20世紀80年代是拜仁慕尼黑的動蕩時期，球隊經歷了許多人員變化以及財政問題。保羅‧布萊特納和卡爾‧海因茨‧魯梅尼格成為了球隊的靈魂，他們帶領球隊在1979-80賽季以及1980-81賽季的聯賽中捧起了冠軍獎盤，拜仁在那一時期也被稱為布萊特尼格隊。
在此後的兩個賽季拜仁僅僅獲得了1982年的德國杯，1983年烏多‧拉特克再次執教球隊，布萊特納同期宣布退役，1984年拜仁再獲德國杯冠軍，並且在六年中五次奪得各項賽事錦標，包括了1985-86賽季的聯賽和德國杯的雙冠王，但在這10年中拜仁在歐洲賽場上並沒有太多優異表現，只是在1982年和1987年獲得了歐洲冠軍杯的亞軍。
1987年尤普‧海因克斯成為了拜仁的主教練，在1988-89賽季以及1989-90賽季的兩連冠後，拜仁的成績開始出現下滑，在1990-91賽季屈居亞軍後，1991-92賽季拜仁僅僅排名第十，領先降級區五分，1993-94賽季後半段當時的主席貝肯鮑爾親自出馬，接過了拜仁的帥鞭，帶領球隊在沉寂四年之後重新捧起德甲冠軍獎盤。
在此之後，繼任的喬瓦尼‧特拉帕托尼和奧托‧雷哈格爾並沒有像俱樂部所期待的那樣，只是分別在拜仁度過了一個碌碌無為的賽季。由于當時拜仁球員通常登上八卦新聞版面而非體育新聞，拜仁被戲稱為綠茵好萊塢。在1995-96賽季接近結束時，貝肯鮑爾作為代理教練暫時掌管了拜仁，球隊隨後奪得了1995-96賽季歐洲聯盟杯，決賽中他們擊敗了波爾多。1996-97賽季特拉帕托尼重返球隊並帶領拜仁捧起了當年的德甲冠軍獎盤，但在接下來的一個賽季，拜仁在冠軍爭奪戰中輸給了雷哈格爾帶領的升級馬凱澤斯勞滕，特拉帕托尼也再次離開了俱樂部。
在1998-2004年間拜仁由奧特馬‧希斯菲爾德執教，在他執教的第一個賽季，拜仁獲得了當年的德甲聯賽冠軍，歐洲冠軍聯賽冠軍也幾乎到手，只是在全場領先的情況下被曼聯傷停補時階段的兩粒進球所擊敗，在1999-00賽季拜仁獲得了歷史上第三個聯賽和德國杯賽雙冠王。
2000-01賽季拜仁直到聯賽的最後一輪才確定取得連續第三個德甲冠軍，當時在聯賽最後一輪，在比賽進行到九十分鐘卻被對手漢堡足球俱樂部射手謝爾蓋‧巴巴雷茨攻破球門，使得冠軍就要旁落的不利情況下，憑借帕特里克‧安德森在補時階段最後時刻的禁區內間接任意球逼平漢堡隊，在最後時刻奪得德甲冠軍。不久之後拜仁在歐洲冠軍杯決賽上依靠點球擊敗了瓦倫西亞足球俱樂部，在時隔二十五年之後重新捧起歐洲冠軍杯，2001-02賽季初拜仁獲得了豐田杯的冠軍，但之後球隊在其它賽事乏善可陳。
2002-03賽季拜仁獲得了球隊歷史上的第四個聯賽和德國杯雙冠王，領先第二名二十六分的成績也創造了德甲聯賽的歷史，希斯菲爾德的王朝在2004年終結，該年拜仁的表現令人失望，並且在德國杯賽也負于乙級球隊亞琛足球俱樂部而止步不前，之後菲利克斯‧馬加特接過了球隊的教鞭，並帶領拜仁獲得了兩個聯賽和德國杯賽雙冠王。
在2005-06賽季開始之初，拜仁的主場由原來的奧林匹克體育場搬遷至了新的安聯競技場，新的球場同樣是與同城對手慕尼黑1860足球俱樂部共同擁有。拜仁在2006-07賽季的表現並不穩定，聯賽表現不佳並且在德國杯賽再次輸給了亞琛，馬加特也在冬歇期過後不久離開了帥位。
2007年1月奧特馬‧希斯菲爾德重返球隊，但拜仁在2006-07賽季最終僅僅獲得了第四名的成績，十年來首次無緣歐冠比賽，並且在其他戰線一無所獲。在2007-08賽季賽季開始前，拜仁對球隊的陣容進行了大刀闊斧的改造和重建。球隊一共簽下了八名球員並且出售、解雇或者外借了九名球員。其中最重要的引援是從佛羅倫薩引進盧卡‧托尼、從雲達不萊梅足球俱樂部引進米羅斯拉夫‧克洛澤以及從馬賽引進了弗蘭克‧里貝里。新的引援成功奏效，他們再次獲得了2008年的雙冠王，並從聯賽開始起就一直佔據榜首位置。
2008年1月11日克林斯曼以希斯菲爾德繼任者的身份與拜仁慕尼黑簽約，他從2008年7月1日起主管球隊。拜仁在2008-09賽季迎來了一個糟糕的開局，前六輪比賽中只勝兩場，但之後穩步改進，在德國杯的四分之一決賽拜仁被勒沃庫森擊敗；在歐洲冠軍杯中，拜仁也在總比分十二比一擊敗了里斯本競技足球俱樂部並創造了歐冠淘汰賽最懸殊比分記錄後，被巴塞羅那以五比一淘汰出局，4月27日也是主場敗給沙爾克04並滑落至聯賽第三後，克林斯曼被迫下課，前來取代他的是老帥尤普‧海因克斯，他的任期一直到賽季結束。
球隊最終獲得了聯賽第二名，順利晉級下一賽季的歐洲冠軍聯賽，2009-10賽季拜仁聘請了荷蘭名帥範加爾，並從皇家馬德里引進了荷蘭小飛俠羅本。在2009-10賽季，拜仁雖開局不佳，不過在上半程後期狀態明顯回升，最終在冬歇期時獲得第三。在第33周聯賽中，拜仁以三比一擊敗波鴻，提早一周奪得聯賽冠軍。而在當賽季的歐冠中，拜仁小組賽中獲得第二，並在淘汰賽中淘汰了佛羅倫薩，曼聯，里昂並與國際米蘭會師決賽，最終以零比二不敵國際米蘭獲得亞軍。
這個賽季拜仁也在德國杯中問鼎，煥然一新的拜仁本賽季與三冠王 肩而過。2011-2012賽季歐洲冠軍聯賽，拜仁慕尼黑在主場迎戰切爾西，鏖戰一百二十分鐘一比一平局收場，只能進入殘酷的點球大戰，最終以總比分四比五惜敗，奪得2011-2012賽季歐洲冠軍聯賽亞軍。