的居然是北島覺向警方他們認罪了！