六月上旬，雨之國。
自來也回憶起以前的事情，跟大蛇丸和千手綱手一起經歷過兩個鈴鐺搶奪戰，一起跟隨猿飛日斬修行忍術。
為了獲得千手綱手的芳心，為了獲得天下所有漂亮小姐的愛慕，自來也努力修行。
不想，在使用隨機通靈術的時候，被反向召喚到了妙木山，那個滿是蛤蟆的地方，還是會說人話的蛤蟆，也不知道那聲帶是怎麼長的。
更想不到的是，蛤蟆仙那個一千歲的老糊涂居然做了個夢，也就是預言。
預言說，一個人類的孩子將迷失于這妙木山中，要給予這個孩子蛤蟆的力量，並讓他知曉預言。
自來也就成了預言中，將要知道預言的人。
可是，那要知道的預言到底是什麼，得等到蛤蟆糊涂仙做夢夢到以後。
好吧，生為命運之子，自來也只能待在妙木上修行，等待預言出現。
山中不知時日，自來也終于等到了蛤蟆糊涂仙做夢，也就是預言。
預言中說，除了以外，什麼都不會的自來也，總有一天也會變成獨當一面的忍者，而且還收了徒弟。
自來也的弟子會是個將來為忍者世界帶來重大變革的忍者，他會給這世間帶來前所未有的安定或毀滅，變革就是這兩者間的一種。
自來也將是引導那個變革忍者的人，總有一天，自來也將被迫作出重大的抉擇，這個抉擇將會決定世界所面臨的變革。
在夢中，自來也游歷世界各地，並且在寫小說，理由可能是因為自來也要去見識世界各地的森羅萬象。
自來也不信，但是據說，蛤蟆糊涂仙預言的事情，從來沒有落空的案例。
正好，自來也早就在蛤蟆山待膩了，干脆就出去了。
先回木葉里，結果發現千手綱手成了一個大美人，雖然一直有書信往來，但是有人近水樓台先得月，她居然有男朋友了。
惱火之下，自來也跟大蛇丸比斗了一翻，但卻沒贏。
自來也垂頭喪氣的走了，去散心，也正符合了預言中的旅行。
那個時候，世界正逐漸變得不太平，在忍者五大國統治下的和平變得岌岌可危，隨著動亂的發生，各國開始了侵略和內亂，並逐漸危及普通人們的生活。……
「命運是不用尋找的，對已經來臨的命運就只能接受，現在戰亂逼近了，在和平時代沒有用處的傀儡制造技術，也可能以高價賣給某國慷慨的大名。」
自來也在遇上一個傀儡師以後，突然就有了動筆寫些什麼的沖動。
那個傀儡師選擇了卷入這股毀滅時代的浪潮中，而自來也想將這個世界導向前所未有的和平變革中。……
「雖然也在尋找自己的命運，可是一直都找不到，而且再怎麼找那種東西也沒用，因為僅憑我們一族，根本無法跟大國的忍者里對抗，我的命怎麼這麼苦，為了復興一族，我已經用心做我不習慣的農活了，可還是不夠生活。」
這是一個對現今的世道不滿，滿月復牢騷的忍者，自來也覺得他這樣下去很危險，他遲早會重新拿起忍具加入戰斗中，不管他自己願意還是不願意。……
「我在村子里就教孩子們，面對艱難的命運時，到底該如何去應對，他們獲得作出更好選擇的能力，選擇是生還是死，我能教的，就只有讓他們活下去的方法而已。」
這是一個教導人們修行忍術防身的忍者，但這不是自來也想要的，不單單要自己活下去，而是要給這個世界帶來和平的變革者，將大家引領至一個迄今為止，都從未有過的和平時代。……
「這個世界正朝著戰亂發展，而且無法停止下來，衷心的祈禱，人們唯一能做的，就只剩這個了。」
這是一個教導人們和平的忍者，但自來也不認為，祈禱就能得到和平。……
「現在各國的平衡隨時都會被打破，此刻正處于戰爭的邊緣，不先動手毀滅別人就會被別人毀滅，這是個一旦猶豫就會被干掉的世界。」
這是一個襲擊自來也的女忍者，自來也打敗了她，但也停止了旅行，回木葉里作為木葉里的一員參加戰斗。……
回到村里，就得知千手綱手的弟弟死了，戀人也死了，看著痛苦的千手綱手，自來也很是心疼。
為了抹去忍者的世界里的這股悲傷，必須要找到變革者，必須找到那個能夠給世界帶來和平的人。……
「這就是我們忍者的命運，只要我們還生活在這個被詛咒的忍者世界里，就不會有和平。」
這是戰場上遇上的一個忍者，自來也突然醒悟到，應該自己培養弟子，培養出能給這個世界帶來和平的變革者，不管花多少時間，只要世界上有和平這種東西，就一定要抓住。……
第三次忍界大戰全面爆發，就在雨之國，自來也、千手綱手、大蛇丸與雨隱里的山椒魚半藏一戰，獲得了山椒魚半藏的認可，成為傳說中的三忍。
而在那之後，自來也在雨之國遇上了三個找食物的小孩子，彌彥、小南、長門，他們的家人被木葉里忍者殺了。
他們三人想學習忍術，大蛇丸本來要殺了他們，但自來也決定收他們當弟子，作為木葉里的補償。……
「等國與國之間也會相互理解獲得和平，那只是一廂情願而已，我們的家人都被殺害了，如果要相互理解的話，至少也要讓對方嘗嘗同樣的痛苦，這才算是分享痛苦吧，所以戰爭才無法停止，我要變強，我要保護大家，我要改變這個國家。」
彌彥的思想是以武力改變國家，但是要讓對方嘗嘗同樣的痛苦，那就無法讓戰爭停止，自來也想要的是，讓人能放棄怨恨，重新構築並貫徹和平。
小南的能力是控制紙，她自己並沒有強烈的思想，只是在跟隨彌彥。
長門的思想是保護他的家人，現在，也就是彌彥和小南。……
在一次彌彥和長門遇襲時，長門殺死了襲擊他們的忍者，自來也發現長門具有傳說中的輪回眼。
三大瞳術中被認為是最崇高的輪回眼，忍者始祖的六道仙人才具有的眼楮。
據說現在所有的忍術，都是由那位擁有輪回眼的仙人所創造出來的。
他是在世界陷入混沌之時，用手孕育一切的創造神，也可以是將一切歸零的破壞神。
自來也相信他和長門相遇，收長門為徒，是命運的相會。……
「那個時候，彌彥受傷了，我非常生氣，等我回過神來的時候，對方已經倒下了，我感到非常害怕，因為憎恨，迷失的我將對方給……我可能做錯了，應該會有更好的方法。」
長門的懺悔，自來也很高興。
「長門，你這麼做對不對我也說不清，不過多虧了你，彌彥才能得救，你保護了朋友，所以你做的事應該是正確的，沒有人會責備你。」
「一旦受到了傷害就會產生仇恨，相反，如果去傷害別人就會招人怨恨，同時也會受到自己良心的譴責。」
「正因為知道那份良心的傷痛，今後才能以寬大的胸懷待人，這就是我希望你們能夠成為的人類。」……
可惜，原以為他們可以靠他們自己的力量來改變雨之國，但他們三人後來居然都死了。
另一個弟子，波風水門雖然出色，但是感覺總是差一點，沒有那種命運的感覺。
一直到那天，波風水門看了自來也根據自身經歷和希望而寫的《毅力忍傳》一時興起把里面主角的名字拿去給了他未出生的孩子——漩渦鳴人。
自來也有一種命運的感覺，與那個未出世的孩子。……
自來也在胡思亂想中，走進了雨之國的都城雨之城，輕而易舉的。……