最近琴酒一直心緒不寧，那天沖矢昂為什麼沒殺他，甚至連伏特加也僥幸活了下來？憑借多年經驗，琴酒懷疑對方可能在他身上做了什麼手腳。
果不其然，事後一番檢查，琴酒發現身上多了一枚微型發信器，即使如此，他依舊有些不放心，處處保持警惕。
不久前琴酒收到通知，雪莉自行停止藥物研發實驗，上面讓他過去處理。琴酒眉頭微皺，如果已經殺死宮野明美，他很樂意去見這女人，對她狠狠奚落一番，現在過去，反倒有種自取其辱的感覺。
組織很看重這項藥物研發實驗，無論如何，他都必須去一趟。伏特加暫時還躺在床上，琴酒換了一名小弟開車。擔心被人跟蹤，一路上琴酒格外小心。幾經輾轉，兩人來到一家生物制藥公司。
走進公司，琴酒徑直來到一間實驗室。門口正有兩名黑衣男子看守，看到琴酒過來，兩人連忙讓開。
琴酒開門進去，直接看到一名身穿白大褂的少女面無表情站在那里，周圍一片狼藉。
「這是什麼意思？」琴酒冷聲質問。
「應該我問你才對，我姐呢？你們到底對她做了什麼？」少女聲音仿佛比琴酒還冷。
琴酒冷笑道︰「她背叛組織，你說該對她做什麼？」
少女很清楚組織的一貫作風，心里猛地一緊，「你們把她殺了？」
琴酒本想說是，不過來的路上，他已想到一個更有意思的主意，「放心，她還沒死。」
听到姐姐沒死，少女不由松了口氣，「她現在在哪？我要見她！」
琴酒一臉玩味道︰「你想見她，但她已經不想見你。」
少女一臉不信，「姐姐怎麼會不想見我？」
琴酒道︰「宮野明美一直想月兌離組織，她對組織而言，其實可有可無，如果不是因為你，組織根本不會吸納她。你雖然是她妹妹，說到底，只會給她帶來各種麻煩。」
少女心里隱隱有不好預感，「你到底想說什麼？」
琴酒臉上露出一個詭異笑容，「她已經離開組織，並且將你拋棄。」
少女頓時如遭重擊，一個踉蹌險些摔倒，「不對，你一定是在騙我，姐姐先前還說要帶我一起離開，而且你們會這麼輕易放走她？」
琴酒譏笑道︰「你覺得有可能嗎？她憑什麼帶你離開？原本我們確實想要殺了她，沒想到她早就找了幫手，對了，那個幫手你也應該熟悉，就是她那個FBI的前男友，她有跟你提過這事嗎？」
「她一直想和那人遠走高飛，哪還在乎你這麼一個累贅……」琴酒不斷用言語刺激，少女再也堅持不住，身體直接癱倒在地。
看著少女失魂落魄的樣子，琴酒心里一陣快意，某人留下的陰影也仿佛一掃而空。
「看緊她，哪也不準讓她去。」琴酒吩咐道，組織看重這名少女，琴酒卻覺得各種麻煩。雖然不能直接殺了她，但如果她自己找死……冷笑一聲，琴酒轉身離開。
琴酒離開沒多久，又一輛車開了過來，車內不是別人，正是易容後的鳴海清隆以及宮野明美。
鳴海清隆很了解琴酒，性格十分謹慎，能發現身上那枚發信器，早在他的意料之中，真正底牌是另外一個。
鳴海清隆對柯南里的兩個數字最為熟悉，一個是APTX4869，另一個是保時捷356A，前者是讓工藤新一變小的藥物名稱，後者是琴酒的座駕。
那天去救宮野明美時，鳴海清隆發現一輛黑色的保時捷356A，這種型號的車早已停產，如今非常罕見，結合琴酒就在附近，車的主人是誰不言而喻。吸取某人教訓，鳴海清隆動手時更為隱蔽，除非把車拆了，否則很難發現還有一枚發信器。
兩人沒在公司門口停留，直接開了過去。
「琴酒剛才在里面待了大約5分鐘，以前有听你妹妹提過這家制藥公司嗎？」鳴海清隆一邊開車一邊問道。
宮野明美想了想道︰「沒有，不過志保之前說過，她在進行某項藥物研究。」
鳴海清隆道︰「研究需要場所，制藥公司是個不錯的選擇。」
宮野明美點了點頭，她也覺得妹妹很肯能就在里面，兩人決定對這家公司展開調查。
不久前，鳴海清隆開出一項新的技能，編程。原本以為暫時沒什麼用，畢竟才九幾年，電腦還沒普及，沒想到這麼快派上用場。
想到編程，鳴海清隆第一時間想到的是程序員，但其實還有一種人也擅長編程，只是在常人眼里頗為神秘，人們通常稱之為黑客。
系統獎勵的編程技能，按照介紹，來源于澤田弘樹，一名十歲就發明出人工智能的天才，不是穿越前的那些人工智障，而是堪比科幻電影里的人工智能，對這個時代而言，簡直就是降維打擊。鳴海清隆雖然暫時搞不出人工智能，但想改行當黑客，問題應該不大。
為方便行動，兩人在附近租了間公寓，鳴海清隆買了台筆記本，研究幾天後，很快上手。先黑了附近監控，利用監控觀察制藥公司的一舉一動，發現每天進出的人很少，根本就不像一家正常山下班的公司。
制藥公司內部也有監控，鳴海清隆嘗試入侵，遺憾的是，組織似乎招攬了不少計算機高手，以鳴海清隆目前水平，很難悄無聲息地突破其防火牆。
「咦，這個是……」鳴海清隆忽然發現一處漏洞，與其說漏洞，更像是某人悄悄從里面打開一扇窗。難道有人發現他了，想故意引他上鉤？等等，對方好像傳出一段訊息，鳴海清隆嘗試翻譯，「h……e……l……p……」
鳴海清隆頓時眼神一亮，這明顯是段求救信號，誰會在里面發出求救？難道是她？
實驗室內，少女目光死死盯著筆記本屏幕，她被關在這里好幾天，已經快要絕望，意外發現公司網絡有被入侵跡象，宛如一根救命稻草，連忙向對方發出求救信號。
時間一分一秒過去，見對方始終沒有回復，少女心情不斷往下沉，眼看就要放棄，網絡再次出現波動，少女心里一亮，連忙開始掩護接應，片刻後，終于收到一段信息，「w……h……o……a……r……e……y……o……u」
看到對方回復，少女激動地簡直快要哭出來！