軍事部設立的意義在于匆行政上把常備軍的地位進一步壓低，更好制衡軍隊。這是成熟國家都致力的一項舉措，畢竟軍隊是充滿破壞力的力量，對內對外都是如此。
除了軍事部，其他九個部門大多也是新設立。
財務部主要負責全國資源的收支與調配，部長為一只負責管理倉庫的神工蟻「小繩」。
螞蟻是個集體社會，任何工蟻收集到的物資都主動上交倉庫，任何開支也都自行從倉庫領取，這些倉庫是公庫，但還沒有達到國庫的程度。
神使王軍團之前的國庫管理也是這樣，管理模式很粗放，主角只能大致掌握主巢里一種物資的儲量，對其他副巢的物資管理則非常粗放。目前只有蜜露和鴉蜜算是管理有序，畢竟這兩樣的出口是神使王軍團的重要財源。
這一次，他專門組建財政部，統籌管理國庫和各地庫房。
財政部下轄庫管處、收支處、資料處、調配處等部門。
庫管處負責物資的收儲管理，絕大部分物資都由財政部管理，只在主巢和各個副巢留下一個小倉庫，儲備螞蟻們的日用物資，如糧食等，每周從財政部倉庫調配補充一次，以免螞蟻們每日分散領取食物造成巨大的登記壓力。
收支處管理庫房物資的收支與登記，以後凡是歸屬國庫的物資，都需要記錄開支數據，數據移交資料處留存。不同于以往螞蟻們完全靠記憶的登記方法，主角這次還要教會螞蟻們用炭筆在紙上記錄，為此財政部的螞蟻們需要學會簡單的寫字！
調配處負責國庫與各副巢公庫之間的物資調配計劃的制定，具體運輸任務則交給交通部。
蟻口部也是新組建的，負責管理全國蟻口，這是其他螞蟻文明都沒有的一個機構，其下轄計劃處、育幼處、蟻後處等部門。
蟻口部部長為雄蟻「蜈蟒」，主角已經安排他從軍中退役來任職，蜈蟒自己不大情願，不過主角是考慮到他以前和蜓鷹的關系以及近期的言行，深思熟慮做的決定，不由他拒絕。
蟻口部雖然重要，但是並不算要害部門，正好安置資料很老又讓主角有些操心的蜈蟒。
好在蜈蟒听說部長的行政級別比軍團長還高一級後，沒有再抱怨，乖乖上任了。
目前，其他所有的螞蟻種族的蟻口都是無規劃，存糧多就多生一些蟻卵，糧食少就少生或者不生，夏天多生，冬天少生。很多蟻族就連自己國家又多少蟻口都只是知道一個大概，誤差往往多達幾十萬！
這一次，主角決定把蟻口也納入行政管理之中。
蟻口部下轄的計劃處負責根據需要制定下轄各蟻族的蟻口生育計劃。
育幼處負責所有蟻族蟻卵、幼蟻和蟻蛹的照顧，相關場地及育幼蟻均由該處管理。
蟻後處負責所有蟻族蟻後的物資供應、起居照顧和護衛。這也相當于變相從各蟻族手里奪取了蟻後的控制權，控制了蟻後，就等于控制了這個蟻族的未來，這些蟻族將再也無力月兌離神使王軍團！
農業部負責全國的糧食及農作物生產事宜，根據糧食生產的方式和種類來劃分下轄部門，包括種植處、養殖處、采集狩獵處、蜜露鴉蜜處、加工處，部長是一只切葉蟻雌蟻「百草」。
其中蜜露鴉蜜產業對于神使王軍團而言非常重要，因此單獨列為一個處。
加工處負責食物的再加工，比如發酵、濃縮、稀釋、精煉等，有下屬的工坊和工匠螞蟻。
此外，軍用蒼蠅、甲蟲的馴養叫軍事部管理，農業部不管。一些非糧食類物資的采集，如植物縴維的采集，由工業部管理，農業部也不管。
工業部管理全國的高爐、作坊，下轄金屬工業處、非金屬工業處、原材料處等。
如今神使王軍團相比其他蟻族有著更加強大的工業制造能力，能夠生產鐵制品等「高科技」產品，主角決定把工業的地位放到更高層面，因此組建了工業部。
第一任工業部部長是原先管理煉鐵高爐的一只大頭蟻神工蟻，名為「小石」。
金屬工業處管理煉鐵高爐等工坊，根據上級命令制定生產計劃。
非金屬工業處負責管理生產石器、陶器、繩索、木器等的作坊。
原材料處負責所有工坊所需原材料的收集，有一支龐大的工蟻隊伍，不像以前那樣，和農業部的外出采集食物的螞蟻是混為一談的。
科研部由「小秘二世」領餃，由原科研組改組而成，原先的幾個科研小組根據研究方向被改組為下屬部門，包括︰農業科技處、工業科技、軍事科技處、其他科技處。又新組建了後勤保障處、安保處作為行政處室。
主角對科研工作非常看重，為此給科技部專門配備了安保力量。
工程部主要負責國境內重要工程的施工，目前的大運河工程及其施工隊就移交給了工程部。
工程部部長是一只鋪道蟻雄蟻「浮葉二世」，部里下轄規劃處、施工處等機構。
交通部負則大宗物資的巢穴間運輸，目前的部分甲蟲運輸隊全部劃歸交通部管理，不過他們只負責非軍事運輸。
交通部下轄計劃處、運輸處、馭獸處等，部長是舉月復蟻雄蟻「老心」。
外交貿易部負責與其他文明蟻族的外交和貿易事宜，下轄外交處和貿易處，部長是經常執行外交任務的神工蟻「小花」。
教育部負責雄蟻、神兵蟻的軍事教育，神工蟻、大工蟻的職業教育等，為軍事部、財政部、科技部、農業部和工業部培養專門的蟻才，也負責雄蟻等的常規教育。
教育部下轄軍事教育處、職業教育處、普通教育處，教師多是從相關崗位上退休的有經驗的螞蟻，部長為大頭蟻雄蟻「甲牛」。
各地副巢的日常行政工作由當地的雄蟻、蟻後、雌蟻、大工蟻、神工蟻、神兵蟻組成副巢會議管理，同時接受本蟻族以及十部的垂直管理。