通過誅殺、流放、罷黜司馬元顯的黨羽，桓玄提拔、選任了一些被排擠的士族，朝政重煥生機，京城一片歡騰，朝庭內外都期待政局安定。
自覺一切盡在掌握，桓玄決定學其老父桓溫移鎮姑孰，遙控京城，專心為接下來的篡位做準備。
四月十二日，桓玄辭去錄尚書事，出京出屯姑孰。天子下詔準許，稱「大政皆就咨焉，小事則決于尚書令桓謙、丹陽尹卞範之」。
回到姑孰後，桓玄著手處理他認為的小事，一件是派馮該統軍兩萬奪回雍州，二是讓冀州刺史孫無終追拿叛逃至廣陵的劉敬宣以及司馬休之等人。
大軍起程當然不是說動就動，擺在桓玄面前的是糧草不足了。從荊、江兩州帶來的糧草消耗得差不多了，京中根本沒有多少糧食，連六軍的糧餉都要靠桓玄接濟。
桓玄一面命馮該操練兵馬，一面下令從荊州、江州、豫州、徐州、楊州、廣州等地征調糧草到姑孰。只是除了廣州，各地都經戰亂，籌措糧食十分困難。
三吳原本是建康的糧倉，可是經孫恩禍亂有年，發生大饑饉，百姓不是被餓死便是逃亡他處，戶籍減少一半以上。曾經最為富庶的會稽郡人口減少十分之四，而臨海、永嘉等靠海的郡，百姓死亡殆盡，不少富豪之家身穿綾羅，懷揣金玉，餓死在家中。
新任會稽內史王愉(王國寶的三哥)接到桓太尉征糧的命令，煩得眉頭擰成疙瘩，若不從命仕途難保，若要從命，糧從何來？
小吏飛奔進來呈上臨海郡太守辛景的急報，急報稟明孫恩得知建康生變，再次率軍來襲，臨海告急，請求會稽和朝庭派兵增援。辛景是桓溫舊將，此次隨桓玄東來，被授為臨海郡太守。
很快，身在姑孰的桓玄收到了孫恩來襲的戰報，桓玄真沒把孫恩放在眼中，對于朝庭拿區區道賊毫無辦法嗤之以鼻，他正要借孫恩展示荊州兵馬的雄壯。
兵馬尚在調集，臨海傳來捷報，辛景擊潰孫恩的變民軍，大開殺戒，將孫恩裹脅的百姓無論男女老幼斬殺殆盡。
孫恩自隆安三年(399年)做亂以來，歷時四年，整個三吳地區被其禍害得民不聊生，去年敗給劉裕後元氣大傷。此次再敗給辛景，數十萬之眾只剩下數千人。
孫恩心灰意冷，生怕被俘，投海自殺。他的門徒黨羽，以及姬妾、舞女等人一同自殺有數百人之多。
殘部尚余三千余人，推舉孫恩的妹夫盧循為盟主。盧循，出身範陽涿縣，東漢名儒盧植之後，後趙中書監盧諶曾孫。
範陽盧氏像弘農楊家一樣，曾出仕胡族政權，過江又晚，建康士族不承認盧氏的士族地位，盧家只能在廣陵安家，其後人盧嘏在州府任小吏。
盧嘏與其子盧循加入五斗米道，盧循娶孫恩之妹，成了教中的核心成員。孫恩赴海而死，盧循順勢接過了道首的位置。盧循假托孫恩借水蛻軀登仙，尊其為「水仙」，愚弄信眾。
緊接著，盧循派人前往建康向朝庭表示歸降。
桓玄看不起這伙作亂的變民，孫恩已死越發不足為患。桓玄最主要的目的是準備篡位，對他而言是聯絡士族門閥的感情，能盡快恢復三吳地區的秩序能提升他的聲望。
于是桓玄任命盧循為永嘉太守，希望先行安撫住盧循。然而盧循對朝庭的任命並不滿意，永嘉在臨海之南，多山少田，經過孫恩禍亂後的永嘉郡根本就沒有幾個人。就任永嘉太守後，盧循並不安份，出兵劫掠相鄰的東陽郡和臨海郡。
桓玄見盧循如此桀驁不馴，派新投靠的撫軍中兵參軍劉裕率兵攻擊盧循，盧循戰敗，退回永嘉。
屯駐姑孰後的桓玄告很快露出驕奢本性，搜刮珍寶，將宮中奇珍異寶搶至姑孰；縱情享樂，揮霍無度，讓原本瀕
臨崩潰的經濟越加不堪重負。
桓玄離開建康，安排尚書令桓謙和丹陽尹卞範之負責朝政，桓謙是其堂兄，卞範之是其心月復兼好友，兩人在忠誠上皆不用擔心。桓玄讓兩人負責，有互相牽制之心，可是這樣一來互相之間矛盾必然產生，政令無常，朋黨互起。
原本東晉朝政是門閥政治，桓玄入主建康之後，壟斷了所有重要官職，除了桓氏族人就是其親朋好友，要不就是阿附逢迎之人。
這讓士族門閥對桓玄很不滿，鑒于桓玄手握重兵，士族敢怒不敢言，對桓玄的拉攏表現得很冷談。
桓玄篡位之心已如司馬昭，世人皆知了，只是自知威望不如其父桓溫，只得耐下性子等待機會成熟。
很快，桓玄走了一招昏招，他下令裁損乘輿供奉之具，宮中供奉不足，甚至連天子都不免饑寒，使得眾人從最初的期待轉為失望。……
襄陽，楊安玄一直關注著京城消息，往來的信使不絕于道。
桓玄入主建康，緊接著劉牢之身死，數萬北府軍歸順了桓玄，這樣桓玄能直接調動的兵馬就超過了十萬。
北府軍和荊州兵馬都是精銳，若是馮該統率兩萬精銳前來，以舉國之力征討雍州，實難抵御。楊安玄在眾人面前表現出信心滿滿，其實內心還是忐忑不安。
收到孫恩再度來犯，緊接著盧循作亂的情報，楊安玄暗松了口氣，桓玄把注意力轉向三吳之地，給了他喘息之機。
楊安玄加緊了募兵，通知各郡招募青壯加以訓練。雍州地處邊陲，與秦、魏接境，秦國兩次進攻洛陽、魏國南渡黃河攻打潁川，造成的流民不在少數。
三吳一帶戰禍不斷，有不少百姓逃過江，前來雍州投親奔友的不在少數，這些人生計無著，募兵不難，一個月的時間就募集了萬余新兵。
募兵容易籌糧卻難。桓玄東進時從雍州調走了一批糧食，雍州各郡都缺糧。三四月份青黃不接之時，要想籌糧越發困難。
戰亂不斷導致糧價飛速上漲，原本一百五十錢一石的糧食已經漲至二百三十錢一石，楊安玄一面提升糧價，一面讓商隊從秦、魏等國購糧，可是杯水車薪，難以救急。無奈之下，楊安玄想出了個應急之策，賣官換糧。
雍州府衙征召賢才的公文張貼到了境內每個屬縣，公文中有「明揚仄陋」、「唯才是舉」的描述，立時在雍州大地上掀起風潮。
很快，流言出現，說是無論士庶只要捐贈官府兩百石糧便能征召入仕成為小史、職吏、佐干等；五百石縣中功曹、助教；千石郡中記室、議生、門下史；千石可為縣尉、縣主簿；如果能捐贈二千石以上，縣令、州府的職司都有希望得到。
消息傳開，那些富商世賈聞風而動，士農工商，商排在最末，地位最低，眼見有個機會改變命運，改變後人的身份，花點錢算什麼。
很快，楊安玄便收到了來自士族的指責，特別是寒門子弟，他們自矜出身士族，雖然家族中落但身份仍然高貴，有資格參加中正的選拔改變命運。
楊刺史不限出身只論才能的做法無形中擠佔了他們的上進之路，而且這些人多半家境貧寒，拿不出買官的糧食。
士族則認為自己出身高貴，怎能與商賈為伍，楊刺史的做法分明是對九品中正取士的挑釁，甚至連孔鮮也寫信前來勸說楊安玄。
楊安玄不得不召聚門閥世家闢謠，聲稱征賢令主要是針對士族賢才，當然對願意捐贈糧食襄助官府的地方賢達亦當予以獎勵，只會授任九品以下的官吏，九品以上則要士族才有資格擔任。
緊接著，楊安玄征召了十數個身具賢名、出身寒門的人入仕，壓下了士族反對的風潮。
很快，那些門閥發現楊刺史的以糧換官
的做法對他們大為有益，九品中正選官他們的子弟有機會入仕，但相對整個家族來說能夠入仕的人數還是太少，若千石糧能夠換回八品官，這機會實在難得。
一個月不到的時間，楊安玄授出一百三十六個官職，換回六十七萬石糧食，順利解決了軍糧不足的困境。
新募的這些官員素質參差不齊，楊安玄從中挑選了一批出身寒門的子弟，讓他們擔任府縣的循行，行傳達教令、督察屬吏、案驗刑獄，檢核非法等事，懲辦了一批貪腐，雍州吏治得到整頓。
普通老百姓對刺史大人的征賢令並不在意，他們關心的是自己一日三餐、家人的溫飽，城門處張貼的耕田令、募兵令、屯田令、辦學令等等才跟他們息息相關。
刺史有令，命各縣加緊督造楊家犁，免費供農人使用，官府還租借耕牛、糧種等物，鼓勵開墾荒地。
刺史有令，應募入伍的兵丁月餉糧一石半、帛二匹。糧帛不多，但對流民來說足以讓一家人勉強活下去。
刺史有令，招募流民屯田，官府收租四成……
刺史有令，招役興修道路橋梁……
一系列的政令頒布下去，大把的錢糧流水般地淌出，給雍州大地帶來了勃勃生機。
新募了一萬五千新兵，雍州的兵馬接近三萬，又新增了八處屯田，楊安玄相信等到七月夏糧入庫，便再不用為軍糧發愁。
新軍分散于各郡，操練的事情不用操心，襄陽新軍五千交給了孟龍符，楊安玄很放心。
兵有了，軍械便要抓緊，楊安玄抽空去了趟安成周家，成功地「說服」周偉將棠陰鐵業轉讓給應家。
緊接著，楊安玄前往西平棠溪，並通知應旭前去商議加大生產之事。
應旭很快來到棠溪，看到年輕的雍州刺史，深覺自己的投注沒有錯，不說鐵礦、彩瓷生意的收益，就連三子應康都是掃虜將軍、信陽司馬了。
應家已經和楊安玄緊密地聯系在一起，即使前程未卜，也值得繼續投注下去。萬一楊安玄能成大事，應家便會跟著改天換地。
楊安玄決定公開淬火之法，讓應家加快軍械生產，把棠溪打造成軍械坊，任命應浩為七品工官，征召工匠，加大生產。
應浩笑得合不攏嘴，沒想到自己有一天也能成為七品官，拍著胸脯保證年產斬馬刀兩千把，箭簇十萬只，其他兵器若干。
楊安玄交待應浩注意灌鋼法和淬火法的保密，不準坊間工匠流動，並下令汝陽派遣五百郡軍駐守棠溪四周。
內政有條不紊地布置妥當，楊安玄開始了對外的聯合縱橫。