曼祖基奇在2012年歐洲杯後加盟拜仁，隨隊奪得一次歐冠冠軍、兩次德甲冠軍、兩次德國杯冠軍、一次歐洲超級杯冠軍和一次世俱杯冠軍。效力拜仁兩個賽季里，曼祖基奇在德甲賽場出場五十四次打進三十三球，各項賽事則是出場八十八次打進四十八球，展現出極高的進球效率。
但隨著何塞普‧瓜迪奧拉在2013年夏天入主拜仁後開始嘗試無鋒陣，曼祖基奇因此一度淪為替補，而隨著羅伯特‧來萬多夫斯基的加盟，曼祖基奇若選擇留隊將無法獲得穩定的出場時間，最終選擇離開。
2014年7月10日，拜仁官網宣布曼祖基奇正式加盟馬德里競技足球俱樂部。馬競在其官網宣布，在和床單軍團簽署一份五年的合同前，曼祖基奇已經通過馬競方面的體檢，其轉會費達到兩千二百萬歐元。而曼祖基奇在接受完體檢之後繼續享受假期，在結束假期來到球隊報道後，曼祖基奇正式亮相卡爾德隆球場。
2014-15賽季，曼祖基奇在效力馬德里競技的第一個賽季，便在各項賽事打入二十球，其中西甲聯賽十二球，歐冠五球，國王杯兩球，西班牙超級杯一球，雖然表現尚可，但是曼祖基奇與主帥迭戈‧西蒙尼關系不佳，而西蒙尼對于曼祖基奇在聯賽中的發揮也不滿意，最終曼祖基奇在馬德里競技效力一個賽季後選擇離開。
2015年6月23日，尤文官方宣布正式簽下克羅地亞前鋒曼祖基奇。雙方簽約四年，轉會費是一千九百萬歐元，將分三期支付。根據尤文官網的介紹，曼祖基奇的轉會費達到一千九百萬歐元，這將分三期支付，2015年8月前，尤文將支付七百萬歐元，2016年8月前支付六百萬歐元，2017年8月前再度支付尾款六百萬歐元。同時該合同中還附加激勵條款，曼祖基奇的轉會費最多可達到兩千一百萬歐元。
曼祖基奇是典型的禁區終結者，在禁區內的進球能力強，但這並不意味著只會在禁區內爭頂或搶點。
曼祖基奇雖然在場上不顯山不露水，但他總是能夠在有限的出場時間里取得進球。在人們的印象中，似乎曼祖基奇只是一個「防守型前鋒「。但曼祖基奇也是一個毫不遜色的出色射手，效率——毫無疑問是曼祖基奇的一大優勢。曼祖基奇在防守中兢兢業業，是高位圍搶的第一道防線。比賽中充滿戰斗精神的曼祖基奇總是不斷的和對手糾纏，輕傷不下火線。
曼祖基奇雖然是「團隊射手「，但他更多的是為隊友制造空當，他自己制造機會的能力並不如羅伯特‧來萬多夫斯基那麼強。拼搶、跑位、拉空當，曼祖基奇就是依靠自己的努力在拜仁站穩了腳跟。出色的頭球能力，更是讓曼祖基奇在關鍵時刻屢屢建功。雖然曼祖基奇在對強隊的時候有不俗的發揮，但更多的體現在防守上，這讓他的印象分大打折扣。對強隊的進球較少，已經成為曼祖基奇的一大短板。