與毛鈺升官一同傳來的還有另外一個消息，那就是前遼東巡撫袁崇煥終于被處決。盡管毛文龍回到杭州後在毛鈺的勸說下並沒有發動任何力量對袁崇煥進行反擊。
但是東虜十萬大軍南下的事實沉重打擊了在東林黨內部原本地位就不穩固的袁崇護那，他在遼東之所以那麼蠻狠，全然不顧大局一樣要拆散東江，一個重要的原因就是為了保住他來之不易的地位。與東虜議和也是一招險旗，結果東虜沒有和袁崇煥想的那樣暫時收斂而是長驅直入。
京城被圍困，從山海關到保定、河間上千里的疆域內數十座城池被攻破，人口、財貨損失慘重。這總要有人來背鍋。而年輕氣盛的皇帝認為他如此信任袁崇煥，結果在滿朝大臣的彈章中袁崇煥簡直就是十惡不赦，他趕到一種被辜負。他很想報下袁崇煥，結果其他的大臣不依不饒，就連東林黨人都不願意放過袁崇煥。
當然這中間還有毛文龍父子的原因。不是因為毛文龍有多麼重要，而是毛鈺先是在登州附近全殲了東虜水師。孫元化說是毛鈺的功勞，寵真認為這是孫元化見毛文龍可能無法起復想讓毛鈺因此獲得皇上的信任。接著浙江、福建巡撫的奏章到了，又是大勝，還是毛鈺。當然也有人提到了毛文龍的家丁。崇禎也終于放棄了袁崇煥，因為毛鈺的接連的勝利表明了毛文龍和他的東江是真正有實力的。
袁崇煥所提出的以遼人守遼土，以遼土養遼人，防守是正規的策略，攻戰是變通的策略，和議是輔助策略的說法。其實包括皇帝和朝中文武是知道而且討論過的並沒有提出什麼尖銳的而易見。但是袁崇煥的罪名卻是余後東虜有密約。說袁崇煥有私心，毛鈺決定一點不冤枉，單絲要說袁崇煥企圖出賣大明利益甚至投靠東虜是站不住腳的。
盡管從努爾*哈赤開始時代開始建奴就像開了外掛一樣風戰必勝。但是在大明尤其是讀書人眼里，建奴就是一化外蠻族頂多在遼東蹦。袁崇煥深得皇上其中，讓他成薊遼督師還兼管登萊和天津軍務。這已經是除了內閣之外文臣的頂峰！他袁崇煥投靠一個完全看不到奪取政權可能的地方小實力圖什麼呢？
袁崇煥被處死的消息傳到杭州毛家上下以及那些與毛家交好的家族都是歡欣鼓舞。毛鈺卻高興不起來，原因無他，他知道自此不但東虜失去了一位勁敵，關寧軍和遼西軍閥也失去枷鎖。再也沒有人真正能夠和袁崇煥一樣用戰績和威望亞服那些將門世家。
毛鈺來自後世自然受到各種資料的影響。在它看來正如金庸先生所說的那樣「袁崇煥真像是一個古希臘的悲劇英雄，他有巨大的勇氣，和敵人作戰的勇氣，道德上的勇氣。他沖天的干勁，執拗的蠻勁，剛烈的狠勁，在當時猥瑣萎靡的明末朝廷中，加倍的顯得突出。「
很多後世人認為袁崇煥是我們中華民族的一個偉大英雄，我們岳飛、袁崇煥都是在中華民族歷史上有褒有貶，經歷坎坷，但是最終一條，人民的眼楮是雪亮的，歷史是公正的。冒雨不知道怎麼說服自己周圍的人，反正他沒有那麼仇恨袁崇煥了。
袁崇煥的事跡、評論幾百年來一直爭論不休，正如孟森在《明本兵梁廷棟請斬袁崇煥原疏附跋》中提及，明末時期歷史記載十分混亂，即使是與其耳目相關的人，其恩怨糾葛也尤其復雜。其中，主要爭議的集中點是袁崇煥殺死毛文龍之過及是否背叛明朝政府等。
毛鈺因為在京城有一些眼線，因而他也知道袁崇煥因為行事作風的問題，曾經讓器重他的孫承宗大為震怒， 擒殺毛文龍也是袁崇煥擅自主張。雖然沒有成功但性質惡劣。與孫承宗不和的王在晉認為袁崇煥雖然死于國法，但是他的功勞不可淹沒， 但同時，他也認為袁崇煥的死是自取滅亡。 而唐甄、談遷等人則視之為明之良將。總之袁崇煥必定會成為歷史上的爭議人物，不過一切都會風吹雨打去。大明朝廷似乎並沒有好的人選替代袁崇就匆忙處死袁崇煥，最高興的自然還是東虜。
這件事情也讓毛鈺再次意識到歷史的車輪滾滾向前，慣性很大，他這個小人物盡管在東南沿海攪動風雲，但依舊沒能改變袁崇煥這個關鍵人物的命運。
所以毛鈺知道自己要抓緊時間布局了，要盡快掌控東江才有可能在將來局面出現大的變化的時候有力量來改變。
而在此前來杭州的毛承祿給毛鈺帶來了一些不好的消息，首先是朝廷沒有確定陳繼盛的東江領導地位。東江如今還是四分五裂的狀態。雖然從原來的四協變成了兩協，但因為當年毛文龍的蒲公英政策，大部將領其實是各自領兵駐守一地，加上東江得到朝廷的支援不足，所以在毛文龍離開之後向心力自然不足。
毛承祿當然希望毛鈺支持他上位。尤其是毛鈺如今在杭州的實力以及毛家在浙江一帶的影響力如果毛文龍或者毛鈺出面在朝廷上運作一番，再加上毛鈺船隊的支持是有很大可能的。
毛鈺答應毛承祿可以動用自己的一些人脈，不過毛承祿在毛文龍辭官之前只是皮島參將，說得不好听一點就是毛文龍的家丁頭目，是專門負責毛文龍和其他將領以及家眷安全的，對于全局和戰場統帥是欠缺的。
不過這時代的讀書人就那麼些還大部分是腐儒，遼東那麼復雜的局面毛鈺還沒有對朝廷施加足夠的影響力，他能做的就是下令尚可喜盡快帶領船隊北上東江，讓毛承祿跟著回去。目前除了武器彈藥，東江所缺的物資毛鈺手里都有，而且毛鈺現在船隊的運輸能力，只要一次就能讓東江十幾萬人的溫飽問題得到解決，只要東江拿得出足夠的木材和皮貨就行。