得知是雍州兵馬參戰，盧循長吁短嘆，萌生退意，想從鄱陽湖順贛江返師始興城。
徐道覆氣急，拍案怒道︰「盧公，劉毅新敗，伐燕大軍尚未回返，建康城中兵馬不足萬人。我等有大軍十余萬，戰艦二千余艘，水中戰艦，陸上車馬連綿百余里，豈因小挫回師。」盧循捊著胡須沉吟，又開始猶豫不決。
徐道覆憤然掀翻案幾，指著盧循罵道︰「盧于先，愚終將為你所誤，若將你換成楊安玄，建康城早在愚的手中。你若想回師番禺，還不如早些自縛前往建康授首伏法來得痛快些。」盧循訕訕地道︰「道覆莫要動怒，如此大事愚當然要思量周全。就依你，明日兵發歷陽城。」五月八日，劉毅兵敗的消息傳至建康城，朝野上下動蕩不安，不少人攜家帶口出城避難。
五月九日，徐道覆率師攻打歷陽城。豫州主簿袁興國得知劉毅兵敗，準備響應賊軍。
瑯琊內史魏順之得知，派揚威將軍謝寶入城殺袁興國，袁興國親衛襲殺謝寶，率軍攻打魏順之。
魏順之棄歷陽城逃走，徐道覆取歷陽城。劉裕得知魏順之逃走，怒斬魏順之。
魏順之是魏詠之的弟弟，魏詠之曾隨劉裕京口起兵，是劉裕的親信，魏詠之逝後，劉裕對魏家人很是照顧，此次斬殺魏順之，讓不少人生出畏懼，不敢怠命。
從歷陽城逃回的敗兵驚恐地講述盧循大軍的強盛。十萬大軍變成了二十萬、三十萬，戰船鋪滿了鄱陽湖，封堵了整個江面，從歷陽到潯陽連綿數百里。
劉裕讓天子下詔大赦，以重賞募軍，征調百姓修築石頭城，加強防御。
五兵尚書董懷道︰「建康四周有石頭、西州、東府、白下、瑯琊等城拱衛京城，可派兵分守津要。」劉裕搖頭道︰「董尚書此議不妥，賊從我寡，若分散兵力，恐不能敵。若一處失利，全局俱動，不如聚眾固守石頭城，隨機應變。賊人若來，亦分不清城中虛實，亦不敢分兵出擊，等到北伐軍歸來，再分駐各城不遲。」孟昶舊事重提，諫言保護天子渡江前往廣陵城暫避。
劉裕堅決不同意，道︰「廣陵城防御不足，根本無法跟建康相比，建康城兵馬雖少，卻能依城一戰，過江之議不妥。」五月十一日，北伐將士渡江歸來，這多少讓建康城內恐慌的氣氛降低了許多。
劉穆之隨同將士一同歸來，劉裕看到他一身塵土，滿身疲憊。算算行程從他離開下邳到現在不過才二個來月時間，劉穆之要先處理好廣固城收尾事宜，再從廣固城出發追上南歸的大軍，這一路兼程辛苦可想而知。
「道和，你且歇息，有話明天再說。」劉裕感動地道。劉穆之的臉上滿是灰塵，被汗水沖成一道道污痕。
放下手中茶壺，劉穆之痛快地打了個嗝，道︰「無妨，主公命人備下些吃食，僕吃完有事向主公稟報。」劉裕揮手示意，旁邊的侍從快步出外安排。
片刻功夫，劉穆之面前案幾被換成寬大的條案，各種美食流水般地送了上來。
劉穆之笑道︰「僕生性好吃，讓主公見笑了。」劉裕舉杯道︰「以道和之才，莫說些許吃食，便是金山玉山也可安享。愚敬道和一杯。」劉穆之下箸如飛，大塊的羊肉、紅燒的豬肉、清蒸的鱖魚就著大盆的面餅消失在劉穆之的口中。
劉裕慢慢地飲著酒，微笑地看著劉穆之狼吞虎咽一刻鐘後，劉穆之放下筷子，拍拍肚子笑道︰「總算吃飽了。」案席撤下，劉穆之喝了兩口熱茶，道︰「主公，僕回來之前斬了韓範和封融，這兩人意圖謀反。」劉裕愣了一下，韓、封是南燕的大姓，韓範、封融更是主動投降他的燕國大臣，斬了這兩人會不會引發暴亂，此時京中風雨飄搖，北冀州再出事就雪上加霜了。
不過，他對劉穆之極為信任，劉穆之這樣做肯定做好了應對措施。劉裕道︰「道和行事，愚向來放心，斬便斬了。」劉穆之解說了一番，劉裕率大軍南下之後，韓、封等世家的族人暗中勾連，意態不明。
彼時劉穆之剛收到劉裕命他急回建康的消息，與劉道憐商議後，以謀逆之名斬殺韓範和封融，又誅殺了兩家數個族人，將暗潮壓下。
劉裕暗松了口氣，他當初有意誅殺廣固城中所有男子，就是想將忠于南燕的勢力連根拔起，韓範的勸諫讓他不得不顧及名聲，不過還是誅殺了三千南燕官吏。
劉穆之借韓、封兩家有意謀反之名，再砍上一刀，將原本南燕的勢力斬得七零八落，相信能震懾住不少人，劉裕點頭道︰「快刀斬亂麻也好，道憐行事謹慎，又有檀韶相幫，北冀州應該不會生亂。」劉裕把京中形勢向劉穆之敘說了一遍，劉穆之得知孟昶力諫保護天子過江避往廣陵，厲聲道︰「孟昶之言絕不可听。主公上應天命，輔佐朝政，新近立下滅燕大功，威震六合。妖賊乘虛入寇，听到主公凱旋歸來，自當奔潰。如果先行棄京城而逃，聲望何存，主公將來施令，誰人還會听從。
「劉裕欣然道︰「道和說到愚心中去了，南山可改，此志不移。彥達昏聵，只顧自家性命，哪知大局根本。」五月十二日，東堂朝議。
瑯琊王司馬道文問及南歸的將士，五兵尚書董懷奏道︰「北伐將士征戰在外，傷病者近半，此次為救京城長途跋涉而來，疲憊不堪，恐難與敵作戰。」孟昶聞听，再次奏請過江暫避。
司馬道文意動，把目光看向錄尚書事劉裕。劉裕見孟昶一再勸諫過江，心中煩惡，冷聲道︰「過江無險可守，不過是苟延時日。據建康而守，仍可一戰，若能取勝君臣同幸，若厄運必至，愚願橫尸廟門死衛社稷，以全報國之志，絕不遠竄草莽間求活。吾意已決，彥達不必再多說。」孟昶看劉裕正言厲色，知道難以挽回其心意，亦疾聲道︰「妖賊勢大，當初安成公和南平公迎戰妖賊，愚先知其敗。豫章公一定要與妖賊決一死戰，請先賜愚一死。」劉裕氣得暴跳如雷，吼道︰「你先別急著死，等看愚打完這一仗，再死不晚。」朝堂之上鴉雀無聲，司馬德文看著怒形于色的劉裕，心中暗暗發涼。
無論此戰勝敗，晉室江山又朝深淵近了一步。孟昶回到府中，悶悶不樂，揮退侍從，一個人坐在書房中發呆，腦中回想著當初京口起兵時的情形，當時自己和劉裕、劉毅等人情同手足，現在卻鉤心斗角，勢如水火。
當年越王滅吳之後，範蠡勸文種離開,稱
「越王可與共患難,不可與共樂」，沒想到要應在自己身上了。想起劉裕在朝堂上頤指氣使的樣子，孟昶感到一陣心寒，當初京口起兵是為重興晉室，如今看來劉裕與桓玄何異。
想起瑯琊王臉上的惶恐之色，孟昶一陣心酸，王威不振，社稷難保，自己將來置身何處，難道要向劉裕屈身稱臣嗎？
劉裕在朝堂上對自己口出惡語，恐怕自己想屈身事之也難得善終。當年一同起兵的檀憑之、何無忌已死，接下來輪到自己了嗎？
孟昶露出一絲苦笑，自己死後大概劉毅也難保性命，不知諸葛長民能否活命，除了劉裕自家兄弟和劉穆之，一同起軍的眾人有幾個能活命。
越想越感覺萬念俱灰，孟昶執筆開始寫奏疏，
「當初劉裕北伐燕國，諸人皆認為不可，唯獨臣贊成劉裕，哪料致使強賊乘間危逼社稷，臣之罪也。謹引咎以謝天下！」將奏表封好，孟昶飲藥自盡。
五月十三日，孟昶的遺表送至，朝臣無不唏噓，目光復雜地看向劉裕。
劉裕臉色鐵青，沒想到孟昶以死相抗，把自己逼到了絕處，此戰若不勝，恐怕自己亦難逃一死。
越是如此，劉裕的斗志越發高亢，高聲道︰「賊軍西來，可用木柵將查浦淮口及石頭城四周封堵，在淮口旁興築堡寨，置萬鈞神弩和火箭于其上，抵御賊軍進攻。」殿外侍臣飛奔入內，高聲奏道︰「雍州別駕王鎮惡捷報。」這一段盡是壞消息了，听到捷報二字，群臣無不振奮，把目光集中在司馬德文手中的奏報上。
司馬德文看罷奏報，臉上露出笑容，揚著手中奏報道︰「雍州別駕王鎮惡奏報，五月九日雍州水師在潯陽附近遭遇賊師，破敵萬人，俘獲賊船一百八十二艘，抓獲賊兵一千兩百余人，救回被俘兵丁數千人，同時還繳獲了大量的輜重。」
「雍州兵馬果然精銳，可讓雍州軍餃尾攻擊賊軍。」
「南平公興師動眾，結果一戰退潰，反倒是雍州軍不足萬人，獲此大勝，嘖嘖。」
「雍州軍臨陣破敵，當賞其功。」贊語如同刀子刺向劉裕的心，劉裕臉上還不得不掛著笑容，難受至極。
好不容易听到司馬德文道︰「王鎮惡立此大功，提振軍心，當重賞。」朝堂上一片附和之聲，劉裕奏道︰「王鎮惡可授龍驤將軍，賜爵東武縣男。讓其盡快將救回的兵馬送返建康，協助守城；另外可命王鎮晉率雍州軍伺機進攻賊軍後路，牽制賊師。」瑯琊王司馬德文振作精神，以天子名義下詔，自領都督宮城諸軍事，率兩千兵馬守御宮城；劉裕督諸軍事，率眾文武防守石頭城；以咨議參軍劉粹輔佐劉裕長子劉義隆鎮守京口，劉義隆時年四歲，劉粹是劉毅的族弟。
五月十四日，盧循大軍抵達淮口，京城內外戒嚴。劉裕站在新築的塢寨上觀敵，見大江之上船只鋪滿，旌旗一眼望不到邊，賊軍確實人數眾多。
劉裕驚奇地發現，長江岸邊居然有百姓對著江中的船只指指點點，轉臉問身邊的參軍張邵道︰「茂宗，這些百姓見賊軍至為何不逃？」張邵因不應劉毅之召前往歷陽城被劉裕信重，擢其為府中參軍，協助劉穆之處理政務，出謀劃策。
張邵笑應道︰「主公未歸之前，百姓盡皆逃命；主公歸來之後，朝野上下皆對主公信心百倍，所以這些百姓才不害怕，站在江邊看熱鬧。」劉裕大喜，對身邊的將領道︰「軍心、民心可用，必能破賊。」