隨著鄭芝龍的尸體被高高地懸掛在他自己旗艦的未趕上，被一起包圍的十幾艘鄭家戰船選擇了投降。毛鈺每一艘船派出說那是人控制了這些戰船。然後開始掃蕩周圍尚未來得及逃離的海盜船。一些原本還想停留在原地看熱鬧的海盜為他們的任性和膽大付出了生命的代價。
在毛鈺眼里今天出現在廖羅灣的除了自己人就只能剩下死人。不是毛鈺殺心重，而是如果不是毛鈺有實力是根本無法扭轉局面的。而且為了這一場海戰，毛鈺至少損失上百艘江船和幾十艘海船。不趁著這個機會將鄭家和劉家打殘，難道等待他們東山再起。
當孔有德帶著船隊出現在廖羅灣西南出口的時候，毛鈺已經下令戰艦在海面上追擊那些四散而逃的海盜船。遠的已經追出去二三十里。眼看沒自己什麼事情了，孔有德和尚可義再次進入了火場，雖然大部分船上的火要麼熄滅，要麼船已經燒毀。但是按照毛鈺事先的安排必須在周圍反復檢查不能讓一個還活著的勇士拉下。
廖羅灣的第一聲炮火響氣得時候天還沒亮，如今太陽已經西斜，毛鈺下令所有的戰艦、武裝商船和運兵船隨他前往金門島，無論如何要趕在田和之前攻陷金門島。她不想給鄭家人任何的機會！
等到毛鈺率領船隊抵達金門島的時候並沒有多少船只停靠，而金門島夏然還不知道廖羅灣發生的事情，估計也沒人來通知他們。包括鄭芝虎和鄭彩應該是直接逃回北港去了。毛鈺也沒有客氣下令所有的戰艦炮口對準金門水寨來了兩次齊射，然後派遣了一艘舢板前去交涉。當這些滯留在金門島的海盜听說鄭芝龍已經自殺，鄭家戰船損失大半的時候這些人都傻眼了。他們是知道昨晚毛鈺企圖突圍的事情，也知道三方聯合準備在廖羅灣伏擊毛鈺的。但是荷蘭人那麼多戰艦，鄭家那麼多戰船還有劉香那麼多人，怎麼就讓毛鈺翻盤了？
等到毛鈺的人下令他們立即作出決定，大部分人這才明白過來，毛鈺開著這些戰艦是來攻打金門水寨的。于是一部分人就想著揚帆起航趕緊溜，有一部分比較現實，知道在二十多艘戰艦封鎖下，這些小的不能再小的海盜船是無法突破封鎖的。很快毛鈺就用事實告訴了他們是對的。十幾艘企圖逃跑的海盜船無一例外地在戰艦的炮擊下慢下來然後船進水或者直接在海面上四分五裂。海盜們驚慌失措地落入海水中拼命掙扎。剩下的海盜船見狀立即豎起了白旗。
金門島上一些看熱鬧海盜和百姓也是被火炮嚇得目瞪口呆。所以接下來孔有德和尚可義率領四艘運兵船攻上金門島的時候幾乎沒有遭遇抵抗。金門島存放的糧食和財物自然也就全部歸了毛鈺。隨後毛鈺率領船隊進駐金門水寨，孔有德和尚可義各帶一個陸戰營開始清理金門島。
一直到太陽下山，廖羅灣滯留的福船和海滄船終于全部回到金門島。統計結果讓毛鈺觸目驚心，駕駛著火船沖向敵人的五百勇士只從海面上打撈上來二百三十七人，其余的永遠留在了廖羅灣。毛鈺不心疼那一艘艘江船，心疼這些勇敢的船夫，他們並沒有海軍戰士那麼高的待遇，毛鈺只是平時稍加過問一下，生活質量略微有所提高，一聲令下毫不猶豫地就出發了。明知道十分危險卻義無反顧。毛鈺將李守信和曾立剛叫到自己的臨時休息所，囑咐他們對幸存兌現之前承諾的獎勵。對于犧牲者一定要將所有的撫恤金發放到家屬和親眷手中，標準和這次戰死的海軍將士同等。
海軍方面海滄船損失十二艘，福船損失了四艘，主要都是大陳島和南日島後來增援過來的船只，武裝上不如海軍，訓練也不夠。尚可喜和達代應等人的戰艦破損嚴重必須盡快修理。
包括戰艦和武裝商船一共戰死將士一千二百五十七人，重傷三百四十六人，輕傷兩千六百三十一人。傷亡率達到了三成，主要是最開始牽制鄭芝豹船隊以及後來穿越東北方向的火線追擊鄭芝龍和劉香海盜船遭遇了強烈反擊，還有就是出了廖羅灣之後為了泄憤追擊劉香和鄭家海船遭遇的反擊。重傷主要出現在與荷蘭人的戰艦火炮對轟以及圍攻鄭芝龍的旗艦。
而敵人的損失估計也不會小，除了荷蘭人損失了四艘船外，鄭芝豹的支隊被俘虜了將近二十艘，其余大部分葬身火海。按照鄭家船隊的平均載員計算至少有三千人。隨後在廖羅灣的封堵和追擊又至少俘虜了劉香二十七八艘船。鄭家的海盜船俘虜的則更多有將近三十艘。如此一來算上被擊沉的，鄭家至少損失了一百五十艘大小戰船，估計連同留守北港的主力戰船，鄭家剩下的也不到一百五十艘了。其他成功逃離的船只多少都被摧殘了一番，修理這些戰船將會耗費大量的材料和時間。最關鍵的是鄭芝龍和鄭芝豹都被永遠留在了廖羅灣。劉香要好一些，大概損失了五十多艘。人員傷亡估計在四千左右。荷蘭人逃離的最早，除了戰艦的損失，其他逃離的戰艦也是破爛不堪，估計將士損失也超過了一千五百人。
仔細算算毛鈺除了得到開展之前鄭芝龍用來引誘毛鈺出站的二十萬兩白銀，也就只剩下鄭芝龍放在金門島兩萬石糧食和未來記得出售價值五萬左右的貨物。
按照毛鈺的撫恤標準這次又是血虧！這還不包括那些勇敢的將士的嘉獎。幸好經過檢查荷蘭人留下來的戰艦和武裝商船修一修還能繼續用。
為了紀念這一次的海戰，毛鈺決定暫時停留在金門島，那霸支隊和台灣支隊也在那時留下，準備為這次海戰的殉難者舉行集體葬禮。之後才是海軍和各支隊的整編。記下來很長一段時間毛鈺不能發動大規模的海戰了。而戰兵的訓練至少徐少半年，最好組織記得辦法就是在商隊中招募護衛充當戰兵，然後新兵和傷兵去商隊當護衛。